Proteiini osallistuu joidenkin hormonien luomiseen. Nämä aineet auttavat ohjaamaan kehon toimintoja, joihin liittyy useiden elinten vuorovaikutus. Insuliini, pieni proteiini, on esimerkki hormonista, joka säätelee verensokeria. Siihen liittyy haiman ja maksan kaltaisten elinten vuorovaikutus. Sekretiini, on toinen esimerkki proteiinihormonista. Tämä aine auttaa ruoansulatusprosessissa stimuloimalla haimaa ja suolistoa tuottamaan tarvittavia ruoansulatusmehuja.EntsyymitEnsiymit ovat proteiineja, jotka lisäävät kemiallisten reaktioiden nopeutta elimistössä. Itse asiassa suurin osa elimistön välttämättömistä kemiallisista reaktioista ei sujuisi tehokkaasti ilman entsyymejä. Esimerkiksi eräs entsyymityyppi toimii apuna suurten proteiini-, hiilihydraatti- ja rasvamolekyylien pilkkomisessa pienemmiksi molekyyleiksi, kun taas toinen entsyymityyppi auttaa DNA:n muodostumisessa.Molekyylien kuljetus ja varastointiProteiini on tärkeä tekijä tiettyjen molekyylien kuljetuksessa. Esimerkiksi hemoglobiini on proteiini, joka kuljettaa happea koko kehossa. Proteiinia käytetään joskus myös tiettyjen molekyylien varastointiin. Ferritiini on esimerkki proteiinista, joka yhdistyy raudan kanssa ja varastoituu maksaan.Vasta-aineetProteiini muodostaa vasta-aineita, jotka auttavat ehkäisemään infektioita, sairauksia ja tauteja. Nämä proteiinit tunnistavat ja auttavat tuhoamaan antigeenejä, kuten bakteereja ja viruksia. Ne toimivat usein yhdessä muiden immuunijärjestelmän solujen kanssa. Vasta-aineet esimerkiksi tunnistavat antigeenit ja ympäröivät ne, jotta ne pysyvät eristyksissä, kunnes valkosolut voivat tuhota ne.