O Código Morse começou seu desenvolvimento aproximadamente em 1836, quando Samuel F. B. Morse, Joseph Henry, e Alfred Vail desenvolveram um sistema telegráfico elétrico. Um código era necessário para transmitir mensagens, usando apenas os pulsos elétricos que o telégrafo podia enviar e as pausas entre eles.
Em 1837, William Cooke e Charles Wheatstone na Inglaterra desenvolveram um sistema telegráfico alternativo usando agulhas apontadoras que giravam acima dos gráficos alfabéticos para indicar as letras que estavam sendo enviadas. Entretanto, os inventores não conseguiram encontrar clientes para seu sistema.
O telégrafo Morse/Henry/Vail foi originalmente projetado para fazer indentações em uma fita de papel quando correntes elétricas eram recebidas, e o código Morse foi desenvolvido para que os operadores pudessem traduzir as indentações em texto. Morse tinha planeado transmitir apenas numerais, e usar um livro de código para procurar cada palavra de acordo com o número que tinha sido enviado. Entretanto, o código foi logo expandido por Alfred Vail para incluir letras e caracteres especiais, para que pudesse ser usado de forma mais geral. Os operadores aprenderam mais tarde que podiam traduzir os cliques directamente em pontos e traços, e escrevê-los à mão, tornando assim a fita de papel desnecessária; e que as pessoas se tornam mais proficientes em receber o código Morse quando este é ensinado como uma linguagem que é ouvida, em vez de uma leitura de uma página.
O código Morse começou a ser usado extensivamente para comunicações via rádio na década de 1890. A partir da década de 1930, tanto os pilotos civis como militares eram obrigados a poder usar o código Morse. O código Morse foi usado como padrão internacional para socorro marítimo até 1999, quando foi substituído pelo Sistema Global de Segurança de Socorro Marítimo. Quando a Marinha francesa deixou de usar o código Morse em 31 de janeiro de 1997, a mensagem final transmitida foi “Calling all. Este é o nosso último grito antes do nosso silêncio eterno”. Nos Estados Unidos, a transmissão comercial final do código Morse foi em 12 de julho de 1999, assinando com a mensagem original de Samuel Morse de 1844, “What has God wrought”, e o prosign “SK”.
Versões múltiplas do código foram criadas ao longo dos anos, incluindo a versão original de Morse, uma versão continental (Gerke), e a versão internacional atual mostrada acima, como adotada pela UIT. A versão do Gerke, criada em 1848, alterou quase metade do alfabeto e todos os numerais, resultando substancialmente na forma moderna do código. Depois de algumas pequenas alterações, o Código Morse Internacional foi padronizado no Congresso Internacional de Telegrafia em 1865 em Paris, e mais tarde foi feito o padrão pela União Internacional de Telecomunicações (UIT).
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