Nomenclature des souches de souris

Un grand nombre de souches GEMM (Genetically Engineered & Mutant Mice) sont des souches congéniques. Les souches congéniques sont produites en transférant une mutation d’un fond génétique à une souche consanguine spécifique par rétrocroisements répétés. La souche congénère et son partenaire consanguin sont censés être identiques sur tous les loci, à l’exception du locus transféré et d’un segment de chromosome lié. La taille du segment et la possibilité d’allèles transférés sur d’autres chromosomes dépendent du nombre de générations de rétrocroisements.

Une souche est considérée comme totalement congénère après dix générations de rétrocroisements (N10). Cependant, les souches portant des mutations qui ont été rétrocroisées sur la souche de fond pendant au moins cinq, mais moins de dix, générations sont considérées comme des souches congéniques naissantes et peuvent être utiles dans divers domaines de recherche.

La plupart des noms de souches pour les souris congéniques portant des mutations spontanées et ciblées, ainsi que pour quelques souches congéniques pour les loci d’histocompatibilité, n’ont pas suivi la nomenclature congéniale standard pour des raisons historiques. En réponse aux préoccupations de la communauté scientifique concernant les origines des mutations génétiques et les différences de phénotype dues aux effets du fond génétique, le Comité international sur la nomenclature génétique standardisée pour les souris et le Jackson Laboratory se sont engagés à corriger ces incohérences.

A compter du 1er juin 2000, un grand nombre de noms de souches de souris JAX® ont été modifiés pour indiquer la souche d’origine de la mutation. Les souches sont répertoriées par leurs nouveaux noms, les anciens noms étant indiqués dans la base de données JAX® Mice. Des exemples de ces changements de noms sont fournis ci-dessous. La nomenclature congénère est adoptée lorsqu’une souche a atteint la cinquième génération de rétrocroisement (N5), bien qu’une souche ne soit pas considérée comme pleinement congénère avant N10. Il a été décidé de ne pas modifier la nomenclature de certaines souches qui portent des allèles multiples dérivés de différentes origines, soit en raison de la façon dont la souche a été générée, soit parce que la nomenclature entraînerait une confusion supplémentaire. Des informations supplémentaires sur les origines des transgènes et des mutations génétiques peuvent être trouvées par le biais de la base de données JAX® Mice en effectuant une recherche à l’aide du symbole du gène ou du numéro de stock qui vous intéresse.

Nomenclature des souches congéniques

Les souches congéniques sont désignées par un symbole composé constitué de la souche hôte (généralement abrégée), d’un point, de la souche donneuse (également généralement abrégée), d’un trait d’union et du symbole en italique du ou des locus différentiels et du ou des allèles (par ex, B10.129P-H12b). Lorsque la souche donneuse n’est pas consanguine ou est complexe, on utilise le symbole « Cg », qui signifie congénère. La nomenclature des congénères s’applique aussi bien aux congénères naissants qu’aux congénères complets. Le numéro de génération est inclus dans le détail de la souche.

Le fond génétique de nombreux congénères est un mélange de C57BL/6J et d’une sous-souche 129 (désignée soit par B6;129, B6;129P, ou B6;129S ; voir l’explication qui suit sur « Nomenclature révisée pour les souris de souche 129 »). Cependant, les antécédents de certaines souches congéniques sont inconnus, proviennent de plus de deux souches progénitrices, ou ont des contributions génétiques provenant d’une source inconnue ou non apparentée. Le fond de ces congénères est souvent désigné comme « STOCK ». Auparavant, la plupart des mutations spontanées et induites transférées par rétrocroisement d’un fond mixte (par exemple, B6;129 ou STOCK) à un fond consanguin n’étaient pas décrites par la nomenclature conventionnelle des congénères. Cependant, de nombreux noms de souches de souris génétiquement modifiées et mutantes ont été révisés pour indiquer plus clairement l’origine d’une mutation (par exemple, B6.129P2-Apoetm1Unc/J).

Le laboratoire Jackson fournit un grand nombre de souches congéniques d’histocompatibilité. Dans certains cas, plusieurs lignées sont dérivées de la même souche donneuse et sont distinguées par un numéro et/ou une lettre entre parenthèses (par exemple, B10.129P-H11b(10M)/SnJ et B10.129P-H46b H47b(21M)/Sn).

En, 2000, un grand nombre de noms de souches de souris JAX® ont changé pour indiquer la souche d’origine de la mutation. Exemples de changements de nomenclature

Exemple 1.

Note : Ce nom de souche ne doit pas être confondu avec celui d’une mutation maintenue sur un fond génétique mixte B6;129P, où les abréviations de souche dans le nom sont séparées par un point-virgule plutôt que par un point (voir exemple 5). Nous avons inclus des informations supplémentaires (type de souche, informations sur le contrôle, souches de fond et souches donneuses, et numéro de génération) dans le détail de la souche congénère à la fois dans notre littérature imprimée et sur notre site Web afin de délimiter plus clairement le fond génétique.

Exemple 2.

Note : Le Cg (pour congenic) est utilisé lorsqu’il y a plusieurs souches donneuses ou que la souche donneuse est d’origine génétique mixte.

Exemple 3.

Note : Dans cet exemple, le Cg est utilisé pour éviter de suggérer que les deux mutations sont apparues sur DBA/J tout en montrant que le marqueur de couleur de robe brumeuse (m) et la mutation du diabète (Leprdb) sont maintenus en répulsion.

Exemple 4.

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Note : Le matériel génétique contributif supplémentaire peut être inclus entre parenthèses à la suite de la souche donneuse. Dans cet exemple, une mutation ciblée a été transférée d’un fond mixte B6;129P à une troisième souche consanguine. La région génomique flanquant le gène ciblé est de type 129P2 en raison de l’origine de la lignée de cellules ES, mais une quantité inconnue du génome de la souche peut être d’origine C57BL/6. La quantité d’ADN de la souche donneuse, liée et non liée au locus différentiel, diminue avec l’augmentation des générations de rétrocroisement.

Souche avec une mutation portée sur un fond génétique mixte

Exemple 5.

Note : Il ne s’agit pas d’un congénère, mais plutôt d’un mélange de C57BL/6 et 129P2 (à partir d’une lignée de cellules ES) et il y a donc ségrégation des allèles de ces deux souches. La virgule entre les abréviations de souches a été remplacée par un point-virgule pour faire une distinction plus claire avec le point dans la nomenclature des congénères.

Souche dont la nomenclature n’a pas changé, mais qui porte des allèles d’origines différentes

Exemple 6.

Note : Cette souche a été obtenue par accouplement, et non par rétrocroisement, de trois souches congéniques individuelles portant des allèles différentiels déjà sur un fond génétique C57BL/6J (B6.C-Igha, B6.PL-Thy1a, et B6.CAST-Gpi1).