Neste estudo caracterizamos a diversidade genética e as relações entre as populações xiitas e sunitas muçulmanas do norte da Índia e as populações vizinhas e globais geograficamente visadas. Examinamos uma série de parâmetros de interesse genético e forense da população com base nas frequências alélicas de 15 autossomos STR loci (D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PO, D19S433, VWA, TPOX, D18S51, D3S1358, THO1, D13S317, D16S539, D2S1338, D5S818 e FGA). Todos os loci estudados foram consistentes com o equilíbrio de Hardy-Weinberg, exceto os loci D18S51 e FGA para ambas as populações muçulmanas, mesmo após a aplicação da correção de Bonferroni. O poder combinado de exclusão e o poder combinado de valores de discriminação para todos os 15 loci STR foram 0,9999 e >0,99999, respectivamente, em ambas as populações muçulmanas. Os valores de diversidade genética variaram de 0,6784 (TPOX) a 0,9027 (FGA) para os muçulmanos xiitas e de 0,7152 (CSF1PO) a 0,9120 (D18S51) para os muçulmanos sunitas. A heterozigosidade observada (H(o)) variou de 0,5833 (D18S51) a 0,8595 (VWA) para muçulmanos Xiitas e de 0,6818 (CSF1PO) a 0,8333 (D21S11) para muçulmanos sunitas e foi inferior à heterozigosidade esperada (H(e)) para 11 das 15 STRs digitadas. Analisamos as afinidades genéticas das populações xiitas e sunitas muçulmanas com suas populações vizinhas geograficamente mais próximas do Norte da Índia, Oriente Médio, Leste Asiático e Europeu usando métodos baseados na distância, incluindo árvores de junção vizinha e escalas multidimensionais. Além disso, estimamos a contribuição genética das populações putativas parentais incluídas na análise para o pool genético dos xiitas e sunitas muçulmanos usando a análise de mistura. Embora tenhamos observado um certo grau de contribuição genética do Irão para ambas as populações muçulmanas, os resultados das análises filogenéticas baseadas em STRs autossómicas sugerem uma relação genética com algumas das populações religiosas hinduístas vizinhas geograficamente mais próximas.