SIMKO

Vous n’êtes pas seul – jamais. Toute la journée, tous les jours, vous êtes en compagnie de millions d’autres créatures, même quand il n’y a pas une autre âme en vue. Plus troublant encore, ces autres invisibles vivent en vous.

La population invisible qui vous appelle chez vous est connue sous le nom de microbiome – les millions de cellules non humaines qui peuplent votre corps, en particulier vos intestins et les autres parties de votre système digestif. Si vous pouviez les extraire toutes, elles rempliraient une cruche de 5 litres. Et si vous pouviez les compter toutes, elles seraient 10 fois plus nombreuses que vos propres cellules. La seule raison pour laquelle elles ne sont pas aussi 10 fois plus nombreuses que nous est que nos propres cellules sont beaucoup plus grosses que les insectes.

Notre écologie interne étonnamment complexe a été un sujet brûlant en médecine ces derniers temps. Des initiatives telles que le projet du microbiome humain, une extension du projet du génome humain, ont travaillé sans relâche pour sonder les liens potentiels entre le microbiote humain et la santé humaine, et pour élaborer des stratégies de manipulation des bactéries afin qu’elles travaillent avec nous plutôt que contre nous. La plupart du temps, nos microbes intestinaux sont en effet plus des compagnons de route que des envahisseurs. Ils sont essentiels au processus digestif et peuvent renforcer le système immunitaire en régulant la population de certaines cellules immunitaires et en prévenant l’auto-immunité. Mais comme tous les invités de longue date, les microbes peuvent aussi faire des dégâts. Ils ont été associés à toute une série d’affections graves, dont l’obésité, l’arthrite et l’hypercholestérolémie. Maintenant, deux nouveaux domaines de recherche poussent le champ encore plus loin, en examinant le lien possible entre les microbes intestinaux et une paire de conditions très différentes : l’autisme et la maladie du côlon irritable.

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La recherche sur l’autisme est depuis longtemps victime d’une science de pacotille, principalement en raison de l’idée fantaisiste – et scientifiquement réfutée – que cette affection est causée par les vaccins. Il est donc plus difficile pour les scientifiques sérieux de se pencher sur d’autres causes apparemment improbables de cette maladie, comme le microbiome, du moins sans susciter beaucoup de scepticisme. Pour aggraver les choses, l’étude fondatrice, et discréditée, dans le désordre autisme-vaccins a suggéré que des traces du virus de la rougeole lié au vaccin pouvaient être trouvées dans les intestins des enfants autistes, ce qui a encore brouillé l’étude légitime de tout lien réel entre les bactéries intestinales.

Aujourd’hui, cependant, la recherche émerge de ce nuage, et bien que personne n’ait encore établi un lien direct entre les bactéries intestinales et l’autisme, les résultats jusqu’à présent sont intrigants. Jusqu’à 85 % des enfants autistes souffrent également de troubles gastro-intestinaux tels qu’une constipation chronique ou une maladie intestinale inflammatoire. Des recherches publiées en 2005 dans le Journal of Medical Microbiology et en 2004 dans Applied Environmental Microbiology ont indiqué que les selles des enfants autistes contenaient des niveaux plus élevés de la bactérie Clostridium, tandis que deux études publiées en 2010 dans le Journal of Proteome Researchand Nutritional Neuroscience ont fait état de niveaux inhabituels de composés métaboliques dans l’urine des enfants autistes, ce qui correspond aux niveaux élevés de bactéries trouvés dans les selles des patients autistes. En 2011, une étude publiée dans Proceedings of the National Academy of Sciences a révélé que des souris dont l’intestin était essentiellement dépourvu de germes présentaient des mouvements anormaux et des symptômes d’anxiété, ce qui suggère qu’au moins un certain biome intestinal actif est essentiel au développement normal.

« Il y a encore peu de temps, il était farfelu de suggérer que les microbiomes de l’intestin pouvaient être à l’origine de cette maladie », a déclaré Emma Allen-Vercoe, professeure adjointe de biologie à l’Université de Guelph. « Mais je pense que c’est une intersection entre la génétique du patient, le microbiome et l’environnement. »

Pour Ellen Bolte, pousser les médecins à envisager la possibilité d’un lien microbiome-autisme a été une bataille difficile. Mme Bolte, dont le fils Andrew a été diagnostiqué autiste en 1994, s’est demandé si l’état de son enfant pouvait être causé par une infection bactérienne par une espèce de Clostridium après avoir examiné les premiers ouvrages médicaux qui, selon elle, soutenaient son hypothèse. Quinze mois et 37 médecins plus tard, Mme Bolte a trouvé un médecin prêt à tester son hypothèse en traitant son fils avec la Vancomycine, un antibiotique oral efficace contre le Clostridium. Andrew a commencé à s’améliorer de façon spectaculaire – suffisamment pour que l’histoire de Bolte soit maintenant présentée dans le documentaire de PBS « The Autism Enigma », qui a été diffusé à l’étranger et vient d’être mis en vente aux États-Unis en DVD.

L’histoire de Bolte est fascinante et peut signaler une vérité profonde sur les racines de l’autisme, mais il peut aussi s’agir de tout autre chose. Il est difficile de faire la différence entre une simple corrélation et une véritable causalité dans des cas de guérison comme ceux-ci, et la plupart des bêtises qui passaient pour de la science dans le débat sur les vaccins impliquaient justement ce genre de récit – impliquant souvent une chélation qui était censée débarrasser le corps des ingrédients toxiques du vaccin et guérir l’autisme dans la foulée. Mais le cas de Bolte a fait l’objet d’une étude plus approfondie et plus respectable. Le Dr Sydney Finegold, professeur émérite de médecine à UCLA, a mené un petit essai sur 10 enfants autistes et a constaté que huit d’entre eux ont montré une amélioration de leur comportement et de leurs capacités de communication avec le traitement à la Vancomycine. Ils ont rechuté après avoir cessé de prendre le médicament. Finegold examine également une bactérie appelée Desulfovibrio, un organisme virulent que les tests ont trouvé dans environ la moitié des patients atteints d’autisme, mais dans aucun des patients sans autisme.

Une étude dans le numéro de Science de la semaine dernière a pris le travail du bug intestinal dans une direction différente, en examinant le rôle qu’il peut jouer dans les maladies inflammatoires de l’intestin (MICI). Les MII sont un ensemble d’affections, dont la colite ulcéreuse et la maladie de Crohn, qui touchent jusqu’à 1,4 million d’Américains. En règle générale, le système immunitaire humain parvient à reconnaître les microbes intestinaux étrangers qui remplissent une fonction saine ou sont au moins inoffensifs, et leur accorde un laissez-passer immunologique. Mais parfois, ce processus peut déraper.

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Une équipe dirigée par le chercheur postdoctoral de l’Institut national des allergies et des maladies infectieuses Timothy Hand a infecté des souris avec un parasite appelé Toxoplasma gondii, qui a été associé à de nombreux décès par maladie d’origine alimentaire. Ils ont découvert que le parasite pouvait stimuler le système immunitaire des souris et les inciter à passer à l’offensive, ce qui est exactement ce qui est censé se produire. Mais le système immunitaire a également réagi de manière excessive, en attaquant non seulement le Toxoplasma gondii, mais aussi des microbes intestinaux amis qui n’avaient pas fait de mal. Et même après avoir vaincu le parasite, les cellules mémoires du système immunitaire ont continué à considérer les bons microbes comme des envahisseurs, leur livrant une guerre permanente qui pourrait empêcher les souris de se rétablir complètement. Si quelque chose de similaire se produit chez l’homme – que ce soit avec Toxoplasma gondii ou un autre envahisseur – cela pourrait expliquer en grande partie l’existence et la persistance de toutes les maladies inflammatoires de l’intestin.

La recherche sur le microbiome n’en est sûrement qu’à ses débuts et les remèdes ou traitements basés sur cette recherche sont encore loin d’être au point. Pourtant, des scientifiques comme Allen-Vercoe cherchent des moyens de manipuler nos écosystèmes internes, avec différents types de probiotiques ou d’insectes sains qui pourraient aider à rééquilibrer la population microbienne. Ils se penchent même sur l’idée singulièrement contre-intuitive des transplantations fécales – qui sont exactement ce qu’elles semblent être, mais qui pourraient faire beaucoup de bien en introduisant un biome sain dans un corps qui ne l’est pas. Sans surprise, ce n’est pas le genre de thérapie que l’on prescrit avec désinvolture.

« Si vous avez un patient qui ne mange pas de viande, vous ne voudriez pas lui donner l’écosystème d’un mangeur de viande », explique Allen-Vercoe. « Nous voulons développer une gamme d’écosystèmes à partir d’une gamme de personnes en bonne santé, et adapter le mode de vie du patient à celui du donneur. »

Votre mode de vie, bien sûr, devient le mode de vie de toutes les créatures qui vivent en vous, et il est dans notre intérêt de les garder toutes heureuses. Qu’on le veuille ou non, un tas de bestioles constitue une énorme partie de qui vous êtes. Cette prise de conscience donne à la médecine un tout nouveau degré de complexité – ainsi qu’un tout nouveau degré de promesse.