A tabela de códons usados pelos organismos para traduzir o mRNA em proteínas é mostrada no final da página. Como foi mencionado anteriormente nesta lição, o código genético precisou ser rachado uma vez porque todos os organismos usaram os mesmos códons para codificar os aminoácidos. Como os cientistas começaram a sequenciar as regiões codificadoras dos genes de organismos diferentes, eles descobriram algo chamado uma preferência de códão. Quando se olha para a tabela do códão, pode-se ver que o código genético é redundante. Isto significa que mais de um códão pode codificar o mesmo aminoácido. Isto porque existem 61 códons que codificam a colocação de 20 aminoácidos diferentes. Um códão só funcionará na codificação se um tRNA com um anticódão complementar também for encontrado na mesma célula e tiver o aminoácido apropriado para entregar. Portanto, poderia haver 61 tRNAs diferentes, um para complementar cada códon. Cada tRNA diferente precisa ser codificado por um gene diferente. Se esse gene não for expresso na célula, o tRNA não será encontrado e um códon que precisa ser complementado por esse tRNA não será complementado. Neste caso, o códon agirá como um códon de parada. O ribossomo interromperá a sua tradução e a proteína produzida será uma versão mais curta da proteína pretendida. Obviamente, os organismos não beneficiariam desta situação, pelo que existe uma complementação estreita entre o que os genes tRNAs estão presentes e expressos nas células de um organismo e o que os códons são utilizados para codificar um mRNA específico. Desta forma, o código genético terá um dialeto. A linguagem é universal mas certas palavras são usadas preferencialmente.

Os cientistas não têm a certeza porque as preferências de códão fazem parte do processo de expressão do gene nos organismos. Ele pode fornecer outro nível para que o organismo controle as quantidades e tipos de proteínas feitas em suas células. Experiências recentes em engenharia genética de plantas e animais, no entanto, tornaram a preferência pelo códão uma consideração importante. Por exemplo, os cientistas colocaram genes de uma bactéria do solo nas células da planta do milho para dar à planta do milho a capacidade de fazer uma proteína que é tóxica para a broca do milho europeia, uma praga comum para os produtores de milho. Eles descobriram que o gene seria transcrito, mas o mRNA não seria traduzido para fazer a proteína desejada. Uma das razões foi o uso do códão. Alguns dos códons que as bactérias usam para codificar os aminoácidos são raramente usados pelo milho. A planta do milho ou faltava o tRNA para complementar o códon ou fazer o tRNA a níveis tão baixos que não havia cópias suficientes na célula para acomodar a tradução do mRNA de Bt. Portanto, os engenheiros genéticos precisavam fazer regiões de codificação sintética que substituíssem os códons preferidos pelo milho por aqueles preferidos pelas bactérias. O resultado final foi que eles foram capazes de obter níveis mais altos da proteína Bt feita uma vez que essas alterações foram feitas no gene. A preferência pelo códão torna assim o processo de engenharia genética mais desafiador.