Protein coding sequences

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Protein coding sequences are DNA sequences that are transribed into mRNA and in which the corresponding mRNA molecules are translated into a polypeptide chain. Cada três nucleotídeos, denominados um códon, em uma seqüência de codificação de proteínas codifica 1 aminoácido na cadeia de polipeptídeos. Em alguns casos, chassis diferentes podem mapear um determinado códon para uma seqüência diferente ou podem usar códons diferentes mais ou menos freqüentemente. Portanto, algumas sequências de codificação de proteínas podem ser otimizadas para uso em um determinado chassi.

No Registro, as sequências de codificação de proteínas começam com um códon inicial (geralmente ATG) e terminam com um códon de parada (geralmente com um códon de parada dupla TAA TAA). As sequências de codificação de proteínas são frequentemente abreviadas com a sigla CDS.

Embora as sequências de codificação de proteínas sejam frequentemente consideradas como partes básicas, na verdade as próprias sequências de codificação de proteínas podem ser compostas por uma ou mais regiões, chamadas domínios de proteínas. Assim, uma sequência de codificação de proteínas pode ser inserida como parte básica ou como parte composta de dois ou mais domínios de proteínas.

1. O domínio N-terminal de uma sequência de codificação de proteínas é especial de várias maneiras. Primeiro, contém sempre um códon inicial, espaçado a uma distância apropriada de um local de ligação de ribossomal. Segundo, muitas regiões de codificação têm características especiais no terminal N, tais como tags de exportação de proteínas e tags de clivagem e fixação de lipoproteínas. Estes ocorrem no início de uma região codificadora e, portanto, são denominados domínios da cabeça.
2. Um domínio proteico é uma sequência de aminoácidos que se dobram de forma relativamente independente e que são embaralhados evolutivamente como uma unidade entre as diferentes regiões codificadoras de proteínas. A seqüência de DNA de tais domínios deve manter a tradução no quadro, e, portanto, é um múltiplo de três bases. Como esses domínios proteicos estão dentro de uma seqüência de codificação de proteínas, eles são chamados de domínios internos. Certos domínios internos têm funções específicas na clivagem ou emenda de proteínas e são denominados domínios internos especiais.
3. Simplesmente, o domínio C-terminal de uma proteína é especial, contendo pelo menos um códon de parada. Outras características especiais, como as etiquetas de degradação, também são necessárias para estar no terminal C extremo. Novamente, estes domínios não podem funcionar quando internos a uma região de codificação, e são denominados domínios da cauda.

Para mais detalhes sobre domínios proteicos, incluindo como montar domínios proteicos em seqüências de codificação proteica, por favor veja domínios proteicos.

Sequências de codificação de proteínas devem ser as seguintes

GAATTC GCGGCCGC T TCTAG T ACTAGT A GCGGCCG CTGCAG

	Design: Você está interessado em desenhar uma nova seqüência de codificação de proteínas? Aqui estão algumas orientações para ajudá-lo a desenhar novas sequências de codificação de proteínas.
>	Ajuda: Um glossário, FAQ, e leitura adicional sobre unidades translacionais, sequências de codificação de proteínas e domínios de proteínas.

Sequências de codificação de proteínas usadas normalmente

>	Repórteres: Os repórteres são proteínas que podem ser usadas para medir a expressão gênica ou outro evento intracelular. Os repórteres geralmente produzem um sinal mensurável, como fluorescência, cor ou luminescência.
	Reguladores transcríticos: As proteínas envolvidas na ativação ou repressão da transcrição estão listadas aqui.
>	Marcadores de seleção: Proteínas envolvidas em conferir uma vantagem ou desvantagem selectiva às células, incluindo os marcadores de resistência aos antibióticos. Estas sequências de codificação de proteínas são úteis para seleccionar células com uma característica particular, como por exemplo, contendo um plasmídeo.

Enzimas

	Biossíntese: Enzimas envolvidas na produção ou degradação de químicos e metabolitos são listadas aqui.
	Modificação de DNA: Enzimas usadas durante a clivagem do DNA, excisão, integração, ligação, remodelação da cromatina e replicação.
	Proteases: As proteases clivam ou degradam outras proteínas. Algumas proteases podem mesmo clivar-se.
	Enzimas de modificação pós-tradução de proteínas: Algumas enzimas modificam outras proteínas pós-tradução, por exemplo, adicionando ou removendo um phophate ou grupo metílico.

Outras sequências de codificação de proteínas

	Proteínas de membrana: Peptídeos de superfície, transportadores, canais e bombas estão listados aqui.
	Receptores e ligandos: Receptores e ligandos não associados com a membrana celular.
	Proteínas de lise: Proteínas envolvidas na morte de células através da ruptura da membrana.