Hahmot ja hahmomatriisit

Hahmot ja niiden hahmotilat ovat keinoja, joilla voidaan kuvata eliöiden ominaisuuksia. Mesquite tukee hahmoja, joiden tilat ovat kategorisia (diskreettejä eikä välttämättä järjestettyjä), jatkuvia (desimaaliarvoisia mittauksia) tai meristisiä (laskennallisia). DNA-, RNA- ja proteiinisekvenssitietoja varten on olemassa erityisiä kategoristen merkkien versioita. Näihin merkkityyppeihin liittyviä lisätietoja on molekulaarisia ja jatkuvia merkkejä koskevilla sivuilla. Muilla kategorisilla merkeillä kuin molekyylimerkeillä voi olla 55 tilaa. Meristiset merkit ovat kokonaislukuja (ja voivat olla negatiivisia).

Merkit voivat olla olemassa matriiseissa, jotka on tallennettu datatiedostoon. Siten yksi matriisi voi tallentaa sarjan kategorisia merkkejä kuvaamaan fenotyyppisiä ominaisuuksia. Erilliseen matriisiin voidaan tallentaa jatkuvia merkkejä, jotka kuvaavat organismeista tehtyjä mittauksia, kun taas kolmanteen matriisiin voidaan tallentaa DNA-sekvenssidataa, jossa jokaista kohdistettua kohtaa käsitellään merkkinä (Mesquite käsittelee tällä hetkellä kohdistamatonta dataa ikään kuin se olisi kohdistettu, vaikka kohdistaminen voidaan jättää huomiotta). Kussakin matriisissa voi olla vain yksi merkkityyppi, mutta datatiedosto voi sisältää useamman kuin yhden matriisin.

Merkkejä voi olla myös matriisien ulkopuolella. Merkkejä voidaan esimerkiksi luoda simuloinneilla ja satunnaistamisilla tai ordinaatioilla ja käyttää suoraan laskelmissa ilman, että niitä missään vaiheessa kaapataan matriisiin ja tallennetaan tiedostoon. Näin ollen laskennassa käytettävien merkkien ”lähde” voi olla joko tiedostoon tallennetut matriisit tai simulaatioiden, satunnaistusten tai ordinaatioiden lennossa luomat merkit. Tästä syystä Mesquite kysyy oletusarvoisesti, mitä merkkien lähdettä käytetään, kun tarvitaan merkkejä tai matriiseja. Koska jotkut aloittelevat käyttäjät saattavat pitää tätä pyyntöä hämmentävänä, voit asettaa Mesquiten valitsemaan oletusarvoisesti tallennetut merkit tai tallennetut matriisit kysymättä asiaa valitsemalla Tiedosto-valikon Oletusasetukset-alasvetovalikosta kohdan ”Käytä oletusarvoisesti tallennettuja merkkejä/matriiseja”.

Suurin osa tästä ohjesivusta koskee datatiedostoon tallennettuja merkkejä/matriiseja.

  • Hahmomatriisien tyypit
  • Hahmomatriisin luominen
  • Hahmomatriisien poistaminen ja uudelleennimeäminen
  • Hahmomatriisieditori
    • Editori
      • Endo
      • Lisääminen, taksonien ja merkkien poistaminen, uudelleen nimeäminen ja lajittelu
      • Merkkitietojen syöttäminen
      • Taksonien valitseminen, merkit ja matriisin solut
      • Matriisin etsiminen
      • Kopiointi/liittäminen
      • Hahmojen ja tilojen nimien muokkaaminen
      • Annotaatiot
      • Matriisin solujen värittäminen
      • Muunnokset ja muunnokset
    • Hahmojen attribuuttien muuttaminen
    • Hahmojen tietojen kartoittaminen
    • Kaikkien merkkimatriisien luettelointi

    Hahmomatriisien tyypit

    Mesquitessa käytettävissä olevat merkkimatriisien vakiotyypit ovat:

    • Normaalit kategoriset matriisit – Tilat ovat diskreettejä, eivät välttämättä järjestettyjä. Merkillä voi olla jopa 55 tilaa, joiden symbolit ovat oletusarvoisesti 0 – 9, A – H, K – N, P – Z, a – h, k – n, p – z. Polymorfisuus (esim. tila 0 ja 2) merkitään 0&2; epävarmuus (esim. tila 0 tai 2) merkitään 0/2. Täysin tuntematon tila merkitään oletusarvoisesti ?:lla. Jos merkki ei sovellu kyseiseen taksoniin, symboli on oletusarvoisesti -. Tilojen nimet voidaan antaa käyttämällä Edit State Names.
    • DNA/RNA-matriisit – Neljä tilaa, A, C, G, T tai A, C, G, U. Vakiomuotoisia moniselitteisyyskoodeja (esim. R = A tai G) voidaan käyttää. Oletusarvoisesti tuntematon tila on ?, aukko on -. Lisätietoa DNA-datan muokkaamisesta löytyy täältä.
    • Proteiinimatriisit – Aminohappojen vakiosymbolit. Oletusarvoisesti tuntematon tila on ?, aukko on -. Lisätietoa proteiinidatan muokkaamisesta annetaan täällä.
    • Jatkuvat matriisit – Tilat ovat jatkuvia arvoja (esim. 1.02, 3e-4). Matriisissa voi olla useita kohteita, kuten x, y tai min, max. Kohteita voidaan lisätä käyttämällä Matrix>Utilities -kohdan valikkokohtia tai matriisin tietopaneelia (näkyy matriisin vasemmassa alareunassa olevalla sinisellä ”i”-merkillä). Erityinen jatkuvan matriisin tyyppi, Geographic, sisältää kaksi merkkiä (leveyspiiri, pituuspiiri). Lisätietoja jatkuvista tiedoista löytyy täältä.
    • Meristiset matriisit – Valtiot ovat kokonaislukuja (ja voivat olla negatiivisia). Jos merkki ei sovellu kyseiseen taksoniin, se merkitään x:llä, ei ”-” kuten muissa tietotyypeissä, jotta vältetään sekaannus miinusmerkin kanssa. Puuttuvat tiedot merkitään kysymysmerkillä (?). Merkkimatriiseissa voi olla useita kohteita, jotka voidaan lisätä matriisin tietopaneelin avulla (näkyy matriisin vasemmassa alareunassa olevalla sinisellä ”i”-merkillä).

    Hahmomatriisin luominen

    Tiedostoon tallennettavan merkkimatriisin luomiseen on useita tapoja. Yksinkertaisimmillaan voit luoda tyhjän (tyhjän) matriisin valitsemalla Characters>New Empty Matrix. Nimeä ilmestyvässä valintaikkunassa merkkimatriisi ja määritä merkkien määrä. Sinun on myös valittava, millaista dataa matriisi sisältää (tavallinen kategorinen, DNA- (tai RNA-) sekvenssitieto, jatkuva tai proteiinisekvenssitieto). Tavallisesti luot tyhjän matriisin, jos olet aloittamassa havaintojen syöttämistä eliöistä.

    On myös mahdollista luoda merkkimatriiseja, jotka on jo täytetty merkkitiloilla. Jos esimerkiksi haluat tehdä kopion olemassa olevasta merkkimatriisista, valitse Characters>Make New Matrix From>Stored Matrices. Jos haluat luoda matriisin leikepöydän sisällöstä, valitse Characters>Make New Matrix From>Clipboard. Muilla Characters>Make New Matrix From> -kohdassa olevilla valinnoilla voit tehdä ja tallentaa matriiseja, jotka ovat tulosta hahmon kehityksen simuloinnista, olemassa olevien matriisien satunnaistamisesta tai muista lähteistä.

    Hahmomatriiseja voidaan lukea myös tiedostoista, mukaan lukien NEXUS- ja muissa tuotavissa muodoissa olevat tiedostot.

    Matriisien poistaminen ja uudelleennimeäminen

    Hahmomatriisien uudelleennimeäminen ja poistaminen on mahdollista kolmessa paikassa: Hahmomatriisieditorissa, Luettelo hahmomatriiseista -ikkunassa ja projektipaneelissa.

    Hahmomatriisieditorissa matriisivalikon yläreunan Current Matrix (Nykyinen matriisi) -alavalikossa on valikkokohtia ikkunassa näkyvän matriisin uudelleennimeämistä tai poistamista varten.

    Luettelo merkkimatriiseista -ikkunassa (käytettävissä Merkit-valikossa) voit nimetä matriisin uudelleen muokkaamalla suoraan sen nimeä. Jos haluat poistaa matriiseja, valitse poistettavia matriiseja vastaavat rivit ja valitse List>Delete Selected Character Matrices.

    Voit nimetä matriisin uudelleen ikkunoiden vasemmassa reunassa olevasta projektipaneelista koskettamalla matriisin nimeä, kunnes avautuu pudotusvalikko:

    Valitsemalla tästä valikosta Rename Matrix (Nimeä matriisi uudelleen) voit nimetä matriisin uudelleen. Voit myös poistaa matriisin tämän pudotusvalikon avulla.

    Merkkimatriisieditori

    Kun sinulla on merkkimatriisi, voit muokata sitä Mesquiten merkkimatriisieditorilla, joka on käytettävissä Merkit-valikon yläosassa. Tämä on taulukkolaskentaeditori, joka muistuttaa tyyliltään MacCladen editoria. Vaikka Mesquite-editori pystyy käsittelemään jatkuvaa dataa ja siinä on erityisiä apuohjelmia esimerkiksi matriisien vertailuun, siitä puuttuvat MacCladen kehittyneet ominaisuudet molekyylisekvenssidatan tarkasteluun ja kohdistamiseen. Koska MacClade ja Mesquite käyttävät samaa NEXUS-tiedostomuotoa, voit muokata useimpien tiedostojen matriiseja kummassakin ohjelmassa ja käyttää niitä toisessa. Alla on ohjeita merkkimatriisin muokkaamiseen. Suurin osa muokkauksesta voidaan tehdä Character Matrix Editor -ohjelmassa, mutta joitakin muutoksia voidaan tehdä muissa ikkunoissa.

    Hahmomatriisieditoria ohjataan Matrix- ja Select-valikoilla sekä vasemmalla olevan paletin työkaluilla. Matriisi-valikossa on kohteita, joilla voidaan muuttaa sarakkeiden leveyksiä (Näyttö-alavalikko), muuttaa solujen väritystä ja muuttaa merkkitietoja.

    Voit pyytää paneelia näyttämään tietoja matriisista ja sen merkeistä koskettamalla matriisin oikeassa yläkulmassa tai vasemmassa alakulmassa olevaa sinistä i-kirjainta ().

    Sinulla voi olla näkyvissä useampi kuin yksi matriisieditori saman matriisin työstämistä varten. Saat toisen editorin näkyviin valitsemalla Characters-valikosta Extra Matrix Editor. Tästä voi olla hyötyä, jos haluat, että editorit asetetaan eri näkymiin (esim. yksi lintujen silmänäkymään tai värillinen proteiiniksi käännettynä).

    Huomaa, että tällä hetkellä monia merkkimatriisiin tehtyjä muutoksia ei voi perua!

    Hahmomatriisieditori, jossa näytetään morfologiset tiedot
    Hahmomatriisieditori, jossa näytetään DNA-sekvenssit .

    Hahmomatriisieditorin vasemmassa alareunassa on painikkeet, joilla voi avata Luettelo hahmoista -ikkunan () ja Luettelo taksoneista -ikkunan (). Vastaavasti List of Characters -ikkunassa on painike (), joka näyttää Character Matrix Editorin.

    Kumoa

    Mesquiten merkkimatriisieditorissa on jonkinlainen kyky kumota viimeksi tehty muutos, riippuen siitä, mikä se muutos oli. Voit pyytää kumoa muokkauksen muokkausvalikosta. Tällä hetkellä hahmon poistamista ei voi perua, kuten ei myöskään taksonien poistamista. Pyrimme laajentamaan peruuttamismahdollisuuksia. (Jos peruuttamiskyvyttömyys huolestuttaa sinua, voit ottaa käyttöön automaattisen NEXUS-varmuuskopioinnin Tiedosto-valikon Oletukset-alasvetovalikosta ja tallentaa usein).

    Taksonien ja merkkien lisääminen, poistaminen, uudelleennimeäminen, yhdistäminen ja lajittelu

    Taksonien tai merkkien lisäämiseen olemassa olevaan matriisiin on useita menetelmiä. Voit lisätä taksoneita joko valitsemalla (Merkkimatriisi) Matriisi>Lisää taksoneita… tai (Taksonit) Luettelo>Lisää taksoneita… lisätäksesi taksoneita matriisin loppuun tai käyttämällä merkkimatriisin Lisää taksoneita -työkalua () lisätäksesi taksoneita matriisin siihen kohtaan, jota kosketaan. Jos haluat lisätä merkkejä, valitse joko (Merkkimatriisi) Matrix>Add Characters… lisätäksesi merkkejä matriisin loppuun tai käytä merkkimatriisin Add Characters-työkalua () merkkimatriisissa lisätäksesi merkkejä siihen kohtaan matriisissa, jota kosketetaan.

    Olemassa olevien taksonien poistamiseksi joko valitse taksoni taksoniluetteloikkunassa (koskettamalla taksonin numeroa aivan vasemmalla) ja valitse (Taksoniluettelo) Luettelo>Poista valitut taksonit (Taxa) List>Delete Selected Taxa) tai valitse poistettavien taksonien koko rivi (koskettamalla taksonin numeroa aivan vasemmalla) merkkimatriisissa ja valitse (Merkkimatriisi (Character Matrix) Matriisi (Matrix) Matrix>Poista valitut (Delete Selected).

    Olemassa olevien merkkien poistamiseksi joko valitse merkit List of Characters -ikkunasta (koskettamalla merkin numeroa aivan vasemmalla) ja valitse (Characters) List>Delete Selected Characters (Merkit) tai valitse poistettavien merkkien koko rivi (koskettamalla merkin numeroa aivan vasemmalla) Character Matrix (Merkkimatriisi) -ikkunasta ja valitse (Character Matrix) Matrix>Delete Selected (Merkkimatriisi).

    Taksonien tai merkkien uudelleen nimeämiseksi valitse I-palkki-työkalu () taksoniluettelo-ikkunassa, merkkiluettelo-ikkunassa tai merkkimatriisi-ikkunassa, valitse muokattava nimi ja kirjoita uusi nimi.

    Taksoneita voidaan yhdistää käyttämällä Matrix-valikon Taxon Utilities -alavalikon Merge Taxa -toimintoa. Tämä yhdistää myös niiden merkkitilat kaikissa matriiseissa. Jos kahdella taksonilla on samat tilat, tätä tilaa käytetään yhdistetyssä taksonissa. Jos jommallakummalla taksonilla on puuttuvia tietoja tai aukko (ei sovellettavissa), mutta toisella taksonilla on tila, käytetään toisen taksonin tilaa (esim. ? + A = A). Jos toisella on aukko ja toisella puuttuvat tiedot, tuloksena on puuttuvat tiedot. Jos kahdella taksonilla on erilaiset tilat, jotka ovat yksittäisiä tiloja tai polymorfisia, tuloksena on polymorfismi (esim. A + G = A&G). Jos kahdella taksonilla on erilaiset tilat ja ainakin toinen niistä on monitulkintainen, tuloksena on epävarmuus, ellei monitulkintaisuus sisälly kokonaan toisen taksonin polymorfismiin (esim. A&C + C/T = A/C/T; A&C&T + C/T = A&C&T).

    Merkkien järjestyksen muuttamiseksi voit valita ja vetää kokonaisia merkkejä Merkkiluettelo-ikkunassa tai Merkkimatriisi-editorissa. Voit myös käyttää lajittelutyökalua () lajitellaksesi merkit automaattisesti sen sarakkeen tai rivin aakkos- tai numerojärjestykseen, jota kosketat näissä ikkunoissa.

    Merkkitietojen syöttäminen

    Voit syöttää merkkitietoja joko solu kerrallaan tai käyttämällä työkaluja, jotka mahdollistavat useiden solujen syöttämisen kerralla. Käytettävissä olevat työkalut on esitetty seuraavassa taulukossa.

    Työkalu Toiminto
    		I-palkki Valitsee yksittäisen solun ja mahdollistaa solun sisällön muokkaamisen normaalin tekstin tavoin.
    		Valitsee ja kirjoittaa Jos tämä työkalu on aktiivinen, näppäimen kirjoittaminen aiheuttaa sen, että kyseinen yksittäinen arvo syötetään kaikkiin valittuihin soluihin. Tällä työkalulla voidaan valita soluja; pitämällä Shift- tai Command-näppäintä alhaalla voidaan valita useita soluja.
    		Värjäysämpäri Tällä työkalulla voidaan nopeasti täyttää solulohko tietyllä tilalla. Tila (”maali”) voidaan valita koskettamalla silmätippaa sopivan tilan soluun tai valitsemalla Set Fill States (Aseta täyttötilat) Paint Bucket (Maaliämpäri) -pudotusvalikosta.
    		Eye Dropper Tämä työkalu, kun sitä kosketetaan matriisin soluun, asettaa Paint Bucketin ”maalin” kyseisen solun tiloihin.

    Taksonien, merkkien ja matriisin solujen valitseminen

    Mesquitessa on useita työkaluja taksonien, merkkien tai datasolujen valitsemiseen, jotka on kuvattu seuraavassa taulukossa.

    Työkalu Toiminto
    		Nuoli Valitsee yksittäisen tai useita soluja. Jos haluat lisätä tai vähentää soluja olemassa olevaan valintaan, pidä Command (tai Omena) -näppäintä painettuna, kun kosketat solua. Jos haluat laajentaa valinnan kattamaan kokonaisen solulohkon, pidä Shift-näppäintä alhaalla, kun kosketat solua.
    		Sauva Valitsee oletusarvoisesti kaikki solut, joilla on sama arvotila kuin kosketetulla solulla. Toisin sanoen, jos kosketat sillä solua, jonka tila on ”1”, valitaan koko matriisin kaikki solut, joiden tila on ”1”. Pudotusvalikon avulla voit kuitenkin pyytää sitä valitsemaan kaikki solut, joiden arvo on suurempi tai pienempi kuin kosketettu arvo. Oletusarvoisesti tämä työkalu valitsee solut koko matriisista. Pudotusvalikon avulla voit pyytää rajoittamaan valinnan yhteen taksoniin tai yhteen merkkiin. Jos pidät Shift-näppäintä painettuna, uusi solu lisätään olemassa olevaan valintaan. Komento- (tai Omena-) näppäimen pitäminen alhaalla lisää uudet solut olemassa olevaan valintaan, jos kosketat solua, joka ei ole valittuna, ja poistaa solut olemassa olevasta valinnasta, jos solu on jo valittuna.
    		Taksonisauva Vakiossa valitsee kaikki taksonit, joilla on koskettamassasi hahmossa sama taksonitilanne kuin koskettamassasi solussa. Pudotusvalikon avulla voit kuitenkin pyytää sitä valitsemaan kaikki taksonit, joiden arvo on suurempi tai pienempi kuin kosketettu arvo. Jos pidät Shift-näppäintä alhaalla, uudet taksonit lisätään olemassa olevaan valintaan. Komento- (tai Omena-) näppäimen pitäminen alhaalla lisää uuden taksonin olemassa olevaan valintaan, jos kosketat taksonia, joka ei ole valittuna, ja poistaa taksonin olemassa olevasta valinnasta, jos taksoni on jo valittuna.
    		Hahmosauva Vakiossa valitsee kaikki hahmot, jotka omaavat kosketetun hahmon sisällä saman tilan kuin koskettamassasi solussa. Pudotusvalikon avulla voit kuitenkin pyytää sitä valitsemaan kaikki merkit, joiden arvo on suurempi tai pienempi kuin kosketettu arvo. Pitämällä Shift-näppäintä painettuna uudet merkit lisätään nykyiseen valintaan. Command (tai Apple) -näppäimen pitäminen alhaalla lisää uudet merkit olemassa olevaan valintaan, jos kosketat merkkiä, joka ei ole valittu, ja poistaa merkit olemassa olevasta valinnasta, jos merkki on jo valittu.

    Takseja, merkkejä ja soluja voidaan valita myös merkkimatriisieditorin Valitse-valikon kohtien avulla. Näiden avulla voit valita muuttuvia merkkejä, valita sekvenssin pätkiä, jotka vastaavat parhaillaan valittua pätkää, peruuttaa nykyisen valinnan ja tehdä muita muutoksia valintaan.

    Matriisin haku

    Matriisin sisältöä voidaan hakea kahdella tavalla. Ensinnäkin ikkunan yläosassa oleva hakualue voidaan asettaa hakutietoihin (asetetaan klikkaamalla pientä kuvaketta, kunnes se näkyy ). Sitten voit syöttää hakujonon ja painaa return-näppäintä.

    Toiseksi voit hakea matriisista käyttämällä Muokkaa-valikon Etsi-komentoja ja Valitse-valikon Valitse haulla -komentoa. Muokkaa-valikon Etsi merkkijono… -komento valitsee matriisin ensimmäisen esimerkkisolun, joka sisältää annetun tekstijonon. Se etsii ensimmäiset taksonien nimet, merkkien nimet ja merkkien tilat matriisissa. Voit etsiä seuraavia esiintymiä komennolla Etsi uudelleen. Etsi kaikki valitsee kaikki ne solut, jotka sisältävät annetun merkkijonon. Find Footnote (Etsi alaviite) toimii kuten Find String (Etsi merkkijono), paitsi että se korostaa solut, jotka sisältävät alaviitteitä, joissa on annettu teksti. (Löytääksesi tekstiä monimutkaisemmissa huomautuksissa sinun on kutsuttava huomautusikkuna esiin merkkimatriisieditorin Annotate (kynä) -työkalulla ja valittava sitten Find Annotation (Etsi huomautus) Notes (Huomautukset) -valikosta.)

    Kopioi/liitä

    Voit kopioida taksonien ja merkkien nimiä matriisin yhdeltä alueelta toiselle ja yhdestä matriisista toiseen. Voit myös kopioida yhden tai useamman matriisin solun leikepöydälle ja liittää ne toiseen matriisin alueeseen tai toiseen matriisiin. Mesquite mahdollistaa epäjatkuvat valinnat, kunhan ensimmäisen kopioinnin aikana valitun taksonin valittujen solujen lukumäärä on sama kuin liittämisen aikana valitun ensimmäisen taksonin valittujen solujen lukumäärä ja sama myös seuraavien taksonien kohdalla. Toisin sanoen, jos valitset kaksi solua taksonista 3, yhden solun taksonista 5 ja neljä solua taksonista 7 ja kopioit tämän leikepöydälle, liitäessäsi sinun on valittava kaksi solua ensimmäisestä taksonista, johon liität, yksi solu seuraavasta ja neljä solua viimeisestä taksonista.

    Mesquite ei anna sinun liittää solulohkoa matriisiin, kun olet valinnut matriisiin erimuotoisen lohkon. Jos kuitenkin yrität tehdä niin, Mesquite tarjoutuu muuttamaan valintaa niin, että se kattaa saman määrän soluja kuin valinnassa. Tämän jälkeen voit yrittää liittämistä uudelleen.

    Merkkien ja tilojen nimien muokkaaminen

    Hahmojen nimet voidaan antaa joko muokkaamalla sarakeotsikoita merkkimatriisieditorissa tai muokkaamalla merkkien nimiä suoraan Luettelo hahmoista -ikkunassa.

    Tilojen nimet -editorissa, joka on käytettävissä valitsemalla (Merkkimatriisi) Matriisi>Tilojen nimien muokkaus, voit nimetä kategoristen merkkien tiloja. Se ei ole käytettävissä, jos matriisi on määritetty nukleotidi- tai proteiinidataksi. Voit vaihtaa State Names Editorin suuntausta (tilat merkeittäin tai merkit tiloittain) koskettamalla ikkunan vasemmassa yläkulmassa olevaa kaksoisnuolta. Tiettyihin tiloihin voidaan liittää alaviitteitä valitsemalla tila ja kirjoittamalla alaviite ikkunan alareunassa olevaan huomautusalueeseen.

    Annotaatiot

    Hahmomatriisia voi kommentoida kiinnittämällä yksinkertaisia alaviitteitä, yksityiskohtaisempia merkintöjä tai värejä taksoneihin, merkkeihin tai matriisin soluihin. Yksinkertaiset alaviitteet voidaan liittää valitsemalla solu nuoli- tai I-palkkityökalulla, siirtymällä sitten ikkunan alaosassa olevalle valkoiselle merkintäalueelle ja kirjoittamalla alaviite. Monimutkaisempia merkintöjä ja värejä voidaan liittää käyttämällä merkintäpaneelia, joka on käytettävissä valitsemalla Matriisi-valikosta Näytä merkintäpaneeli. Tällä hetkellä alaviite- ja huomautusjärjestelmät ovat Mesquitessa erilliset – alaviitteet näkyvät monien ikkunoiden alareunassa olevalla huomautusalueella; yksityiskohtaiset huomautukset näkyvät merkkimatriisieditoriin upotetussa paneelissa. Esimerkkitiedosto, jossa on annotaatioita, on osoitteessa Mesquite_Folder/examples/Basic_Examples/characters/11a-annotations.nex

    Annotaatiopaneeli näkyy ikkunan oikeassa reunassa seuraavasti:

    Yllä olevassa annotaatiopaneelissa näkyvät tiettyyn taksoniin, merkkiin tai matriisin soluun liittyvät annotaatiot (jos sellaisia on) (riippuen siitä, mikä valittiin annotaatio(kynä)työkalulla). Huomautuksia voidaan lisätä tai poistaa vasemmassa yläkulmassa olevilla (+) tai roskapainikkeilla. Jokaiseen huomautukseen voidaan lisätä yksi kuva, ja kuviin voidaan lisätä merkintöjä I-palkkikursorin avulla. Voit säätää näiden merkintöjen ulkoasua napsauttamalla merkintää hiiren oikealla painikkeella tai ohjausnäppäimellä, jolloin avautuu pudotusvalikko, jossa voidaan säätää merkinnän fonttia, väriä ja muita ominaisuuksia. Etiketin osoitinta voidaan siirtää Adjust Pointer -työkalulla. Muihin merkintöjen ominaisuuksiin pääsee käsiksi Matrix-valikon Annotations-alivalikosta. Tekstiä sisältäviä annotaatioita voi etsiä Annotations-alivalikon Find Annotation (Etsi annotaatio) -valikkokohdan avulla.

    Matriisin solujen värittäminen

    Solut tai niiden teksti voidaan värittää. Solujen oletusarvoinen taustaväri valitaan (Merkkimatriisi) Matrix>Background Color -alivalikossa. Eri solujen erottamiseen tarvittavat värit voidaan määrittää (Character Matrix) Matrix>Color Cells- ja (Character Matrix) Matrix>Color Text -alavalikoiden kohtien avulla. Näissä alivalikoissa määritetään solun taustaväri tai solun sisällä olevan tekstin väri seuraavien kriteerien mukaisesti:

    • Merkin arvo – Solu väritetään koko merkin arvon mukaan, esimerkiksi parsimerkin askeleet.
    • Solun arvo – Solu väritetään kyseisen solun arvon mukaan. Esimerkiksi DNA-sekvenssitiedoissa solut voidaan värjätä sinisiksi, jos paikka on G tai C, ja valkoisiksi, jos A tai T. Valitsemalla (Merkkimatriisi) Matriisi>Liikkuva ikkuna (värejä varten)… voit asettaa sen liikkuvan ikkunan koon, jonka yli GC-sisältöä keskiarvoistetaan. Muut soluarvot ovat käytettävissä aminohappo-ominaisuuksille (esim, hydrofobisuus)
    • Pois jätetty – Solu värjäytyy harmaaksi, jos sen merkki on pois jätetty.
    • Alaviite läsnä- Solu värjäytyy vihreäksi, jos siinä on alaviite.
    • Hahmon tila – Solu värjäytyy merkin tilan mukaan (esim. eri värit A:lle, C:lle, G:lle, T:lle)
    • Annotaatio liitetty – Solu värjätään vihreällä, jos siihen on liitetty annotaatio (ei alaviitteitä, vaan täydelliset kompleksiset annotaatiot).
    • Ohjattuja värejä – Solu näytetään pensselityökalun määrittelemällä värillä (). Voit määrittää solulle värin napsauttamalla solua siveltimellä. Kosketa ja pidä painiketta painettuna työkalupaletissa, jolloin saat näkyviin valikon, josta voit valita käytettävän värin, poistaa värejä tai värjätä kaikki valitut solut.

    Kun solut on värjätty, voit pyytää värien legendan valitsemalla Näytä värin legenda matriisivalikosta tai koskettamalla matriisieditorin vasemmassa alakulmassa (taksonien nimien alapuolella) olevaa pientä painiketta(). Jos kaksoisnapsautat väriä matriisissa, editori siirtyy soluun, jossa on kyseinen väri.

    Muutokset ja muunnokset

    Matriisin solujen tai merkkien muuttaminen on mahdollista Matriisi-valikon Alter/Transform-valikossa:

    • Valittujen solujen täyttäminen tietyllä tilalla: Valitse (Merkkimatriisi) Matrix>Alter/Transform>Fill
    • Valittujen solujen täyttäminen satunnaisilla tiloilla siten, että kaikilla tiloilla on sama taajuus: Valitse (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Random Fill
    • Tilojen satunnainen uudelleenjako merkin sisällä valittujen taksonien kesken: Valitse (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Shuffle states among taxa
    • Muunna nukleotidisekvenssitietojen osalta kunkin solun merkinnät niiden komplementiksi: Valitse (Merkkimatriisi) Matriisi>Alter/Transform>Nukleotidikomplementti
    • Valittujen molekyylisekvenssien kääntäminen: Valitse (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Reverse Sequence (Merkkimatriisi)
    • Pelkistä aukoista koostuvien merkkien poistaminen: Valitse (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Remove Gaps-Only Characters
    • Muuttumattomien merkkien poistaminen: Valitse (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Remove Invariant Characters

    Merkkien attribuuttien muuttaminen

    Hahmolla voi sen lisäksi, että sille on annettu tiloja kussakin päätaksonissa, olla myös muita attribuutteja. Hahmo on esimerkiksi merkitty mukaan otetuksi tai pois jätetyksi, ja sille on annettu oletuksia, kuten painoarvo ja evoluution parsimony-malli. Näitä attribuutteja käytetään erilaisissa laskelmissa. Ne voidaan määrittää Luettelo hahmoista -ikkunoissa, jotka ovat käytettävissä Hahmot-valikossa.

    List of Characters -ikkunassa sarakkeet viittaavat sisällyttämiseen, parsimony-malliin ja todennäköisyysmalliin (todennäköisyyslaskelmia varten). Muita sarakkeita voidaan pyytää ryhmään kuulumista, painoa ja (DNA-tietojen osalta) koodonin sijaintia varten. Voit pyytää sarakkeen näyttämistä käyttämällä Columns (Sarakkeet) -valikkoa. Kunkin sarakkeen osoitettua attribuuttia voidaan muuttaa valitsemalla ensin joko muutettavat merkit (jos halutaan muuttaa vain joitakin merkkejä) tai valitsemalla attribuutin sarake (jos halutaan muuttaa kaikkia merkkejä). Koskettamalla sarakkeen nimeä (jossa pitäisi näkyä käänteinen musta kolmio) avautuu pudotusvalikko, josta voit tehdä haluamasi määrityksen.

    Jokaisen muun attribuutin kuin ryhmän jäsenyyden osalta kolme alimmaista valikkokohtaa ovat nykyisen määrittelyn tallentaminen tiedostoon nimettynä määrittelyjoukkona (kuten kirjoitussarjan tai painosarjan tallentaminen MacCladessa), olemassa olevan määrittelyjoukon korvaaminen nykyisellä tai tallennetun määrittelyjoukon lataaminen nykyiseksi.

    Seuraavassa on kullekin sarakkeelle ominaiset vaihtoehdot:

    • Sisällyttäminen – Sisällyttäminen, Poissulkeminen ja Käänteinen mahdollistavat merkkien sisällyttämisen muuttamisen. Käänteinen muuttaa poissuljetun sisällytetyksi ja päinvastoin. Poissuljetut merkit eivät osallistu puun pituuteen ja moniin muihin laskutoimituksiin. Laskutoimitukset eivät yleisesti ottaen noudata poissulkemista, sillä joissakin laskutoimituksissa käytetään myös poissuljettuja merkkejä.
    • Parsimony model (Parsimoniamalli) – Model (Malli) -alasvetovalikosta voit valita parsimony model (parsimoniamalli), joka osoitetaan merkeille käytettäväksi parsimony-laskelmissa.
    • Todennäköisyysmalli – Malli-alasvetovalikosta voit valita merkkeihin liitettävän todennäköisyysmallin, jota käytetään todennäköisyyslaskelmissa ja simuloinneissa.
    • Ryhmän jäsenyys – Yllä olevassa kuvassa ryhmän jäsenyys näkyy viimeisessä sarakkeessa. Jos haluat määrittää hahmoja ryhmiin, sinun on ensin luotava ryhmiä käyttämällä Uusi ryhmä -ohjelmaa. Voit esimerkiksi luoda ryhmän Adult Characters ja toisen ryhmän Larval Characters. Sen jälkeen voit määrittää hahmon ryhmään käyttämällä Set Group (Aseta ryhmä) -alivalikkoa. Voit myös muokata ryhmän väriä ja nimetä ryhmän uudelleen. Ryhmän väri on hyödyllinen eri ryhmien hahmojen erottamiseksi toisistaan esimerkiksi kaavioissa tai hahmomatriisieditorissa.
    • Paino – Set weight (Aseta paino) -valikkokohdan avulla voit asettaa merkille määritetyn painon. Tätä käytetään tällä hetkellä puunpituuslaskelmissa.
    • Codon Positions – Tämä sarake on käytettävissä DNA-tiedoissa. Pudotusvalikosta voit määrittää positiot.

    Merkkejä koskevien tietojen kartoittaminen

    Hahmojen informatiivisia tilastoja ja arvoja voidaan tarkastella tai kartoittaa eri ikkunoissa. Analyysi-valikosta voidaan pyytää palkkikaavio & Viivakaavio, joka näyttää merkkisarjan arvon jakauman. Esimerkiksi nykyisen puun merkkien parsimonia-askeleiden lukumäärä voidaan esittää kaaviona. Analyysi-valikossa käytettävissä oleva hajontadiagrammi piirtää merkit kaksiulotteisessa avaruudessa, jossa X-akselilla on yksi tietty arvo (esim. merkin todennäköisyys yhdessä puussa) ja Y-akselilla jokin toinen arvo (esim. merkin todennäköisyys toisessa puussa). Hahmojen arvoja voidaan tarkastella myös Luettelo hahmoista -ikkunassa, johon voidaan lisätä sarakkeita (Luettelo-valikosta), jotta voidaan näyttää valitut tilastotiedot kustakin hahmosta.

    Kaikkien merkkimatriisien luettelointi

    Luettelo merkkimatriiseista -valikkokohta kohdassa Merkit tuo esiin luettelon merkkimatriiseista. Tässä voit tarkastella tilastoja ja muuttaa merkkimatriisien nimiä.

    Hahmomatriisit voidaan merkitä ”piilotetuiksi”, mikä tarkoittaa, että ne eivät ole mukana useimmissa valikoissa ja valintaikkunoissa, joissa voit valita matriiseja, eivätkä ne näy ikkunan vasemmassa reunassa olevassa projektipaneelissa. Näkyvyyden asettaminen tapahtuu kohdasta Luettelo merkkimatriiseista, Sarake>Matriisin näkyvyys. Kun sarake tulee näkyviin, valitse niiden matriisien rivit, joiden näkyvyyttä haluat muuttaa, ja valitse Toggle Visibility (Vaihda näkyvyys) sarakkeen yläosassa olevasta pudotusvalikosta.