Parasitas protozoários de origem hídrica como Cryptosporidium, Giardia, Entamoeba e Toxoplasma são responsáveis por 1,7 bilhões de casos de diarréia globalmente, representando a segunda razão mais freqüente de mortalidade entre crianças menores de cinco anos. Eles apresentam um estágio de cisto/oocisto resistente ao meio ambiente. Apesar da sua importância, os métodos analíticos padrão para a sua detecção ainda dependem de imunoensaio seguido de análise microscópica. Nos últimos anos, foram relatados novos métodos com potencial para melhorar o diagnóstico ambiental. Esta revisão centra-se nos cistos e oocistos dos parasitas protozoários comuns transportados pela água e explora os biossensores e as opções baseadas na nanotecnologia para a sua detecção no ambiente. Novos desenvolvimentos incluindo o uso de aptamers para substituir anticorpos, uso de nanomateriais para substituir corantes orgânicos, e o desenvolvimento de novos métodos de sinalização como a espectroscopia Raman de superfície melhorada, e a medição de massa com base em cantilever são detalhados. Algumas oportunidades futuras de pesquisa são discutidas para abordar as limitações atuais dos métodos analíticos.