Din resa börjar med Marcus, en pandoriansk vapenhandlare, som berättar om spelets historia hittills. Valvet (från Borderlands 1) öppnades av de tidigare hjältarna och verkade bara vara fyllt av tentakler och besvikelse. Men efter att Vault öppnats började Eridium manifesteras på Pandora. Ett nytt och kraftfullt mineral som började dra till sig uppmärksamhet från krigare, dårar, företag och fler Vault Hunters. Hyperion Company, som leddes av Handsome Jack, började gräva efter Eridium och de hittade bevis längs vägen för ännu ett valv. Jack bestämde sig då för att ta kontroll över Pandora och civilisera dessa gränsområden med våld.

Ett filmiskt intro introducerar de fyra huvudsakliga spelbara karaktärerna (utan att räkna med DLC-karaktärer) som är på väg med tåg för att leta efter Vault. Axton: Axton: Kommandot, Maya: Axton, Maya: Siren, Salvatore:

De attackeras av robotar och banditer, skickade av Jack, och arbetar tillsammans för att förvandla dem till metallskrot och högar av gegga. Efter detta försöker de hitta Jack, men det slutar med att de bara hittar en Jack-puff med en massa bomber bakom sig. Bomberna exploderar och spårar ur tåget, vilket dödar alla andra Vault Hunters utom den spelarkaraktär du har valt. Här börjar ditt äventyr…