Uudemmissa tutkimuksissa on selvitetty proteobioottien vaikutustapaa ja niiden mahdollisia hyötyjä hyödyllisten bakteerien suhdeluvun ylläpitämisessä, bakteerien epätasapainon vähentämisessä ja suoliston toiminnan parantamisessa, mutta Yhdysvaltojen elintarvike- ja lääkevirasto (Food and Drug Administration, USA) ei ole arvioinut mitään tutkimuksiin perustuvia lausuntoja.

Toisin kuin muut probioottisten bakteerien tuottamat molekyylit, kuten orgaaniset hapot ja bakteeriosiinit, proteobiootit ovat luonnollisia aineenvaihduntatuotteita, jotka häiritsevät quorum sensingiä, bakteerisolujen välistä solujen välistä viestintää, pääasiassa häiritsemällä LuxS-kvorum sensing -järjestelmää. Näiden kvorum-sensing-järjestelmien avulla bakteerit voivat reagoida ympäristönsä muutoksiin, ja niillä on merkitystä patogeenien kyvyssä kiertää isännän puolustusmekanismeja. Häiritsemällä quorum sensing -järjestelmää proteobiootit estävät tapahtumaketjun, joka johtaa kiinnittymiseen isäntäsoluihin ja niihin tunkeutumiseen. Tämä saavutetaan vähentämällä tiettyjen infektioprosessia helpottavien virulenssigeenien ilmentymistä (tyypillisesti patogeenisuussaarekkeilla). Erityisesti proteobiootit estävät virulenssigeenejä, jotka osallistuvat toksiinituotantoon, biofilmin muodostumiseen, solujen tarttumiseen ja invaasioon. Enterohemorragisella E. coli -bakteerilla ja Salmonella spp:llä tyypin 3 eritysjärjestelmiin liittyvät geenit näyttävät olevan tärkeimmät kohteet.

Se, missä määrin proteobiootit voivat vähentää virulenssigeenien ilmentymistä, riippuu patogeenistä ja proteobioottien lähteestä. Lactobacillus acidophiluksesta peräisin olevat proteobiootit alentavat virulenssigeenien säätelyä enterohemorrhagisessa Escherichia coli -bakteerissa, Clostridium difficile -bakteerissa, Salmonella Typhimurium -bakteerissa, Listeria monocytogenes -bakteerissa ja Campylobacter jejunissa. Bifidobacterium spp:n tuottamien geenien on osoitettu vaikuttavan virulenssigeenien ilmentymiseen Campylobacter jejunissa, enterohemorragisessa Escherichia coli -bakteerissa, Clostridium difficile -bakteerissa, Clostridium perfringens -bakteerissa ja Salmonella Typhimuriumissa.