Nomenclatura de las cepas de ratón

Un gran número de cepas GEMM (Genetically Engineered & Mutant Mice) son cepas congénicas. Las cepas congénicas se producen transfiriendo una mutación de un fondo genético a una cepa endogámica específica mediante retrocruzamientos repetidos. Se espera que la cepa congénica y la pareja endogámica sean idénticas en todos los loci excepto en el locus transferido y en un segmento de cromosoma vinculado. El tamaño del segmento y la posibilidad de que se transfieran alelos en otros cromosomas dependen del número de generaciones de retrocruzamiento.

Una cepa se considera totalmente congénica tras diez generaciones de retrocruzamiento (N10). Sin embargo, las cepas portadoras de mutaciones que se han retrocruzado con la cepa de fondo durante al menos cinco, pero menos de diez, generaciones se consideran cepas congénicas incipientes y pueden ser útiles en una variedad de áreas de investigación.

La mayoría de los nombres de las cepas de ratones congénicos portadores de mutaciones espontáneas y dirigidas, así como de unas pocas cepas congénicas para los loci de histocompatibilidad, no han seguido la nomenclatura congénica estándar por razones históricas. En respuesta a las preocupaciones de la comunidad científica sobre los orígenes de las mutaciones genéticas y las diferencias en el fenotipo debido a los efectos de los antecedentes genéticos, el Comité Internacional de Nomenclatura Genética Estandarizada para Ratones y The Jackson Laboratory se comprometieron a corregir estas inconsistencias.

A partir del 1 de junio de 2000, se cambiaron los nombres de un gran número de cepas de ratones JAX® para indicar la cepa de origen de la mutación. Las cepas se enumeran por sus nuevos nombres, con los nombres anteriores indicados en la base de datos de ratones JAX®. A continuación se ofrecen ejemplos de estos cambios de nombre. La nomenclatura congénica se adopta una vez que una cepa ha alcanzado la quinta generación de retrocruzamiento (N5), aunque una cepa no se considera totalmente congénica hasta N10. Se tomó la decisión de no cambiar la nomenclatura de algunas cepas que llevan múltiples alelos derivados de diferentes orígenes, ya sea por la forma en que se generó la cepa o porque la nomenclatura causaría una confusión adicional. Se puede encontrar información adicional sobre los orígenes de los transgenes y las mutaciones genéticas a través de la base de datos de ratones JAX® realizando una búsqueda utilizando el símbolo del gen o el número de cepa de interés.

Nomenclatura de las cepas congénicas

Las cepas congénicas se designan con un símbolo compuesto que consiste en la cepa huésped (normalmente abreviada), un punto, la cepa donante (también normalmente abreviada), un guión y el símbolo en cursiva del locus o loci diferencial y del alelo o alelos (por ejemplo, B10.129P-H12b). Cuando la cepa donante no es consanguínea o es compleja, se utiliza el símbolo «Cg», que denota congenia. La nomenclatura congénica se aplica tanto a los incipientes como a los congénitos completos. El número de generación se incluye en el detalle de la cepa.

El fondo genético de muchos congénicos es una mezcla de C57BL/6J y una subcepa 129 (designada como B6;129, B6;129P, o B6;129S; véase la explicación que sigue en «Nomenclatura revisada para los ratones de la cepa 129»). Sin embargo, los antecedentes de algunas cepas congénitas son desconocidos, se derivan de más de dos cepas progenitoras o tienen contribuciones genéticas de una fuente desconocida o ajena. El fondo de tales congéneres se designa frecuentemente como «STOCK». Anteriormente, la mayoría de las mutaciones espontáneas e inducidas transferidas por retrocruzamiento desde un fondo mixto (por ejemplo, B6;129 o STOCK) a un fondo endogámico no se describían con la nomenclatura convencional de congéneres. Sin embargo, muchos nombres de cepas de ratones de ingeniería genética y mutantes se han revisado para indicar más claramente el origen de una mutación (por ejemplo, B6.129P2-Apoetm1Unc/J).

El Jackson Laboratory suministra un gran número de cepas congénitas de histocompatibilidad. En algunos casos, varias líneas se derivan de la misma cepa donante y se distinguen por un número y/o una letra entre paréntesis (por ejemplo, B10.129P-H11b(10M)/SnJ y B10.129P-H46b H47b(21M)/Sn).

En el año 2000, un gran número de nombres de cepas de ratones JAX® cambiaron para indicar la cepa de origen de la mutación. Ejemplos de cambios de nomenclatura

Ejemplo 1.

Nota: Este nombre de cepa no debe confundirse con el de una mutación mantenida en un fondo genético mixto B6;129P, donde las abreviaturas de la cepa en el nombre están separadas por un punto y coma en lugar de un punto (véase el ejemplo 5). Hemos incluido información adicional (tipo de cepa, información de control, cepas de fondo y donantes, y número de generación) en el detalle de la cepa congénita tanto en nuestra literatura impresa como en nuestro sitio web para delinear más claramente el fondo genético.

Ejemplo 2.

Tipo

Nota: La Cg (de congénita) se utiliza cuando hay múltiples cepas donantes o la cepa donante es de fondo genético mixto.

Ejemplo 3.

Nota: En este ejemplo, se utiliza la Cg para evitar sugerir que ambas mutaciones surgieron en DBA/J mientras se muestra que el marcador de color de pelaje misty (m) y la mutación de diabetes (Leprdb) se mantienen en repulsión.

Ejemplo 4.

Nota: El material genético adicional que contribuye puede incluirse entre paréntesis a continuación de la cepa donante. En este ejemplo, se ha transferido una mutación dirigida desde un fondo mixto B6;129P a una tercera cepa endogámica. La región genómica que flanquea el gen objetivo es similar a 129P2 debido al origen de la línea celular ES, pero una cantidad desconocida del genoma de la cepa puede ser de origen C57BL/6. La cantidad de ADN de la cepa donante, tanto ligada como no ligada al locus diferencial, disminuye con el aumento de las generaciones de retrocruzamiento.

Estrella con una mutación llevada a cabo en un fondo genético mixto

Ejemplo 5.

Nota: No se trata de un congénere, sino de una mezcla de C57BL/6 y 129P2 (de la línea de células ES), por lo que segrega alelos de estas dos cepas. La coma entre las abreviaturas de las cepas se ha sustituido por un punto y coma para distinguirlas más claramente del punto en la nomenclatura congénica.

Estrella con nomenclatura que no cambió, pero que lleva alelos de diferentes orígenes

Ejemplo 6.

Tipo

Nota: Esta cepa se creó mediante el apareamiento, no retrocruzamiento, de tres cepas congénicas individuales que portaban alelos diferenciales ya en un fondo genético C57BL/6J (B6.C-Igha, B6.PL-Thy1a y B6.CAST-Gpi1).