Proteiineja koodaavat sekvenssit

< Takaisin luetteloon

Proteiineja koodaavat sekvenssit ovat DNA-sekvenssejä, jotka transkriboituvat mRNA:ksi ja joita vastaavat mRNA-molekyylit translitteroidaan polypeptidiketjuksi. Jokainen kolme nukleotidia, joita kutsutaan koodoniksi, proteiinia koodaavassa sekvenssissä koodaa yhden aminohapon polypeptidiketjussa. Joissakin tapauksissa eri alustat voivat joko liittää tietyn koodonin eri sekvenssiin tai käyttää eri koodoneja useammin tai harvemmin. Siksi jotkin proteiineja koodaavat sekvenssit voidaan optimoida käytettäväksi tietyssä alustassa.

Rekisterissä proteiineja koodaavat sekvenssit alkavat aloituskodonilla (tavallisesti ATG) ja päättyvät lopetuskodoniin (tavallisesti kaksoislopetuskodoniin TAA TAA). Proteiineja koodaavista sekvensseistä käytetään usein lyhennettä CDS.

Vaikka proteiineja koodaavia sekvenssejä pidetään usein perusosina, itse asiassa proteiineja koodaavat sekvenssit voivat itse koostua yhdestä tai useammasta alueesta, joita kutsutaan proteiinidomeeneiksi. Siten proteiinia koodaava sekvenssi voidaan merkitä joko perusosaksi tai kahden tai useamman proteiinidomeenin muodostamaksi yhdistelmäosaksi.

1. Koodaavan proteiinisekvenssin N-terminaalinen domeeni on monella tavalla erityinen. Ensinnäkin se sisältää aina aloituskodonin, joka sijaitsee sopivalla etäisyydellä ribosomaalisesta sitoutumiskohdasta. Toiseksi monilla koodaavilla alueilla on N-terminaalissa erityispiirteitä, kuten proteiinien vientitunnisteet ja lipoproteiinien pilkkoutumis- ja kiinnittymistunnisteet. Nämä esiintyvät koodaavan alueen alussa, ja siksi niitä kutsutaan Head-domeeneiksi.
2. Proteiinidomeeni on sekvenssi aminohappoja, jotka taittuvat suhteellisen itsenäisesti ja jotka ovat evolutiivisesti sekoittuneet yksikkönä eri proteiineja koodaavien alueiden välillä. Tällaisten domeenien DNA-sekvenssin on säilytettävä in-frame-translaatio, ja siksi se on kolmen emäksen moninkertainen. Koska nämä proteiinidomeenit ovat proteiinia koodaavan sekvenssin sisällä, niitä kutsutaan sisäisiksi domeeneiksi. Joillakin sisäisillä domeeneilla on erityisiä tehtäviä proteiinien pilkkomisessa tai liittämisessä, ja niitä kutsutaan erityisiksi sisäisiksi domeeneiksi.
3. Vaikka proteiinin C-terminaalinen domeeni on erityinen, sillä se sisältää vähintään stop-kodonin. Myös muiden erityispiirteiden, kuten hajoamistunnisteiden, edellytetään olevan äärimmäisessä C-terminaalissa. Nämäkin domeenit eivät voi toimia, kun ne ovat koodaavan alueen sisäpuolella, ja niitä kutsutaan nimellä Tail-domeenit.

Lisätietoja proteiinidomeeneista, mukaan lukien proteiinidomeenien kokoaminen proteiineja koodaaviin sekvensseihin, on kohdassa Proteiinidomeenit.

Proteiineja koodaavien sekvenssien tulisi olla seuraavanlaisia

GAATTC GCGGCCCCGC T TCTAG T ACTAGT A GCGGCCG CTGCAG

	Suunnittelu: Oletko kiinnostunut uuden proteiinia koodaavan sekvenssin suunnittelusta? Tässä on joitakin ohjeita, jotka auttavat sinua suunnittelemaan uusia proteiineja koodaavia sekvenssejä.
	Help: Sanasto, usein kysytyt kysymykset ja lisätietoa translaatioyksiköistä, proteiineja koodaavista sekvensseistä ja proteiinidomeeneista.

Yleisesti käytetyt proteiineja koodaavat sekvenssit

	Reporterit: Raportoijat ovat proteiineja, joita voidaan käyttää geeniekspression tai muun solunsisäisen tapahtuman mittaamiseen. Reporterit tuottavat yleensä mitattavan signaalin, kuten fluoresenssin, värin tai luminesenssin.
	Transkriptionaaliset säätelijät: Transkription aktivointiin tai repressioon osallistuvat proteiinit luetellaan tässä.
	Valintamarkkerit: Proteiinit, jotka osallistuvat valikoivan edun tai haitan antamiseen soluille, mukaan lukien antibioottiresistenssimarkkerit. Nämä proteiineja koodaavat sekvenssit ovat käyttökelpoisia valittaessa soluja, joilla on tietty ominaisuus, kuten plasmidia sisältävä solu.

entsyymit

	Biosynteesi: Kemikaalien ja aineenvaihduntatuotteiden tuotantoon tai hajoamiseen osallistuvat entsyymit luetellaan tässä.
	DNA:n modifiointi: Entsyymit, joita käytetään DNA:n pilkkomisessa, erkaantumisessa, integroitumisessa, ligoitumisessa, kromatiinin uudelleenmuotoilussa ja replikaatiossa.
	Proteaasit: Proteaasit pilkkovat tai hajottavat muita proteiineja. Jotkut proteaasit voivat jopa pilkkoa itseään.
	Posttranslationaalisen modifikaation entsyymit: Jotkin entsyymit modifioivat muita proteiineja posttranslationaalisesti esimerkiksi lisäämällä tai poistamalla fosfaatti- tai metyyliryhmiä.

Muut proteiineja koodaavat sekvenssit

	Membraaniproteiinit: Pintakuvauspeptidit, siirtäjät, kanavat ja pumput luetellaan tässä.
	Reseptorit ja ligandit: Reseptorit ja ligandit, jotka eivät liity solukalvoon.
	Lyysiproteiinit: Proteiinit, jotka osallistuvat solujen tappamiseen häiritsemällä kalvoa.