Em 12 de abril de 1955, após o anúncio do sucesso do ensaio da vacina contra a pólio, a Cutter Laboratories tornou-se uma das várias empresas recomendadas para receber uma licença do governo dos Estados Unidos para produzir a vacina contra a pólio da Salk. Em antecipação à demanda pela vacina, as empresas já haviam produzido estoques da vacina e estes foram emitidos assim que as licenças foram assinadas.

No que ficou conhecido como o incidente do Cutter, alguns lotes da vacina Cutter – apesar de terem sido aprovados nos testes de segurança exigidos – continham o vírus vivo da pólio no que supostamente era uma vacina inativada. O Cutter retirou sua vacina do mercado em 27 de abril após o relato de casos associados à vacina.

O erro produziu 120.000 doses de vacina da pólio que continham o vírus vivo da poliomielite. Das crianças que receberam a vacina, 40.000 desenvolveram poliomielite abortiva (uma forma da doença que não envolve o sistema nervoso central), 56 desenvolveram poliomielite paralítica – e destas, cinco crianças morreram de poliomielite. As exposições levaram a uma epidemia de poliomielite nas famílias e comunidades das crianças afetadas, resultando em mais 113 pessoas paralisadas e 5 mortes. O diretor do instituto de microbiologia perdeu seu emprego, assim como o equivalente do secretário assistente de saúde. A secretária de Saúde, Educação e Bem-Estar Social Oveta Culp Hobby demitiu-se. O Dr. William H. Sebrell Jr, diretor do NIH, renunciou.

Surgeon General Scheele enviou os Drs. William Tripp e Karl Habel do NIH para inspecionar as instalações de Cutter em Berkeley, interrogar os trabalhadores e examinar os registros. Após uma investigação exaustiva, eles não encontraram nada de errado com os métodos de produção do Cutter. Uma audiência do Congresso em junho de 1955 concluiu que o problema era principalmente a falta de escrutínio do Laboratório de Controle Biológico do NIH (e sua excessiva confiança nos relatórios da National Foundation for Infantile Paralysis).

Uma série de processos civis foram movidos contra os Laboratórios Cutter nos anos seguintes, o primeiro dos quais foi Gottsdanker v. Laboratórios Cutter. O júri considerou o Cutter não negligente, mas responsável pela violação da garantia implícita, e atribuiu aos demandantes danos monetários. Isto estabeleceu um precedente para processos posteriores. Todas as cinco empresas que produziram a vacina Salk em 1955-Eli Lilly, Parke-Davis, Wyeth, Pitman-Moore e Cutter – tiveram dificuldade em inativar completamente o vírus da poliomielite. Três outras empresas além do Cutter foram processadas, mas os casos foram resolvidos fora dos tribunais.

O incidente do Cutter foi um dos piores desastres farmacêuticos da história dos EUA e expôs vários milhares de crianças ao vírus da pólio ao vivo na vacinação. O Laboratório de Controle Biológico do NIH, que tinha certificado a vacina contra a pólio Cutter, tinha recebido avisos prévios de problemas: em 1954, a Dra. Bernice Eddy tinha relatado aos seus superiores que alguns macacos inoculados tinham ficado paralisados e fornecido fotografias. William Sebrell, o diretor do NIH, rejeitou o relatório.