Nomenclatura para Estirpes de Ratos

Um grande número de estirpes GEMM (Genetically Engineered & Mutant Mice) são estirpes congénicas. As cepas congênicas são produzidas pela transferência de uma mutação de um fundo genético para uma cepa congênita específica através de retrocruzamentos repetidos. Espera-se que a estirpe congênica e o parceiro consanguíneo sejam idênticos em todos os loci, exceto pelo locus transferido e um segmento de cromossomo ligado. O tamanho do segmento e a possibilidade de alelos transferidos em outros cromossomos dependem do número de gerações de retrocruzamento.

Uma cepa é considerada totalmente congênica após dez gerações de retrocruzamento (N10). Entretanto, cepas portadoras de mutações que foram retrocruzadas na cepa de fundo por pelo menos cinco, mas menos de dez gerações, são consideradas cepas congênicas incipientes e podem ser úteis em várias áreas de pesquisa.

A maioria dos nomes de cepas para camundongos portadores de mutações espontâneas e direcionadas, bem como para algumas cepas congênicas para loci de histocompatibilidade, não seguiram a nomenclatura congênica padrão por razões históricas. Em resposta às preocupações da comunidade científica sobre as origens das mutações genéticas e diferenças no fenótipo devido aos efeitos genéticos de fundo, o Comitê Internacional de Nomenclatura Genética Padronizada para Ratos e o Laboratório Jackson se comprometeram a corrigir essas inconsistências.

A partir de 1º de junho de 2000, um grande número de nomes de cepas de ratos JAX® foram alterados para indicar a cepa de origem da mutação. As cepas são listadas pelos novos nomes, com nomes anteriores indicados no banco de dados de ratos JAX®. Exemplos dessas alterações de nomes são fornecidos abaixo. A nomenclatura congênita é adotada quando uma cepa atinge a quinta geração de backcrossing (N5), embora uma cepa não seja considerada totalmente congênita até a N10. Foi tomada a decisão de não alterar a nomenclatura de algumas cepas que carregam múltiplos alelos derivados de diferentes origens, seja pela forma como a cepa foi gerada ou porque a nomenclatura causaria confusão adicional. Informações adicionais sobre as origens dos transgenes e mutações genéticas podem ser encontradas através do Banco de Dados de Ratos JAX®, realizando uma pesquisa usando o símbolo genético ou o número de estoque de interesse.

Nomenclatura de cepas congênicas

Cepas congênicas são designadas por um símbolo composto que consiste da cepa hospedeira (geralmente abreviada), um ponto, a cepa doadora (também geralmente abreviada), um hífen, e o símbolo em itálico do locus ou loci diferencial e alelo(s) (por exemplo B10.129P-H12b). Quando a estirpe doadora ou não é consanguínea ou é complexa, é usado o símbolo “Cg”, que denota congenia. A nomenclatura congénica é aplicada tanto a congénicos incipientes como a congénicos completos. O número de geração está incluído no detalhe da estirpe.

O fundo genético de muitos congênicos é uma mistura de C57BL/6J e um substrato 129 (designado ou B6;129, B6;129P, ou B6;129S; veja explicação que segue em “Revised Nomenclature for Strain 129 Mice”). Entretanto, os antecedentes de algumas cepas congênitas são desconhecidos, derivados de mais de duas cepas progenitoras, ou têm contribuições genéticas de uma fonte desconhecida ou de uma fonte de sangue. O fundo de tais cepas congênicas é freqüentemente designado como “STOCK”. Anteriormente, a maioria das mutações espontâneas e induzidas transferidas por retrocruzamento de um fundo misto (por exemplo, B6;129 ou STOCK) para um fundo consanguíneo não eram descritas pela nomenclatura congênica convencional. Entretanto, muitos nomes de cepas geneticamente modificadas e mutantes foram revisados para indicar mais claramente a origem de uma mutação (por exemplo, B6.129P2-Apoetm1Unc/J).

O Laboratório Jackson fornece um grande número de cepas congênicas de histocompatibilidade. Em alguns casos, múltiplas linhas são derivadas da mesma linhagem doadora e são distinguidas por um número e/ou letra entre parênteses (por exemplo, B10.129P-H11b(10M)/SnJ e B10.129P-H46b H47b(21M)/Sn).

Em 2000, um grande número de nomes de linhagem de ratos JAX® mudou para indicar a linhagem de origem da mutação. Exemplos de alterações de nomenclatura

Exemplo 1.

Nota: Este nome de estirpe não deve ser confundido com o de uma mutação mantida em um fundo genético misto B6;129P, onde as abreviações da estirpe no nome são separadas por um ponto e vírgula em vez de um ponto (ver Exemplo 5). Incluímos informações adicionais (tipo de cepa, informações de controle, fundo e cepas doadoras, e número de geração) no detalhe da cepa congenética tanto em nossa literatura impressa quanto em nosso website para delinear mais claramente o fundo genético.

Exemplo 2.

Nota: O Cg (para congenia) é usado quando existem várias estirpes doadoras ou a estirpe doadora é de fundo genético misto.

Exemplo 3.

Nota: Neste exemplo, o Cg é usado para evitar sugerir que ambas as mutações surgiram no DBA/J enquanto mostra que o marcador de cor do revestimento nebuloso (m) e a mutação do diabetes (Leprdb) são mantidos em repulsão.

Exemplo 4.

Nota: Material genético contribuinte adicional pode ser incluído entre parênteses, seguindo a estirpe do doador. Neste exemplo, uma mutação direccionada foi transferida de uma estirpe mista B6;129P de fundo para uma terceira estirpe congénita. A região genómica que flanqueia o gene alvo é semelhante a 129P2 devido à origem da linha celular ES, mas uma quantidade desconhecida do genoma da estirpe pode ser de origem C57BL/6. A quantidade de DNA da estirpe doadora, tanto ligada como não ligada ao locus diferencial, diminui com o aumento de gerações de retrocruzamento.

Cepa com uma mutação levada sobre um fundo genético misto

Exemplo 5.

Nota: Isto não é uma mistura de C57BL/6 e 129P2 (da linha de células ES) e também é uma mistura de alelos segregados destas duas estirpes. A vírgula entre as abreviaturas das cepas foi substituída por um ponto-e-vírgula para fazer uma distinção mais clara do período na nomenclatura congênica.

Cepa com nomenclatura que não mudou, mas que carrega alelos de origens diferentes

Exemplo 6.

Nota: Esta estirpe foi feita pelo acasalamento em conjunto, e não pelo retrocruzamento, de três estirpes congênicas individuais portadoras de alelos diferenciais já em um fundo genético C57BL/6J (B6.C-Igha, B6.PL-Thy1a, e B6.CAST-Gpi1).