Caracteres e matrizes de caracteres

Caracteres e seus estados de caracteres são meios para descrever as características dos organismos. Mesquite suporta caracteres cujos estados são categóricos (discretos e não necessariamente ordenados), contínuos (medidas com valor decimal) ou merísticos (contagens). Existem versões especiais de caracteres categóricos para dados de DNA, RNA e sequência de proteínas. Para mais detalhes específicos desses tipos de caracteres, consulte as páginas sobre caracteres moleculares e contínuos. Os caracteres categóricos que não sejam caracteres moleculares podem ter 55 estados. Caracteres merísticos são números inteiros (e podem ser negativos).

Caracteres podem existir dentro de matrizes que são armazenadas em um arquivo de dados. Assim, uma matriz pode armazenar uma série de caracteres categóricos para descrever características fenotípicas. Uma matriz separada pode armazenar caracteres contínuos descrevendo medidas tomadas dos organismos, enquanto uma terceira matriz pode armazenar dados de seqüência de DNA, na qual cada local alinhado é tratado como um caractere (Mesquite atualmente trata dados não alinhados como se fossem alinhados, embora o alinhamento possa ser ignorado). Cada matriz pode ter apenas um único tipo de caractere, mas um arquivo de dados pode conter mais de uma matriz.

Caracteres também podem existir fora das matrizes. Por exemplo, os caracteres podem ser criados por simulações e randomizações ou por ordenações e usados diretamente nos cálculos, sem em nenhum ponto serem capturados em uma matriz e armazenados em um arquivo. Assim, a “Fonte de Caracteres” usada para um cálculo pode ser tanto matrizes armazenadas no arquivo, ou caracteres gerados on-the-fly por simulações ou aleatorizações, ou ordenações. Por este motivo, Mesquite por padrão pergunta qual Fonte de Caracteres usar quando caracteres ou matrizes são necessários. Como alguns usuários iniciantes podem achar essa solicitação confusa, você pode definir Mesquite para escolher Personagens armazenados ou Matrizes armazenadas por padrão, sem perguntar, selecionando o item “Use Stored Characters/Matrices by Default” no submenu Defaults do menu File (Arquivo).

A maior parte desta página do manual diz respeito a caracteres/matrices armazenados no ficheiro de dados.

  • Tipos de matrizes de caracteres
  • Criar uma matriz de caracteres
  • Deletar e renomear matrizes de caracteres
  • O Editor de Matrizes de Caracteres
    • Undo
    • Adicionar, Eliminar, renomear e ordenar taxa e caracteres
    • Entrar dados de caracteres
    • Selecionar taxa, caracteres e células da matriz
    • Pesquisa da matriz
    • Cópia/colar
    • Editar nomes de caracteres e estados
    • Notações
    • Células de coloração da matriz
    • Alterações e transformações
  • Modificação dos atributos dos caracteres
  • Informação do gráfico dos caracteres
  • Listar todas as matrizes de caracteres

Tipos de matrizes de caracteres

Os tipos padrão de matrizes de caracteres disponíveis em Mesquite são:

  • Matrizes Categóricas Padrão – Os Estados são discretos, não necessariamente ordenados. Os caracteres podem ter até 55 estados, cujos símbolos por padrão são 0 – 9, A – H, K – N, P – Z, a – h, k – n, p – z. Polimorfismos (por exemplo, estados 0 e 2) são indicados por 0&2; incerteza (por exemplo, estado 0 ou 2) é indicada por 0/2. Um estado completamente desconhecido é indicado por ? por defeito. Se o carácter for inaplicável a esse taxon, o símbolo é – por defeito. Nomes de estados podem ser atribuídos usando Edit State Names.
  • Matrizes DNA/RNA – Quatro estados, A, C, G, T ou A, C, G, U. Códigos de ambiguidade padrão (por exemplo, R = A ou G) podem ser usados. Por padrão, o estado desconhecido é ?, a lacuna é -. Mais informações sobre a edição de dados de DNA são dadas aqui.
  • Matrizes de proteínas – Símbolos padrão para aminoácidos. Por padrão, o estado desconhecido é ?, gap é -. Mais informações sobre a edição de dados de proteínas são dadas aqui.
  • Matrizes contínuas – Estados são valores contínuos (por exemplo, 1.02, 3e-4). Uma matriz pode ter vários itens, tais como x, y ou min, max. Os itens podem ser adicionados usando os itens do menu em Matriz>Utilitários, ou usando o painel de informação da matriz (mostrado usando o “i” azul no canto inferior esquerdo da matriz). Um tipo especial de matriz contínua, Geographic, tem dois caracteres (latitude, longitude). Mais informações sobre dados contínuos são dadas aqui.
  • Matrizes merísticas – Estados são números inteiros (e podem ser negativos). Se o caractere for inaplicável a esse taxon é indicado por um x, e não “-” como em outros tipos de dados, para evitar confusão com o sinal de menos. Os dados em falta são indicados por um ponto de interrogação (?). Matrizes merísticas podem ter vários itens, que podem ser adicionados usando o painel de informações da matriz (mostrado usando o “i” azul no canto inferior esquerdo da matriz).

Criando uma matriz de caracteres

Existem várias maneiras de criar uma matriz de caracteres para ser armazenada no arquivo. Mais simplesmente, você pode criar uma matriz em branco (vazia) escolhendo Caracteres>Nova Matriz Vazia. Na caixa de diálogo que aparece, nomeie a matriz de caracteres e especifique o número de caracteres. Também será necessário escolher o tipo de dados que a matriz conterá (categoria padrão, dados de seqüência de DNA (ou RNA), contínua, ou dados de seqüência de proteínas). Normalmente, será criada uma matriz vazia se você estiver prestes a começar a entrar observações sobre organismos.

Também é possível criar matrizes de caracteres que já estão preenchidas com estados de caracteres. Por exemplo, se você quiser fazer uma duplicata de uma matriz de caracteres existente, selecione Characters>Make New Matrix From>Stored Matrices. Se você quiser criar uma matriz a partir do conteúdo da área de transferência, selecione Characters>Make New Matrix From>Clipboard. Outras opções disponíveis em Characters>Make New Matrix From>Make New Matrix From>Permitir fazer e armazenar matrizes resultantes de simulações de evolução de caracteres, randomizações de matrizes existentes, ou outras fontes.

Matrizes de caracteres também podem ser lidas de arquivos, incluindo aquelas em NEXUS e outros formatos que podem ser importados.

Apagar e renomear matrizes

Existem três lugares onde você pode renomear e apagar matrizes de caracteres: no Editor de Matrizes de Caracteres, na janela Lista de Matrizes de Caracteres, e no Painel de Projeto.

No Editor de Matrizes de Caracteres o submenu Matriz Atual no topo do menu Matriz tem itens de menu para renomear ou excluir a matriz mostrada na janela.

Na janela Lista de Matrizes de Caracteres (disponível no menu Caracteres), você pode renomear uma matriz editando seu nome diretamente. Para excluir matrizes, selecione as linhas correspondentes às matrizes a serem excluídas, e selecione List>Delete Selected Character Matrices (Eliminar Matrizes de Caracteres Selecionados).

Para renomear uma matriz do Painel do Projeto no lado esquerdo da janela, toque no nome da matriz até aparecer um menu suspenso:

Selecionar Renomear Matriz deste menu para renomear a matriz. Você também pode usar este menu suspenso para excluir uma matriz.

O Editor de Matrizes de Caracteres

Embora você tenha uma matriz de caracteres, você pode editá-la usando o Editor de Matrizes de Caracteres Mesquite, disponível no topo do menu Characters. Este é um editor de planilhas, similar em estilo ao MacClade’s. Embora o editor Mesquite possa lidar com dados contínuos e tenha utilitários especiais, por exemplo para comparar matrizes, ele não possui os sofisticados recursos do MacClade para visualização e alinhamento de dados de seqüência molecular. Como MacClade e Mesquite compartilham o formato de arquivo NEXUS, para a maioria dos arquivos de dados você será capaz de editar matrizes em um programa para usar no outro. Abaixo estão instruções de como editar uma matriz de caracteres. A maior parte da edição pode ser feita no Editor de Matrizes de Caracteres, mas algumas alterações podem ser feitas em outras janelas.

O Editor de Matrizes de Caracteres é controlado pelos menus Matriz e Seleção, e pelas ferramentas na paleta à esquerda. O menu Matrix contém itens para alterar a largura das colunas (o submenu Display), alterar a coloração das células e alterar os dados dos caracteres.

Pode solicitar um painel para mostrar informações sobre a matriz e seus caracteres tocando no “i” azul () na parte superior direita ou inferior esquerda da matriz.

Vocês podem ter mais de um Editor de Matrizes visível para trabalhar na mesma matriz. Para obter um segundo Editor, escolha Extra Matrix Editor a partir do menu Characters (Caracteres). Isto pode ser útil se você quiser ter os editores definidos para diferentes vistas (por exemplo, uma vista de olho de Aves, ou colorida como traduzida para proteína).

Nota que atualmente muitas mudanças que você faz em uma matriz de caracteres não podem ser desfeitas!

O Editor de Matriz de Caracteres mostrando dados morfológicos
O Editor de Matriz de Caracteres mostrando seqüências de DNA

Existem botões no canto inferior esquerdo do Editor de Matrizes de Caracteres para abrir a janela Lista de Caracteres () e a janela Lista de Taxa (). Reciprocamente, a janela Lista de Caracteres tem um botão () para mostrar o Editor de Matrizes de Caracteres.

Undo

O editor de Matriz de Caracteres do Mesquite tem alguma habilidade para desfazer a última mudança feita, dependendo de qual foi essa mudança. Você pode solicitar Desfazer no menu Editar. Atualmente, a eliminação de caracteres não pode ser desfeita, nem os taxa podem ser eliminados. Nós estamos trabalhando para expandir o escopo do que pode ser desfeito. (Se a incapacidade de desfazer preocupações o preocupa, você pode querer ligar o backup automático do NEXUS no submenu Defaults do menu File, e salvar freqüentemente).

Adicionar, apagar, renomear, fundir e ordenar taxa e caracteres

Existem vários métodos para adicionar taxa ou caracteres a uma matriz existente. Para adicionar taxa, escolha (Matriz de Caracteres) Matriz>Adicionar Taxa… ou (Lista de Taxa)>Adicionar Taxa… para adicionar taxa ao final da matriz, ou use a ferramenta Adicionar Taxa () na matriz de caracteres para adicionar taxa no ponto da matriz que é tocada. Para adicionar caracteres, escolha (Matriz de Caracteres) Matriz>Adicionar Caracteres… para adicionar caracteres ao final da matriz, ou use a ferramenta Adicionar Caracteres () na matriz de caracteres para adicionar caracteres no ponto da matriz que é tocado.

Para excluir os taxa existentes, selecione os taxa na Janela Lista de taxa (tocando no número do táxon na extrema esquerda), e escolha (Taxa) Lista>Excluir taxa selecionada, ou selecione a linha inteira para os taxa a serem excluídos (tocando no número do táxon na extrema esquerda) na Matriz de caracteres e escolha (Matriz de caracteres) Matriz>Excluir taxa selecionada.

Para excluir caracteres existentes, selecione os caracteres na Janela Lista de Caracteres (tocando no número do caractere na extrema esquerda), e escolha (Characters) List>Delete Selected Characters, ou selecione a linha inteira para os caracteres a serem excluídos (tocando no número do caractere na extrema esquerda) na Matriz de Caracteres e escolha (Character Matrix) Matrix>Delete Selected.

Para renomear taxa ou caracteres, escolha a ferramenta I-beam () na Janela Lista de Taxa, Janela Lista de Caracteres, ou Janela Matriz de Caracteres, selecione o nome a ser editado, e digite o novo nome.

Taxa pode ser mesclado usando Mesclar Taxa no submenu Utilitários Taxon do menu Matrix. Isto também fundirá seus estados de caracteres em quaisquer matrizes. Se os dois taxa tiverem os mesmos estados, este estado é usado para o táxon fundido. Se um dos dois táxons tiver dados ausentes ou uma lacuna (inaplicável), mas o outro tiver um estado, o estado do outro é usado (por exemplo, ? + A = A). Se um tem uma lacuna e o outro tem dados em falta, o resultado é dados em falta. Se os dois taxa têm estados diferentes que são estados únicos ou polimórficos, resulta um polimorfismo (por exemplo, A + G = A&G). Se os dois taxa tiverem estados diferentes e pelo menos um for ambíguo, resulta uma incerteza, a menos que a ambiguidade esteja totalmente contida dentro do polimorfismo do outro (por exemplo, A&C + C/T = A/C/T; A&C&T + C/T = A&C&T).

Para alterar a ordem dos caracteres, você pode selecionar e arrastar caracteres inteiros na Janela de Lista de Caracteres ou no Editor de Matriz de Caracteres. Você também pode usar a ferramenta de ordenação () para ordenar os caracteres automaticamente em ordem alfabética ou numérica da coluna ou linha em que você toca nestas janelas.

Entrar dados de caracteres

Pode introduzir dados de caracteres quer uma célula de cada vez, quer usando ferramentas que permitem a introdução de múltiplas células de uma só vez. As ferramentas disponíveis são mostradas na seguinte tabela.

Ferramenta Ação
I-beam Seleciona célula individual e permite que você edite o conteúdo da célula como faria com qualquer texto padrão.
Select and Type Se esta ferramenta estiver activa, digitando uma chave fará com que esse único valor seja introduzido em todas as células seleccionadas. As células podem ser selecionadas com esta ferramenta; mantendo pressionadas as teclas Shift ou Command, múltiplas células podem ser selecionadas.
Paint Bucket Esta ferramenta irá preencher rapidamente um bloco de células com um determinado estado. O estado (“paint”) pode ser escolhido tocando o Conta-gotas em uma célula do estado apropriado, ou escolhendo Set Fill States no menu suspenso do Paint Bucket.
Conta-gotas Esta ferramenta, quando tocada em uma célula da matriz, ajusta a “pintura” do Paint Bucket para os estados daquela célula.

Selecionando taxa, caracteres e células da matriz

Mesquite tem várias ferramentas para selecionar taxa, caracteres ou células de dados, como descrito na tabela a seguir.

Ferramenta Acção
Selecção Selecção de células individuais ou múltiplas. Para adicionar ou subtrair células a uma seleção existente, mantenha pressionada a tecla Command (ou Apple) enquanto você toca em uma célula. Para estender uma seleção para abranger um bloco sólido de células, mantenha pressionada a tecla Shift ao tocar em uma célula.
Wand Por padrão, seleciona todas as células que possuem o mesmo estado valor que a célula tocada. Ou seja, se você tocar em uma célula com estado “1”, todas as células em toda a matriz com estado “1” serão selecionadas. Entretanto, usando o menu suspenso, você pode pedir para escolher todas as células com um valor maior que o tocado, ou menor que o tocado. Por padrão, esta ferramenta seleciona as células em toda a matriz. Usando o menu suspenso, você pode pedir para restringir a seleção a um único táxon, ou a um único caractere. Mantendo pressionada a tecla Shift, a nova célula será adicionada à seleção existente. Segurando a tecla Command (ou Apple) irá adicionar as novas células à seleção existente se você tocar em uma célula que não esteja selecionada, e irá remover as células da seleção existente se a célula já estiver selecionada.
Taxon Wand Por padrão, seleciona todos os taxa possuindo o mesmo estado dentro do caractere tocado como aquele na célula tocada. Entretanto, usando o menu suspenso, você pode pedir para escolher todos os taxa com um valor maior que o tocado, ou menor que esse. Mantendo pressionada a tecla Shift, os novos taxa serão adicionados à seleção existente. Mantendo pressionada a tecla Command (ou Apple) adicionará os novos taxa à seleção existente se você tocar em um táxon que não esteja selecionado, e removerá os taxa da seleção existente se o táxon já estiver selecionado.
Caracter Wand Por padrão, seleciona todos os caracteres que possuam o mesmo estado dentro do caractere tocado, como o da célula tocada. Entretanto, usando o menu suspenso, você pode pedir a ele para escolher todos os caracteres com um valor maior que o tocado, ou menor que esse valor. Mantendo pressionada a tecla Shift, os novos caracteres serão adicionados à seleção existente. Mantendo pressionada a tecla Command (ou Apple) irá adicionar os novos caracteres à seleção existente se você tocar em um caractere que não esteja selecionado, e irá remover os caracteres da seleção existente se o caractere já estiver selecionado.

Taxa, caracteres e células também podem ser selecionados usando itens no menu Selecionar do Editor de Matrizes de Caracteres. Estes permitem selecionar caracteres variáveis, selecionar trechos de seqüência que correspondam a um trecho atualmente selecionado, reverter a seleção atual e realizar outras alterações na seleção.

Pesquisando a matriz

O conteúdo da matriz pode ser pesquisado de duas maneiras. Primeiro, a área de pesquisa no topo da janela pode ser definida como Search Data (definida clicando no pequeno ícone até que ele apareça como ). Depois, você pode digitar uma cadeia de busca e clicar em Return.

Segundo, você pode procurar a matriz usando os comandos Procurar no menu Editar, e o Select by Search no menu Seleccionar. No menu Edit, Find String… seleciona a primeira célula da matriz contendo a seqüência de texto dada. Ele pesquisa os nomes dos primeiros táxons, os nomes dos caracteres, os estados dos caracteres dentro da matriz. Você pode encontrar instâncias subsequentes usando o comando Procurar novamente. Find All seleciona todas as células que contêm uma determinada cadeia de caracteres. Find Footnote opera como Find String, exceto que ele destaca células que contêm notas de rodapé com o texto dado. (Para encontrar texto dentro das Anotações mais elaboradas, você precisará chamar uma janela de anotações usando a ferramenta Anotar (lápis) no editor de matriz de caracteres, então escolha Find Annotation no menu Notes.)

Copiar/colar

Você pode copiar nomes de taxon e caracteres de uma região da matriz para outra e de uma matriz para outra. Você também pode copiar uma ou mais células da matriz para a Área de Transferência, e colá-las em outra região da matriz, ou em outra matriz. A Mesquite permite fazer com seleções descontínuas, desde que o número de células selecionadas no primeiro táxon selecionado durante a cópia seja o mesmo que o número de células selecionadas no primeiro táxon selecionado durante a colagem, e o mesmo para os táxons subseqüentes. Isto é, se você selecionar duas células no táxon 3, uma célula no táxon 5 e quatro células no táxon 7, e copiar isto para a Área de transferência, então quando você colar, você deve selecionar duas células no primeiro táxon em que colar, uma no próximo e quatro no último.

Mesquite não permitirá que você cole um bloco de células na matriz enquanto tiver selecionado um bloco de forma diferente na matriz. Entretanto, se você tentar fazer isso, Mesquite se oferecerá para mudar a seleção de forma que cubra o mesmo número de células da seleção. Você pode então tentar novamente colar.

Editando nomes de caracteres e estados

Nomes de caracteres podem ser atribuídos editando os títulos das colunas no Editor de Matriz de Caracteres, ou editando os nomes dos caracteres diretamente na janela Lista de Caracteres.

O Editor de Nomes de Estado, disponível escolhendo (Matriz de Caracteres) Matriz>Editar Nomes de Estado, permite nomear os estados de caracteres categóricos. Ela não estará disponível se sua matriz for especificada como dados de nucleotídeos ou proteínas. Você pode mudar a orientação (estados por caracteres, ou caracteres por estados) do Editor de Nomes de Estado, tocando na seta dupla na parte superior esquerda da janela. As notas de rodapé podem ser anexadas a determinados estados, selecionando o estado e digitando a nota de rodapé na área de anotação na parte inferior da janela.

Annotações

Você pode anexar notas de rodapé simples, anotações mais elaboradas ou cores aos taxa, caracteres ou células da matriz. Notas de rodapé simples podem ser anexadas selecionando a célula com a ferramenta seta ou feixe I, depois indo para a área de anotação branca na parte inferior da janela e digitando a nota de rodapé. Anotações e cores mais elaboradas podem ser anexadas usando o Painel de Anotações, disponível selecionando Mostrar Painel de Anotações no menu da Matriz. Atualmente os sistemas de anotações e notas de rodapé estão separados em Mesquite – as notas de rodapé aparecem na área de anotação na parte inferior de muitas janelas; as anotações elaboradas aparecem em um painel embutido no Editor de Caracteres Matrix. Um exemplo de arquivo de dados com anotações está em Mesquite_Folder/examples/Basic_Examples/characters/11a-annotations.nex

O painel de anotações aparece no lado direito da janela, como a seguir:

O painel de anotações acima mostra as anotações (se houver) associadas a um determinado taxon, caracter ou célula na matriz (dependendo do que foi selecionado com a ferramenta de anotação (lápis)). As anotações podem ser adicionadas ou excluídas usando os botões (+) ou de lixo na parte superior esquerda. Uma imagem pode ser adicionada a cada nota, e etiquetas podem ser adicionadas às imagens usando o cursor do feixe I. Para controlar a aparência destas etiquetas, clique com o botão direito do rato ou clique com o botão de controlo sobre a etiqueta para obter um menu pendente ajustando a fonte, cor e outras propriedades da etiqueta. O ponteiro da etiqueta pode ser realocado usando a ferramenta Apontador de Ajuste. Outras características das anotações podem ser acessadas usando o submenu Annotações do menu Matrix. Você pode procurar por anotações contendo texto usando o item de menu Encontrar Anotação do submenu Anotações.

Células de coloração da matriz

Células ou seu texto pode ser colorido. A cor padrão da célula de fundo é escolhida no submenu (Matriz de Caracteres) Matriz>Cor de Fundo. Cores para distinguir diferentes células podem ser especificadas usando os itens da Matriz (Matriz de Caracteres)>Células de Cor e Matriz (Matriz de Caracteres)>Submenus Texto de Cor. Estes submenus especificam a cor a ser usada para o fundo da célula, ou para o texto dentro da célula, de acordo com os seguintes critérios:

  • Valor do caractere – Uma célula é colorida de acordo com um valor para o caractere inteiro, como passos de caracteres de parsimonia.
  • Valor da célula – Uma célula é colorida de acordo com um valor para aquela célula em particular. Por exemplo, com dados de seqüência de DNA, as células podem ser coloridas de azul se o local for G ou C, branco se A ou T. Ao selecionar (Matriz de Caracteres) Matriz>Moving Window (para cores)…, você pode definir o tamanho da janela em movimento sobre a qual o conteúdo de GC é a média. Outros valores de células estão disponíveis para propriedades de aminoácidos (por exemplo hidrofobicidade)
  • Excluído – Uma célula é colorida de cinza se seu caractere for excluído.
  • Apresentar nota de rodapé – Uma célula é colorida de verde se tiver uma nota de rodapé.
  • Estado do caractere – Uma célula é colorida de acordo com o estado do caractere (ex. diferentes cores para A, C, G, T)
  • Anottação anexada – Uma célula é colorida de verde se a anotação (não notas de rodapé, mas as anotações complexas completas) estiver anexada a ela.
  • Cores atribuídas – Uma célula é mostrada com a cor conforme atribuída pela ferramenta pincel (). Para atribuir uma cor a uma célula, clique sobre a célula com o pincel. Pressione e segure o botão na paleta de ferramentas para obter um menu para selecionar a cor utilizada, remover cores ou colorir todas as células selecionadas.

Quando as células são coloridas, você pode solicitar uma legenda para as cores selecionando Show Color Legend no menu Matrix, ou tocando no pequeno botão () no canto inferior esquerdo do Editor Matrix (abaixo dos nomes dos táxons). Se você clicar duas vezes em uma cor na matriz, o editor irá se mover para uma célula com essa cor.

Alterações e Transformações

Estão disponíveis no menu Alter/Transform do menu Matrix as seguintes opções para modificar as células ou caracteres de uma matriz:

  • Preenchimento de células selecionadas com um estado especificado: Escolha (Matriz de caracteres) Matriz>Alter/Transformar>Preencher
  • Preencher células selecionadas com estados aleatórios com frequência igual para todos os estados: Escolha (Matriz de Caracteres) Matriz>Alter/Transformação>Preenchimento Aleatório
  • Modificar aleatoriamente os estados dentro de um caractere entre os taxa selecionados: Escolha (Matriz de Caracteres) Matriz>Alter/Transformar>Modificar os estados entre os taxa
  • Para dados de sequência de nucleotídeos, converta as entradas em cada célula em seu complemento: Escolha (Matriz de Caracteres) Matriz>Alter/Transformação>Complemento de nucleotídeos
  • Reversão de uma sequência molecular seleccionada: Escolha (Matriz de Caracteres) Matriz>Alter/Transformação>Sequência Inversa
  • Remover caracteres consistindo apenas de lacunas: Escolha (Matriz de Caracteres) Matriz>Alter/Transformação>Remover Gaps-Only Characters
  • Remover caracteres invariantes: Escolha (Matriz de Caracteres) Matriz>Alter/Transformação>Remover Caracteres Invariantes

Mudar os atributos dos caracteres

Um caractere, além de ter estados atribuídos em cada um dos taxa terminais, também pode ter outros atributos. Por exemplo, um caractere é marcado como incluído ou excluído, e tem suposições atribuídas a ele, como um peso e um modelo de parcimônia de evolução. Estes atributos são utilizados em vários cálculos. Eles podem ser atribuídos na janela Lista de Caracteres, disponível no menu Caracteres.

Na janela Lista de Caracteres, as colunas referem-se a inclusão, modelo de parsimonia e modelo de probabilidade (para cálculos de verosimilhança). Outras colunas podem ser requisitadas para a Participação em Grupo, Peso e (para dados de DNA) Posição do Codon. Você pode pedir para mostrar uma coluna usando o menu Colunas. Para cada uma dessas colunas, o atributo atribuído pode ser alterado primeiro selecionando os caracteres a serem alterados (se apenas alguns caracteres forem alterados) ou selecionando a coluna do atributo (se todos os caracteres forem alterados). Depois, tocando no nome da coluna (onde deve aparecer um triângulo preto invertido), aparece um menu pendente que lhe permite fazer a especificação apropriada.

Para cada um dos atributos que não sejam membros do grupo, os três itens inferiores do menu são para armazenar no arquivo a especificação atual como um conjunto de especificação nomeado (como salvar um conjunto de especificação ou conjunto de pesos no MacClade), para substituir um conjunto de especificação existente pelo atual, ou para carregar um conjunto de especificação armazenado para se tornar o atual.

As seguintes são as opções específicas para cada coluna:

  • Inclusão – Incluir, Excluir e Reverter permite alterar a inclusão de caracteres. Reverter alterações excluídas para incluído e vice-versa. Os caracteres que são excluídos não participam do treelength e de muitos outros cálculos. A exclusão não é universalmente respeitada pelos cálculos, pois alguns cálculos utilizam até mesmo caracteres que são excluídos.
  • Modelo de parcimônia – O submenu Modelo permite selecionar um modelo de parcimônia para atribuir aos caracteres, para uso em cálculos de parcimônia.
  • Modelo de probabilidade – O submenu Modelo permite selecionar um modelo de probabilidade a ser atribuído aos caracteres, para uso em cálculos de probabilidade e simulações.
  • Afiliação em grupo – A imagem acima mostra a filiação em grupo na última coluna. Para atribuir caracteres a grupos, você deve primeiro criar grupos usando Novo Grupo. Por exemplo, você pode criar um grupo Personagens Adultos e outro grupo Personagens Larvais. Em seguida, você pode atribuir caracteres ao grupo usando o submenu Definir Grupo. Você também pode editar a cor do grupo e renomear o grupo. A cor do grupo é útil para distinguir caracteres de diferentes grupos, por exemplo, em gráficos ou no editor de Matriz de Caracteres.
  • Peso – Com o item de menu Definir peso você pode definir o peso atribuído ao caractere. Isto é usado atualmente em cálculos de comprimento de árvore.
  • Codon Positions – Esta coluna está disponível para dados de DNA. O menu suspenso permite atribuir posições.

Informação gráfica sobre Caracteres

Estatísticas informativas e valores para caracteres podem ser visualizados ou gráficos em várias janelas. No menu Análise uma barra & Gráfico de linhas pode ser solicitada para mostrar a distribuição de um valor para uma série de caracteres. Por exemplo, o número de passos de parsimonia nos caracteres de uma árvore atual pode ser mapeado. O Scattergram disponível no menu Análise plota caracteres em um espaço bidimensional com o eixo X sendo um valor em particular (por exemplo, o likelhood do caractere sob uma árvore), o eixo Y outro valor (por exemplo, a probabilidade do caractere sob uma árvore diferente). Os valores dos caracteres também podem ser visualizados na janela Lista de Caracteres, onde colunas podem ser adicionadas (no menu Lista) para mostrar estatísticas selecionadas para cada um dos caracteres.

Listando todas as matrizes de caracteres

O item de menu Lista de Matrizes de Caracteres em Caracteres traz uma lista de matrizes de caracteres. Aqui você pode ver estatísticas e modificar os nomes das matrizes de caracteres.

As matrizes de caracteres podem ser marcadas como “ocultas”, o que significa que elas não serão incluídas na maioria dos menus e caixas de diálogo nas quais você pode escolher matrizes, e elas não aparecerão no painel do projeto à esquerda da janela. Para definir a visibilidade, vá para a Lista de Matrizes de Caracteres, Coluna 8749>Visibilidade da Matriz. Quando a coluna aparecer, selecione as linhas para as matrizes cuja visibilidade você deseja alterar, e escolha Toggle Visibility no menu suspenso no topo da coluna.