Vattenburna protozoparasiter som Cryptosporidium, Giardia, Entamoeba och Toxoplasma är ansvariga för 1,7 miljarder fall av diarré i världen, vilket är den näst vanligaste orsaken till dödlighet bland barn under fem år. De uppvisar ett miljöresistent cyst/oocyst-stadium. Trots deras betydelse är standardanalysmetoderna för att upptäcka dem fortfarande baserade på immunoanalys följt av mikroskopisk analys. På senare år har nya metoder rapporterats med potential för förbättrad miljödiagnostik. Denna översikt fokuserar på cystor och oocystor av de vanliga vattenburna protozoparasiterna och undersöker biosensorer och nanoteknikbaserade alternativ för att upptäcka dem i miljön. Den nya utvecklingen omfattar bl.a. användning av aptamerer för att ersätta antikroppar, användning av nanomaterial för att ersätta organiska färgämnen och utveckling av nya signalmetoder, t.ex. ytförstärkt Raman-spektroskopi och massmätning baserad på cantilever, beskrivs i detalj. Vissa framtida forskningsmöjligheter diskuteras för att ta itu med de nuvarande begränsningarna i analysmetoderna.