Les parasites protozoaires d’origine hydrique comme Cryptosporidium, Giardia, Entamoeba et Toxoplasma sont responsables de 1,7 milliard de cas de diarrhée dans le monde, représentant la deuxième raison la plus fréquente de mortalité chez les enfants de moins de cinq ans. Ils présentent un stade cyst/oocyste résistant à l’environnement. Malgré leur importance, les méthodes analytiques standard pour leur détection reposent toujours sur des tests immunologiques suivis d’une analyse microscopique. Ces dernières années, de nouvelles méthodes ont été signalées, qui pourraient permettre d’améliorer le diagnostic environnemental. Cette étude se concentre sur les kystes et les oocystes des parasites protozoaires courants présents dans l’eau et explore les possibilités offertes par les biocapteurs et les nanotechnologies pour leur détection dans l’environnement. Les nouveaux développements, notamment l’utilisation d’aptamères pour remplacer les anticorps, l’utilisation de nanomatériaux pour remplacer les colorants organiques et le développement de nouvelles méthodes de signalisation telles que la spectroscopie Raman améliorée en surface et la mesure de masse par cantilever, sont détaillés. Certaines opportunités de recherche futures sont discutées pour répondre aux limites actuelles des méthodes analytiques.