Den 12 april 1955, efter tillkännagivandet om att försöket med poliovaccin hade lyckats, blev Cutter Laboratories ett av flera företag som rekommenderades av USA:s regering att få licens för att tillverka Salks poliovaccin. I väntan på efterfrågan på vaccin hade företagen redan producerat lager av vaccinet och dessa utfärdades när licenserna hade undertecknats.

I det som blev känt som Cutter-incidenten innehöll vissa partier av Cutter-vaccinet – trots att de klarade de föreskrivna säkerhetstesterna – levande poliovirus i det som skulle ha varit ett vaccin med inaktiverat virus. Cutter drog tillbaka sitt vaccin från marknaden den 27 april efter det att vaccinassocierade fall rapporterats.

Felet gav upphov till 120 000 doser poliovaccin som innehöll levande poliovirus. Av de barn som fick vaccinet utvecklade 40 000 abortiv poliomyelit (en form av sjukdomen som inte involverar det centrala nervsystemet), 56 utvecklade paralytisk poliomyelit – och av dessa dog fem barn i polio. Exponeringarna ledde till en polioepidemi i de drabbade barnens familjer och samhällen, vilket resulterade i ytterligare 113 förlamade personer och fem dödsfall. Direktören för det mikrobiologiska institutet förlorade sitt jobb, liksom motsvarande biträdande hälsosekreterare. Ministern för hälsa, utbildning och välfärd Oveta Culp Hobby avgick. Dr William H. Sebrell Jr, direktör för NIH, avgick.

Generalöverläkare Scheele skickade dr William Tripp och Karl Habel från NIH för att inspektera Cutters Berkeley-anläggningar, förhöra arbetare och granska journaler. Efter en grundlig undersökning fann de inget fel på Cutters produktionsmetoder. Vid en utfrågning i kongressen i juni 1955 drogs slutsatsen att problemet främst berodde på bristen på granskning från NIH Laboratory of Biologics Control (och dess överdrivna tillit till National Foundation for Infantile Paralysis rapporter).

Ett antal civilrättsliga stämningar inleddes mot Cutter Laboratories under de följande åren, varav den första var Gottsdanker v. Cutter Laboratories. Juryn fann att Cutter inte var försumlig, men ansvarig för brott mot den underförstådda garantin, och tillerkände de klagande monetärt skadestånd. Detta skapade ett prejudikat för senare stämningar. Alla fem företag som producerade Salk-vaccinet 1955 – Eli Lilly, Parke-Davis, Wyeth, Pitman-Moore och Cutter – hade svårt att helt inaktivera polioviruset. Tre andra företag än Cutter stämdes, men fallen förlikades utanför domstol.

Cutter-incidenten var en av de värsta läkemedelskatastroferna i USA:s historia och utsatte flera tusen barn för levande poliovirus vid vaccinering. NIH Laboratory of Biologics Control, som hade certifierat Cutter-poliovaccinet, hade fått förvarningar om problem i förväg: 1954 hade personalmedlem Dr Bernice Eddy rapporterat till sina överordnade att vissa vaccinerade apor hade blivit förlamade och tillhandahållit fotografier. William Sebrell, direktör för NIH, avvisade rapporten.