Le tableau des codons utilisés par les organismes pour traduire l’ARNm en protéines est présenté en bas de page. Comme il a été mentionné plus tôt dans cette leçon, le code génétique devait être craqué une seule fois car tous les organismes utilisaient les mêmes codons pour coder les acides aminés. Lorsque les scientifiques ont commencé à séquencer les régions codantes des gènes de différents organismes, ils ont découvert ce qu’on appelle une préférence de codon. Lorsque vous regardez le tableau des codons, vous pouvez constater que le code génétique est redondant. Cela signifie que plus d’un codon peut coder le même acide aminé. En effet, il existe 61 codons qui codent pour le placement de 20 acides aminés différents. Un codon ne fonctionnera dans le codage que si un ARNt avec un anticodon complémentaire se trouve également dans la même cellule et a l’acide aminé approprié à délivrer. Il pourrait donc y avoir 61 ARNt différents, un pour compléter chaque codon. Chaque ARNt différent doit être codé par un gène différent. Si ce gène n’est pas exprimé dans la cellule, l’ARNt ne sera pas trouvé et un codon qui doit être complété par cet ARNt ne sera pas complété. Dans ce cas, le codon agira comme un codon stop. Le ribosome arrêtera sa traduction et la protéine produite sera une version plus courte de la protéine prévue. De toute évidence, les organismes ne bénéficieraient pas de cette situation. C’est pourquoi il existe une complémentation étroite entre les gènes ARNt présents et exprimés dans les cellules d’un organisme et les codons utilisés pour coder un ARNm spécifique. De cette façon, le code génétique aura un dialecte. Le langage est universel mais certains mots sont utilisés de manière préférentielle.

Les scientifiques ne savent pas exactement pourquoi les préférences de codons font partie du processus d’expression des gènes dans les organismes. Elles peuvent constituer un autre niveau permettant à l’organisme de contrôler les quantités et les types de protéines fabriquées dans ses cellules. Toutefois, les expériences récentes en matière de génie génétique des plantes et des animaux ont fait de la préférence des codons une considération importante. Par exemple, des scientifiques ont introduit des gènes d’une bactérie du sol dans des cellules de maïs afin de donner à ce dernier la capacité de fabriquer une protéine toxique pour la pyrale du maïs, un parasite courant chez les producteurs de maïs. Ils ont constaté que le gène était transcrit mais que l’ARNm n’était pas traduit pour produire la protéine souhaitée. L’une des raisons était l’utilisation des codons. Certains des codons utilisés par la bactérie pour coder les acides aminés sont rarement utilisés par le maïs. Soit le maïs n’a pas l’ARNt qui complète le codon, soit il fabrique l’ARNt à des niveaux si bas qu’il n’y a pas assez de copies dans la cellule pour permettre la traduction de l’ARNm du Bt. Les ingénieurs généticiens ont donc dû créer des régions codantes synthétiques qui substituaient les codons préférés du maïs à ceux des bactéries. Le résultat final est qu’ils ont pu obtenir des niveaux plus élevés de la protéine Bt une fois que ces changements ont été effectués dans le gène. La préférence des codons rend donc le processus de génie génétique plus difficile.