Caractères et matrices de caractères

Les caractères et leurs états de caractères sont des moyens par lesquels on décrit les caractéristiques des organismes. Mesquite supporte des caractères dont les états sont catégoriques (discrets et pas nécessairement ordonnés), continus (mesures à valeur décimale) ou méristiques (comptages). Des versions spéciales de caractères catégoriels existent pour les données de séquences d’ADN, d’ARN et de protéines. Pour plus de détails spécifiques à ces types de caractères, voir les pages sur les caractères moléculaires et continus. Les caractères catégoriques autres que les caractères moléculaires peuvent avoir 55 états. Les caractères méristiques sont des nombres entiers (et peuvent être négatifs).

Les caractères peuvent exister dans des matrices qui sont stockées dans un fichier de données. Ainsi, une matrice peut stocker une série de caractères catégoriques pour décrire les caractéristiques phénotypiques. Une autre matrice peut stocker des caractères continus décrivant des mesures prises sur les organismes, tandis qu’une troisième matrice peut stocker des données de séquence d’ADN, dans lesquelles chaque site aligné est traité comme un caractère (Mesquite traite actuellement les données non alignées comme si elles étaient alignées, bien que l’alignement puisse être ignoré). Chaque matrice ne peut avoir qu’un seul type de caractère, mais un fichier de données peut contenir plus d’une matrice.

Les caractères peuvent également exister en dehors des matrices. Par exemple, les caractères peuvent être créés par des simulations et des randomisations ou par des ordinations et utilisés directement dans des calculs, sans être à aucun moment capturés dans une matrice et stockés dans un fichier. Ainsi, la « Source de caractères » utilisée pour un calcul peut être soit des matrices stockées dans le fichier, soit des caractères générés à la volée par des simulations ou des randomisations, ou des ordinations. Pour cette raison, Mesquite vous demande par défaut quelle Source de Caractères utiliser lorsque des caractères ou des matrices sont nécessaires. Parce que certains utilisateurs novices peuvent trouver cette demande déroutante, vous pouvez configurer Mesquite pour qu’il choisisse les caractères stockés ou les matrices stockées par défaut, sans demander, en sélectionnant l’élément « Utiliser les caractères stockés/matrices par défaut » dans le sous-menu Défauts du menu Fichier.

La majeure partie de cette page de manuel concerne les caractères/matrices stockés dans le fichier de données.

  • Types de matrices de caractères
  • Créer une matrice de caractères
  • Supprimer et renommer des matrices de caractères
  • L’éditeur de matrice de caractères
    • Undo
    • Ajouter, supprimer, renommer et trier des taxons et des caractères
    • Saisie de données de caractères
    • Sélection de taxons, caractères et cellules de la matrice
    • Recherche dans la matrice
    • Copier/coller
    • Modification des noms des caractères et des états
    • Annotations
    • Coloration des cellules de la matrice
    • Altérations et transformations

    .

  • Changement des attributs des caractères
  • Cartographie des informations sur les caractères
  • Liste de toutes les matrices de caractères

Types de matrices de caractères

Les types standard de matrices de caractères disponibles dans Mesquite sont :

  • Matrices catégorielles standard – Les états sont discrets, pas nécessairement ordonnés. Les caractères peuvent avoir jusqu’à 55 états, dont les symboles par défaut sont 0 – 9, A – H, K – N, P – Z, a – h, k – n, p – z. Les polymorphismes (par exemple, état 0 et 2) sont indiqués par 0&2 ; l’incertitude (par exemple, état 0 ou 2) est indiquée par 0/2. Un état complètement inconnu est indiqué par ? par défaut. Si le caractère est inapplicable à ce taxon, le symbole est – par défaut. Les noms d’état peuvent être attribués à l’aide de l’option Modifier les noms d’état.
  • Matrices ADN/ARN – Quatre états, A, C, G, T ou A, C, G, U. Les codes d’ambiguïté standard (par exemple, R = A ou G) peuvent être utilisés. Par défaut, l’état inconnu est ?, l’écart est -. Plus d’informations sur l’édition des données ADN sont données ici.
  • Matrices de protéines – Symboles standard pour les acides aminés. Par défaut, l’état inconnu est ?, l’écart est -. Plus d’informations sur l’édition des données de protéines sont données ici.
  • Matrices continues – Les états sont des valeurs continues (par exemple 1,02, 3e-4). Une matrice peut avoir plusieurs éléments, tels que x, y ou min, max. Les éléments peuvent être ajoutés à l’aide des éléments de menu sous Matrix>Utilités, ou à l’aide du panneau d’information de la matrice (indiqué par le « i » bleu en bas à gauche de la matrice). Un type spécial de matrice continue, Geographic, comporte deux caractères (latitude, longitude). De plus amples informations sur les données continues sont données ici.
  • Matrices méristiques – Les états sont des nombres entiers (et peuvent être négatifs). Si le caractère est inapplicable à ce taxon est indiqué par un x, et non « – » comme dans les autres types de données, pour éviter toute confusion avec le signe moins. Les données manquantes sont indiquées par un point d’interrogation ( ?). Les matrices méristiques peuvent avoir plusieurs éléments, qui peuvent être ajoutés en utilisant le panneau d’information de la matrice (indiqué à l’aide du « i » bleu en bas à gauche de la matrice).

Création d’une matrice de caractères

Il y a plusieurs façons de créer une matrice de caractères à stocker dans le fichier. Le plus simplement, vous pouvez créer une matrice vierge (vide) en choisissant Caractères>Nouvelle matrice vide. Dans la boîte de dialogue qui s’affiche, nommez la matrice de caractères et spécifiez le nombre de caractères. Vous devrez également choisir le type de données que la matrice contiendra (standard catégorique, données de séquence d’ADN (ou d’ARN), continu, ou données de séquence de protéines). Normalement, vous créerez une matrice vide si vous êtes sur le point de commencer à saisir des observations sur les organismes.

Il est également possible de créer des matrices de caractères qui sont déjà remplies d’états de caractères. Par exemple, si vous voulez faire une copie d’une matrice de caractères existante, sélectionnez Caractères>Faire une nouvelle matrice à partir de> matrices stockées. Si vous voulez créer une matrice à partir du contenu du presse-papiers, sélectionnez Characters>Make New Matrix From>Clipboard. D’autres choix disponibles sous Caractères>Faire une nouvelle matrice à partir de> vous permettent de faire et de stocker des matrices résultant de simulations d’évolution de personnages, de randomisations de matrices existantes, ou d’autres sources.

Les matrices de caractères peuvent également être lues à partir de fichiers, y compris ceux de NEXUS et d’autres formats qui peuvent être importés.

Suppression et renommage de matrices

Il y a trois endroits où vous pouvez renommer et supprimer des matrices de caractères : dans l’éditeur de matrices de caractères, dans la fenêtre Liste des matrices de caractères et dans le panneau de projet.

Dans l’éditeur de matrice de caractères, le sous-menu Matrice actuelle en haut du menu de la matrice comporte des éléments de menu pour renommer ou supprimer la matrice affichée dans la fenêtre.

Dans la fenêtre Liste des matrices de caractères (disponible dans le menu Caractères), vous pouvez renommer une matrice en éditant directement son nom. Pour supprimer des matrices, sélectionnez les lignes correspondant aux matrices à supprimer, puis sélectionnez List>Delete Selected Character Matrices.

Pour renommer une matrice depuis le panneau de projet à gauche de vos fenêtres, touchez le nom de la matrice jusqu’à ce qu’un menu déroulant apparaisse :

Choisissez Rename Matrix dans ce menu pour renommer la matrice. Vous pouvez également utiliser ce menu déroulant pour supprimer une matrice.

L’éditeur de matrice de caractères

Une fois que vous avez une matrice de caractères, vous pouvez la modifier en utilisant l’éditeur de matrice de caractères de Mesquite, disponible en haut du menu Caractères. Il s’agit d’un éditeur de feuille de calcul, dont le style est similaire à celui de MacClade. Bien que l’éditeur Mesquite puisse traiter des données continues et dispose d’utilitaires spéciaux, par exemple pour comparer des matrices, il ne dispose pas des fonctions sophistiquées de MacClade pour la visualisation et l’alignement de données de séquences moléculaires. Comme MacClade et Mesquite partagent le format de fichier NEXUS, pour la plupart des fichiers de données, vous pourrez éditer des matrices dans l’un ou l’autre des programmes pour les utiliser dans l’autre. Vous trouverez ci-dessous des instructions sur la façon d’éditer une matrice de caractères. La plupart des modifications peuvent être effectuées dans l’éditeur de matrice de caractères, mais certaines modifications peuvent être effectuées dans d’autres fenêtres.

L’éditeur de matrice de caractères est contrôlé par les menus Matrice et Sélection, et par les outils de la palette à gauche. Le menu Matrice contient des éléments permettant de modifier la largeur des colonnes (le sous-menu Affichage), de changer la couleur des cellules et de modifier les données des caractères.

Vous pouvez demander un panneau pour afficher des informations sur la matrice et ses caractères en touchant le « i » bleu () en haut à droite ou en bas à gauche de la matrice.

Vous pouvez avoir plus d’un éditeur de matrice visible pour travailler sur la même matrice. Pour obtenir un deuxième éditeur, choisissez Éditeur de matrice supplémentaire dans le menu Caractères. Cela peut être utile si vous voulez que les éditeurs soient réglés sur des vues différentes (par exemple, un sur la vue Birds eye, ou coloré comme traduit en protéine).

Notez qu’actuellement de nombreuses modifications que vous apportez à une matrice de caractères ne peuvent pas être annulées !

L’éditeur de matrice de caractères montrant des données morphologiques
L’éditeur de matrice de caractères montrant des séquences d’ADN .

Il existe des boutons en bas à gauche de l’éditeur de matrice de caractères pour ouvrir la fenêtre Liste des caractères () et la fenêtre Liste des taxons (). Réciproquement, la fenêtre Liste des caractères comporte un bouton () pour afficher l’éditeur de matrice de caractères.

Undo

L’éditeur de matrice de caractères de Mesquite a une certaine capacité à annuler la dernière modification effectuée, selon ce qu’était cette modification. Vous pouvez demander Undo dans le menu Edition. Actuellement, la suppression d’un caractère ne peut pas être annulée, tout comme la suppression des taxons. Nous travaillons à étendre la portée de ce qui peut être annulé. (Si l’impossibilité d’annuler vous inquiète, vous pouvez activer la sauvegarde automatique de NEXUS dans le sous-menu Defaults du menu File, et sauvegarder fréquemment).

Ajouter, supprimer, renommer, fusionner et trier les taxons et les caractères

Il existe plusieurs méthodes pour ajouter des taxons ou des caractères à une matrice existante. Pour ajouter des taxons, soit choisir (Matrice de caractères) Matrice>Ajouter des taxons… ou (Taxons) Liste>Ajouter des taxons… pour ajouter des taxons à la fin de la matrice, soit utiliser l’outil Ajouter des taxons () dans la matrice de caractères pour ajouter des taxons au point de la matrice qui est touché. Pour ajouter des caractères, choisissez (Matrice de caractères) Matrice>Ajouter des caractères… pour ajouter des caractères à la fin de la matrice, ou utilisez l’outil Ajouter des caractères () dans la matrice de caractères pour ajouter des caractères au point de la matrice qui est touché.

Pour supprimer des taxons existants, soit vous sélectionnez les taxons dans la fenêtre Liste des taxons (en touchant le numéro du taxon à l’extrême gauche), et choisissez (Taxa) Liste>Supprimer les taxons sélectionnés, soit vous sélectionnez la ligne entière des taxons à supprimer (en touchant le numéro du taxon à l’extrême gauche) dans la matrice de caractères et choisissez (Matrice de caractères) Matrice>Supprimer les taxons sélectionnés.

Pour supprimer des caractères existants, soit vous sélectionnez les caractères dans la fenêtre Liste des caractères (en touchant le numéro du caractère à l’extrême gauche), et choisissez (Caractères) Liste>Supprimer les caractères sélectionnés, soit vous sélectionnez la ligne entière des caractères à supprimer (en touchant le numéro des caractères à l’extrême gauche) dans la matrice des caractères et choisissez (Matrice des caractères) Matrice>Supprimer les caractères sélectionnés.

Pour renommer des taxons ou des caractères, choisissez l’outil poutre en I () dans la fenêtre Liste des taxons, la fenêtre Liste des caractères ou la fenêtre Matrice des caractères, sélectionnez le nom à modifier et tapez le nouveau nom.

Les taxons peuvent être fusionnés en utilisant Fusionner les taxons dans le sous-menu Utilitaires de taxons du menu Matrice. Cela fusionnera également leurs états de caractères dans toutes les matrices. Si les deux taxons ont les mêmes états, cet état est utilisé pour le taxon fusionné. Si l’un des deux taxons a des données manquantes ou une lacune (inapplicable), mais que l’autre a un état, l’état de l’autre est utilisé (par exemple, ? + A = A). Si l’un a une lacune et l’autre des données manquantes, le résultat est une donnée manquante. Si les deux taxons ont des états différents qui sont des états simples ou polymorphes, un polymorphisme en résulte (par exemple, A + G = A&G). Si les deux taxons ont des états différents et qu’au moins l’un d’eux est ambigu, il en résulte une incertitude, à moins que l’ambiguïté ne soit entièrement contenue dans le polymorphisme de l’autre (par exemple, A&C + C/T = A/C/T ; A&C&T + C/T = A&C&T).

Pour changer l’ordre des caractères, vous pouvez sélectionner et faire glisser des caractères entiers dans la fenêtre de la liste des caractères ou dans l’éditeur de matrice de caractères. Vous pouvez également utiliser l’outil de tri () pour trier automatiquement les caractères dans l’ordre alphabétique ou numérique de la colonne ou de la ligne sur laquelle vous touchez dans ces fenêtres.

Saisie des données de caractères

Vous pouvez saisir les données de caractères soit une cellule à la fois, soit en utilisant des outils qui permettent la saisie de plusieurs cellules à la fois. Les outils disponibles sont présentés dans le tableau suivant.

Outil Action
I-beam Sélectionne une cellule individuelle et vous permet de modifier le contenu de la cellule comme vous le feriez pour tout texte standard.
Sélectionner et taper Si cet outil est actif, taper une touche entraîne la saisie de cette valeur unique dans toutes les cellules sélectionnées. Les cellules peuvent être sélectionnées avec cet outil ; en maintenant les touches Maj ou Commande, plusieurs cellules peuvent être sélectionnées.
Paint Bucket Cet outil remplira rapidement un bloc de cellules avec un état particulier. L’état (« peinture ») peut être choisi en touchant l’Eye Dropper sur une cellule de l’état approprié, ou en choisissant Set Fill States dans le menu déroulant du Paint Bucket.
Compte-gouttes pour les yeux Cet outil, lorsqu’il est touché sur une cellule de la matrice, règle la « peinture » du seau de peinture sur les états de cette cellule.

Sélection de taxons, de caractères et de cellules de la matrice

Mesquite dispose de plusieurs outils pour sélectionner des taxons, des caractères ou des cellules de données, comme décrit dans le tableau suivant.

Outil Action
Flèche Sélectionne des cellules individuelles ou multiples. Pour ajouter ou soustraire des cellules à une sélection existante, maintenez la touche Commande (ou Pomme) enfoncée lorsque vous touchez une cellule. Pour étendre une sélection afin d’englober un bloc solide de cellules, maintenez la touche Shift enfoncée lorsque vous touchez une cellule.
Wand Par défaut, sélectionne toutes les cellules possédant le même état de valeur que la cellule touchée. C’est-à-dire que si vous la touchez sur une cellule ayant l’état « 1 », toutes les cellules de la matrice entière ayant l’état « 1 » seront sélectionnées. Toutefois, à l’aide du menu déroulant, vous pouvez lui demander de choisir toutes les cellules dont la valeur est supérieure ou inférieure à celle touchée. Par défaut, cet outil sélectionne les cellules de toute la matrice. À l’aide du menu déroulant, vous pouvez demander de limiter la sélection à un seul taxon ou à un seul caractère. En maintenant la touche Shift enfoncée, vous ajoutez la nouvelle cellule à la sélection existante. Maintenir la touche Commande (ou Pomme) ajoutera les nouvelles cellules à la sélection existante si vous touchez une cellule qui n’est pas sélectionnée, et supprimera les cellules de la sélection existante si la cellule est déjà sélectionnée.
Taxon Wand Par défaut, sélectionne tous les taxons possédant le même état dans le caractère touché que dans la cellule touchée. Cependant, en utilisant le menu déroulant, vous pouvez lui demander de choisir tous les taxons dont la valeur est supérieure à celle touchée, ou inférieure à. En maintenant la touche Shift enfoncée, vous ajoutez les nouveaux taxons à la sélection existante. Le fait de maintenir la touche Commande (ou Pomme) enfoncée ajoutera le nouveau taxon à la sélection existante si vous touchez un taxon qui n’est pas sélectionné, et supprimera le taxon de la sélection existante si le taxon est déjà sélectionné.
Baguette à caractères Par défaut, sélectionne tous les caractères possédant le même état dans le caractère touché que celui de la cellule touchée. Cependant, à l’aide du menu déroulant, vous pouvez lui demander de choisir tous les caractères dont la valeur est supérieure à celle touchée, ou inférieure à. Si vous maintenez la touche Shift enfoncée, les nouveaux caractères seront ajoutés à la sélection existante. Maintenir la touche Commande (ou Pomme) enfoncée ajoutera les nouveaux caractères à la sélection existante si vous touchez un caractère qui n’est pas sélectionné, et supprimera les caractères de la sélection existante si le caractère est déjà sélectionné.

Les taxons, les caractères et les cellules peuvent également être sélectionnés en utilisant les éléments du menu Sélectionner de l’éditeur de matrice de caractères. Ceux-ci vous permettent de sélectionner des caractères variables, de sélectionner des tronçons de séquence correspondant à un tronçon actuellement sélectionné, d’inverser la sélection actuelle et d’effectuer d’autres modifications de la sélection.

Recherche dans la matrice

Le contenu de la matrice peut être recherché de deux manières. Tout d’abord, la zone de recherche en haut de la fenêtre peut être définie sur Données de recherche (définie en cliquant sur la petite icône jusqu’à ce qu’elle s’affiche comme ). Ensuite, vous pouvez saisir une chaîne de recherche et appuyer sur la touche retour.

Deuxièmement, vous pouvez rechercher la matrice en utilisant les commandes Find dans le menu Edit, et le Select by Search dans le menu Select. Dans le menu Edition, Find String… sélectionne la première cellule d’instance de la matrice contenant la chaîne de texte donnée. Elle recherche les premiers noms de taxons, les noms de caractères, les états de caractères dans la matrice. Vous pouvez trouver les instances suivantes en utilisant la commande Find Again. Find All sélectionne toutes les cellules contenant une chaîne de caractères donnée. La commande Find Footnote fonctionne comme la commande Find String, sauf qu’elle met en évidence les cellules qui contiennent des notes de bas de page avec le texte donné. (Pour trouver du texte dans les annotations plus élaborées, vous devrez appeler une fenêtre d’annotations en utilisant l’outil Annoter (crayon) dans l’éditeur de matrice de caractères, puis choisir Trouver une annotation dans le menu Notes.)

Copier/coller

Vous pouvez copier les noms de taxons et de caractères d’une région de la matrice à une autre et d’une matrice à une autre. Vous pouvez également copier une ou plusieurs cellules de la matrice dans le Presse-papiers, et les coller dans une autre région de la matrice, ou dans une autre matrice. Mesquite vous permet de faire des sélections discontinues, à condition que le nombre de cellules sélectionnées dans le premier taxon qui est sélectionné lors de la copie soit le même que le nombre de cellules sélectionnées dans le premier taxon qui est sélectionné lors du collage, et le même pour les taxons suivants. Autrement dit, si vous sélectionnez deux cellules dans le taxon 3, une cellule dans le taxon 5, et quatre cellules dans le taxon 7, et que vous copiez cela dans le Presse-papiers, alors lorsque vous collez, vous devez sélectionner deux cellules dans le premier taxon dans lequel coller, une dans le suivant, et quatre dans le dernier.

Mesquite ne vous laissera pas coller un bloc de cellules dans la matrice alors que vous avez sélectionné un bloc de forme différente dans la matrice. Cependant, si vous tentez de le faire, Mesquite vous proposera de modifier la sélection afin qu’elle couvre le même nombre de cellules que dans la sélection. Vous pourrez alors tenter à nouveau de coller.

Edition des noms de caractères et d’états

Les noms de caractères peuvent être attribués soit en éditant les en-têtes de colonnes dans l’éditeur de matrice de caractères, soit en éditant les noms de caractères directement dans la fenêtre Liste de caractères.

L’éditeur de noms d’états, disponible en choisissant (matrice de caractères) Matrice>Éditer les noms d’états, vous permet de nommer les états des caractères catégoriels. Il ne sera pas disponible si votre matrice est spécifiée comme étant des données de nucléotides ou de protéines. Vous pouvez changer l’orientation (états par caractères, ou caractères par états) de l’éditeur de noms d’états en touchant la double flèche en haut à gauche de la fenêtre. Des notes de bas de page peuvent être attachées à des états particuliers en sélectionnant l’état et en tapant la note de bas de page dans la zone d’annotation en bas de la fenêtre.

Annotations

Vous pouvez annoter la matrice de caractères en attachant des notes de bas de page simples, des annotations plus élaborées ou des couleurs aux taxons, caractères ou cellules de la matrice. Les notes de bas de page simples peuvent être attachées en sélectionnant la cellule avec l’outil flèche ou poutre en I, puis en allant dans la zone d’annotation blanche en bas de la fenêtre et en entrant la note de bas de page. Des annotations et des couleurs plus élaborées peuvent être attachées en utilisant le panneau des annotations, disponible en sélectionnant Afficher le panneau des annotations dans le menu Matrice. Actuellement, les systèmes de notes de bas de page et d’annotations sont séparés dans Mesquite – les notes de bas de page apparaissent dans la zone d’annotation au bas de nombreuses fenêtres ; les annotations élaborées apparaissent dans un panneau intégré à l’éditeur de matrice de caractères. Un exemple de fichier de données avec des annotations se trouve à Mesquite_Folder/examples/Basic_Examples/characters/11a-annotations.nex

Le panneau des annotations apparaît à droite de la fenêtre, comme suit :

Le panneau des annotations ci-dessus montre les annotations (s’il y en a) associées à un taxon, un caractère ou une cellule donnée de la matrice (selon ce qui a été sélectionné avec l’outil d’annotation (crayon)). Des notes peuvent être ajoutées ou supprimées à l’aide des boutons (+) ou de la corbeille en haut à gauche. Une image peut être ajoutée à chaque note, et des étiquettes peuvent être ajoutées aux images à l’aide du curseur en forme de poutre. Pour contrôler l’apparence de ces étiquettes, faites un clic droit ou un contrôle-clic sur l’étiquette pour obtenir un menu déroulant permettant de régler la police, la couleur et d’autres propriétés de l’étiquette. Le pointeur de l’étiquette peut être déplacé à l’aide de l’outil Ajuster le pointeur. D’autres caractéristiques des annotations sont accessibles à l’aide du sous-menu Annotations du menu Matrice. Vous pouvez rechercher des annotations contenant du texte à l’aide de l’élément de menu Rechercher une annotation du sous-menu Annotations.

Coloration des cellules de la matrice

Les cellules ou leur texte peuvent être colorés. La couleur de fond par défaut des cellules est choisie dans le sous-menu (matrice de caractères) Matrice>Couleur de fond. Les couleurs permettant de distinguer différentes cellules peuvent être spécifiées à l’aide des éléments des sous-menus (Character Matrix) Matrix>Color Cells et (Character Matrix) Matrix>Color Text. Ces sous-menus spécifient la couleur à utiliser pour l’arrière-plan de la cellule, ou pour le texte dans la cellule, selon les critères suivants :

  • Valeur du caractère – Une cellule est colorée en fonction d’une valeur pour le caractère entier, comme les pas de caractères de parcimonie.
  • Valeur de la cellule – Une cellule est colorée en fonction d’une valeur pour cette cellule particulière. Par exemple, avec des données de séquence d’ADN, les cellules peuvent être colorées en bleu si le site est G ou C, en blanc si A ou T. En sélectionnant (Matrice de caractères) Matrice>Fenêtre mobile (pour les couleurs)…, vous pouvez définir la taille de la fenêtre mobile sur laquelle le contenu GC est moyenné. D’autres valeurs de cellules sont disponibles pour les propriétés des acides aminés (par ex, hydrophobie)
  • Exclu – Une cellule est colorée en gris si son caractère est exclu.
  • Présence d’une note de bas de page – Une cellule est colorée en vert si elle possède une note de bas de page.
  • État du caractère – Une cellule est colorée selon l’état du caractère (par ex. différentes couleurs pour A, C, G, T)
  • Annotation attachée – Une cellule est colorée en vert si des annotations (pas des notes de bas de page, mais les annotations complexes complètes) y sont attachées.
  • Couleurs assignées – Une cellule est affichée avec la couleur assignée par l’outil pinceau (). Pour attribuer une couleur à une cellule, cliquez sur la cellule avec le pinceau. Touchez et maintenez le bouton dans la palette d’outils pour obtenir un menu permettant de sélectionner la couleur utilisée, de supprimer les couleurs ou de colorer toutes les cellules sélectionnées.

Lorsque les cellules sont colorées, vous pouvez demander une légende pour les couleurs en sélectionnant Show Color Legend dans le menu Matrix, ou en touchant le petit bouton() en bas à gauche de l’éditeur de matrice (sous les noms de taxons). Si vous double-cliquez sur une couleur dans la matrice, l’éditeur se déplacera vers une cellule avec cette couleur.

Altérations et transformations

Les éléments suivants sont disponibles dans le menu Altération/Transformation du menu Matrice pour modifier les cellules ou les caractères d’une matrice :

  • Remplissage des cellules sélectionnées avec un état spécifié : Choisissez (Matrice de caractères) Matrice>Alter/Transformer>Remplissage
  • Remplissage des cellules sélectionnées avec des états aléatoires avec une fréquence égale pour tous les états : Choisir (Matrice de caractères) Matrice>Alter/Transformer>Remplissage aléatoire
  • Remélanger aléatoirement les états d’un caractère parmi les taxons sélectionnés : Choisissez (Matrice de caractères) Matrice>Alter/Transformer>Mélanger les états parmi les taxons
  • Pour les données de séquence nucléotidique, convertissez les entrées de chaque cellule en leur complément : Choisissez (Matrice de caractères) Matrice>Alter/Transformer>Complément de nucléotides
  • Renverser une séquence moléculaire sélectionnée : Choisir (Matrice de caractères) Matrice>Alter/Transformer>Séquence inverse
  • Suppression des caractères constitués uniquement de lacunes : Choisir (Matrice de caractères) Matrice>Alter/Transformer>Supprimer les caractères constitués uniquement d’espaces
  • Supprimer les caractères invariants : Choisir (Matrice de caractères) Matrice>Alter/Transformer>Supprimer les caractères invariants

Changer les attributs des caractères

Un caractère, en plus d’avoir des états assignés dans chacun des taxons terminaux, peut aussi avoir d’autres attributs. Par exemple, un caractère est marqué comme inclus ou exclu, et il a des hypothèses qui lui sont attribuées, comme un poids et un modèle d’évolution de parcimonie. Ces attributs sont utilisés dans divers calculs. Ils peuvent être attribués dans les fenêtres Liste des caractères, disponibles dans le menu Caractères.

Dans la fenêtre Liste des caractères, les colonnes font référence à l’inclusion, au modèle de parcimonie et au modèle de probabilité (pour les calculs de vraisemblance). D’autres colonnes peuvent être demandées pour l’appartenance à un groupe, le poids et (pour les données ADN) la position des codons. Vous pouvez demander à afficher une colonne à l’aide du menu Columns. Pour chacune de ces colonnes, l’attribut attribué peut être modifié en sélectionnant d’abord les caractères à modifier (si seuls certains caractères doivent être modifiés) ou en sélectionnant la colonne de l’attribut (si tous les caractères doivent être modifiés). Ensuite, en touchant le nom de la colonne (où un triangle noir inversé devrait apparaître), un menu déroulant apparaît qui vous permet d’effectuer la spécification appropriée.

Pour chacun des attributs autres que l’appartenance à un groupe, les trois éléments du menu du bas sont de stocker dans le fichier la spécification actuelle en tant que jeu de spécifications nommé (comme la sauvegarde d’une composition ou d’un jeu de poids dans MacClade), de remplacer un jeu de spécifications existant par le jeu actuel, ou de charger un jeu de spécifications stocké pour devenir le courant.

Voici les options spécifiques à chaque colonne :

  • Inclusion – Inclure, Exclure et Inverser vous permettent de modifier l’inclusion des caractères. L’inversion change les exclus en inclus et vice versa. Les caractères exclus ne participent pas à la longueur des arbres et à de nombreux autres calculs. L’exclusion n’est pas universellement respectée par les calculs, car certains calculs utilisent même les caractères qui sont exclus.
  • Modèle de parcimonie – Le sous-menu Modèle vous permet de sélectionner un modèle de parcimonie à affecter aux caractères, pour une utilisation dans les calculs de parcimonie.
  • Modèle de probabilité – Le sous-menu Modèle vous permet de sélectionner un modèle de probabilité à affecter aux personnages, pour une utilisation dans les calculs de vraisemblance et les simulations.
  • Appartenance à un groupe – L’image ci-dessus montre l’appartenance à un groupe dans la dernière colonne. Pour affecter des personnages à des groupes, vous devez d’abord créer des groupes à l’aide de Nouveau groupe. Par exemple, vous pouvez créer un groupe Caractères adultes et un autre groupe Caractères larvaires. Ensuite, vous pouvez affecter un personnage au groupe à l’aide du sous-menu Set Group. Vous pouvez également modifier la couleur du groupe, et renommer le groupe. La couleur du groupe est utile pour distinguer les caractères de différents groupes, par exemple dans les graphiques ou dans l’éditeur de matrice de caractères.
  • Poids – Avec l’élément de menu Définir le poids, vous pouvez définir le poids attribué au caractère. Ceci est utilisé actuellement sur dans les calculs de longueur d’arbre.
  • Positions de codons – Cette colonne est disponible pour les données ADN. Le menu déroulant vous permet d’attribuer des positions.

Tableau d’information sur les caractères

Des statistiques et des valeurs informatives pour les caractères peuvent être visualisées ou tracées dans diverses fenêtres. Dans le menu Analyse, un graphique à barres &ligne peut être demandé pour montrer la distribution d’une valeur pour une série de caractères. Par exemple, le nombre d’étapes de parcimonie dans les caractères d’un arbre actuel peut être représenté sous forme de graphique. Le Scattergram disponible dans le menu Analysis trace les caractères dans un espace à deux dimensions, l’axe X représentant une valeur particulière (par exemple, la probabilité du caractère sous un arbre), l’axe Y une autre valeur (par exemple, la probabilité du caractère sous un arbre différent). Les valeurs des caractères peuvent également être visualisées dans la fenêtre Liste des caractères, où des colonnes peuvent être ajoutées (dans le menu Liste) pour afficher des statistiques sélectionnées pour chacun des caractères.

Liste de toutes les matrices de caractères

L’élément de menu Liste des matrices de caractères sous Caractères fait apparaître une liste de matrices de caractères. Vous pouvez y consulter les statistiques et changer les noms des matrices de caractères.

Les matrices de caractères peuvent être marquées comme « cachées », ce qui signifie qu’elles ne seront pas incluses dans la plupart des menus et boîtes de dialogue dans lesquels vous pouvez choisir des matrices, et qu’elles n’apparaîtront pas dans le panneau de projet à gauche de la fenêtre. Pour définir la visibilité, allez dans la Liste des matrices de caractères, Colonne>Visibilité de la matrice. Une fois que la colonne apparaît, sélectionnez les lignes des matrices dont vous voulez modifier la visibilité, et choisissez Toggle Visibility dans le menu déroulant en haut de la colonne.