Dans cette étude, nous caractérisons la diversité génétique et les relations entre les populations musulmanes chiites et sunnites du nord de l’Inde et les populations voisines et mondiales géographiquement ciblées. Nous avons examiné un certain nombre de paramètres de génétique des populations et d’intérêt médico-légal basés sur les fréquences alléliques de 15 loci STR autosomiques (D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PO, D19S433, VWA, TPOX, D18S51, D3S1358, THO1, D13S317, D16S539, D2S1338, D5S818 et FGA). Tous les loci étudiés étaient conformes à l’équilibre de Hardy-Weinberg, à l’exception des loci D18S51 et FGA pour les deux populations musulmanes, même après application de la correction de Bonferroni. Les valeurs combinées du pouvoir d’exclusion et du pouvoir de discrimination pour les 15 loci STR étaient respectivement de 0,9999 et >0,99999 pour les deux populations musulmanes. Les valeurs de diversité génétique allaient de 0,6784 (TPOX) à 0,9027 (FGA) pour les musulmans chiites et de 0,7152 (CSF1PO) à 0,9120 (D18S51) pour les musulmans sunnites. L’hétérozygotie observée (H(o)) allait de 0,5833 (D18S51) à 0,8595 (VWA) chez les musulmans chiites et de 0,6818 (CSF1PO) à 0,8333 (D21S11) chez les musulmans sunnites et était inférieure à l’hétérozygotie attendue (H(e)) pour 11 des 15 STR typés. Nous avons analysé les affinités génétiques des populations musulmanes chiites et sunnites avec les populations voisines les plus proches géographiquement, c’est-à-dire celles de l’Inde du Nord, du Moyen-Orient, de l’Asie de l’Est et de l’Europe, en utilisant des méthodes basées sur la distance, notamment les arbres de jonction des voisins et l’échelle multidimensionnelle. En outre, nous avons estimé la contribution génétique des populations parentales putatives incluses dans l’analyse au pool génétique des musulmans chiites et sunnites en utilisant l’analyse des mélanges. Bien que nous ayons observé un certain degré de contribution génétique de l’Iran aux deux populations musulmanes, les résultats des analyses phylogénétiques basées sur les STR autosomiques suggèrent une parenté génétique avec certaines des populations religieuses hindoues voisines les plus proches géographiquement.