Veden välityksellä leviävät alkueläinparasiitit, kuten Cryptosporidium, Giardia, Entamoeba ja Toxoplasma, aiheuttavat maailmanlaajuisesti 1,7 miljardia ripulitapausta, ja ne ovat toiseksi yleisin syy kuolleisuuteen alle 5-vuotiailla lapsilla. Niillä on ympäristölle vastustuskykyinen kysta/ookysta-vaihe. Niiden tärkeydestä huolimatta niiden havaitsemisessa käytettävät tavanomaiset analyysimenetelmät perustuvat edelleen immunomääritykseen, jota seuraa mikroskooppinen analyysi. Viime vuosina on raportoitu uusista menetelmistä, joilla voidaan parantaa ympäristödiagnostiikkaa. Tässä katsauksessa keskitytään yleisten veden välityksellä leviävien alkueläinloisten kysta- ja ookystavaiheisiin ja tarkastellaan biosensoreita ja nanoteknologiaan perustuvia vaihtoehtoja niiden havaitsemiseksi ympäristössä. Uusia kehityssuuntauksia, kuten aptameerien käyttöä vasta-aineiden korvaamiseksi, nanomateriaalien käyttöä orgaanisten väriaineiden korvaamiseksi ja uusien merkinantomenetelmien, kuten pintavahvistetun Raman-spektroskopian ja cantileveriin perustuvan massamittauksen, kehittämistä käsitellään yksityiskohtaisesti. Lisäksi käsitellään joitakin tulevia tutkimusmahdollisuuksia analyysimenetelmien nykyisten rajoitusten poistamiseksi.