Matrices de caracteres

Caracteres y matrices de caracteres

Los caracteres y sus estados son medios para describir las características de los organismos. Mesquite admite caracteres cuyos estados son categóricos (discretos y no necesariamente ordenados), continuos (medidas con valores decimales) o merísticos (recuentos). Existen versiones especiales de caracteres categóricos para datos de secuencias de ADN, ARN y proteínas. Para obtener más detalles específicos de esos tipos de caracteres, consulte las páginas sobre caracteres moleculares y continuos. Los caracteres categóricos distintos de los moleculares pueden tener 55 estados. Los caracteres merísticos son números enteros (y pueden ser negativos).

Los caracteres pueden existir dentro de matrices que se almacenan en un archivo de datos. Así, una matriz puede almacenar una serie de caracteres categóricos para describir características fenotípicas. Otra matriz puede almacenar caracteres continuos que describen medidas tomadas de los organismos, mientras que una tercera matriz puede almacenar datos de la secuencia de ADN, en la que cada sitio alineado es tratado como un carácter (Mesquite actualmente trata los datos no alineados como si estuvieran alineados, aunque el alineamiento puede ser ignorado). Cada matriz puede tener un solo tipo de carácter, pero un archivo de datos puede contener más de una matriz.

Los caracteres también pueden existir fuera de las matrices. Por ejemplo, los caracteres pueden ser creados por simulaciones y aleatorizaciones o por ordenaciones y utilizados directamente en los cálculos, sin que en ningún momento sean capturados en una matriz y almacenados en un fichero. Así, la «Fuente de Caracteres» utilizada para un cálculo puede ser tanto matrices almacenadas en el fichero, como caracteres generados sobre la marcha por simulaciones o aleatorizaciones, u ordenaciones. Por esta razón, Mesquite le pregunta por defecto qué Fuente de Caracteres utilizar cuando se necesitan caracteres o matrices. Debido a que algunos usuarios novatos pueden encontrar esta petición confusa, puede configurar Mesquite para que elija por defecto los Caracteres Almacenados o las Matrices Almacenadas, sin preguntar, seleccionando el elemento «Usar Caracteres/Matrices Almacenadas por Defecto» en el submenú Defaults del menú File.

La mayor parte de esta página del manual se refiere a los caracteres/matrices almacenados en el archivo de datos.

• Tipos de matrices de caracteres
• Crear una matriz de caracteres
• Borrar y renombrar matrices de caracteres
• El editor de matrices de caracteres
  • Undo
  • Añadir, borrar, renombrar y ordenar taxones y caracteres
  • Ingresar datos de caracteres
  • Seleccionar taxones caracteres y celdas de la matriz
  • Búsqueda de la matriz
  • Copiar/pegar
  • Edición de nombres de caracteres y estados
  • Anotaciones
  • Coloración de celdas de la matriz
  • Alteraciones y transformaciones

  .

• Cambiar los atributos de los caracteres
• Información gráfica sobre los caracteres
• Listado de todas las matrices de caracteres

Tipos de matrices de caracteres

Los tipos estándar de matrices de caracteres disponibles en Mesquite son:

• Matrices categóricas estándar – Los estados son discretos, no necesariamente ordenados. Los caracteres pueden tener hasta 55 estados, cuyos símbolos por defecto son 0 – 9, A – H, K – N, P – Z, a – h, k – n, p – z. Los polimorfismos (por ejemplo, estado 0 y 2) se indican con 0&2; la incertidumbre (por ejemplo, estado 0 o 2) se indica con 0/2. Un estado completamente desconocido se indica por defecto con ? Si el carácter es inaplicable a ese taxón, el símbolo es – por defecto. Los nombres de estado se pueden asignar utilizando Editar Nombres de Estado.
  
• Matrices de ADN/ARN – Cuatro estados, A, C, G, T o A, C, G, U. Se pueden utilizar códigos de ambigüedad estándar (por ejemplo, R = A o G). Por defecto, el estado desconocido es ?, el hueco es -. Más información sobre la edición de datos de ADN se da aquí.
  
• Matrices de proteínas – Símbolos estándar para los aminoácidos. Por defecto, el estado desconocido es ?, el hueco es -. Más información sobre la edición de datos de proteínas se da aquí.
• Matrices continuas – Los estados son valores continuos (por ejemplo, 1,02, 3e-4). Una matriz puede tener múltiples elementos, como x, y o min, max. Los elementos se pueden añadir utilizando los elementos del menú en Matriz>Utilidades, o utilizando el panel de información de la matriz (que se muestra con la «i» azul en la parte inferior izquierda de la matriz). Un tipo especial de matriz continua, la Geográfica, tiene dos caracteres (latitud, longitud). Más información sobre datos continuos se da aquí.
  
• Matrices merísticas – Los estados son números enteros (y pueden ser negativos). Si el carácter es inaplicable a ese taxón se indica con una x, no con «-» como en otros tipos de datos, para evitar la confusión con el signo menos. Los datos que faltan se indican con un signo de interrogación (?). Las matrices merísticas pueden tener múltiples elementos, que pueden añadirse utilizando el panel de información de la matriz (que se muestra con la «i» azul en la parte inferior izquierda de la matriz).
  

Creación de una matriz de caracteres

Hay varias formas de crear una matriz de caracteres para almacenarla en el archivo. La más sencilla es crear una matriz en blanco (vacía) eligiendo Caracteres>Nueva matriz vacía. En el cuadro de diálogo que aparece, asigne un nombre a la matriz de caracteres y especifique el número de caracteres. También tendrá que elegir el tipo de datos que contendrá la matriz (categóricos estándar, datos de secuencias de ADN (o ARN), continuos o datos de secuencias de proteínas). Normalmente, creará una matriz vacía si va a empezar a introducir observaciones sobre los organismos.

También es posible crear matrices de caracteres que ya están llenas de estados de caracteres. Por ejemplo, si quiere hacer un duplicado de una matriz de caracteres existente, seleccione Caracteres>Hacer nueva matriz a partir de>Matrices almacenadas. Si desea crear una matriz a partir del contenido del portapapeles, seleccione Caracteres>Hacer nueva matriz a partir de>Tablero. Otras opciones disponibles en Personajes>Hacer nueva matriz a partir de> le permiten hacer y almacenar matrices resultantes de simulaciones de la evolución de los personajes, aleatorizaciones de matrices existentes u otras fuentes.

Las matrices de caracteres también pueden ser leídas desde archivos, incluyendo aquellos en NEXUS y otros formatos que pueden ser importados.

Borrar y renombrar matrices

Hay tres lugares en los que se pueden renombrar y borrar matrices de caracteres: en el Editor de matrices de caracteres, en la ventana Lista de matrices de caracteres y en el Panel de proyectos.

En el Editor de Matrices de Caracteres el submenú Matriz Actual en la parte superior del menú de matrices tiene elementos de menú para renombrar o borrar la matriz mostrada en la ventana.

En la ventana Lista de matrices de caracteres (disponible en el menú Caracteres), se puede renombrar una matriz editando directamente su nombre. Para eliminar matrices, seleccione las filas correspondientes a las matrices a eliminar, y seleccione Lista>Borrar matrices de caracteres seleccionadas.

Para cambiar el nombre de una matriz desde el Panel de Proyecto en la parte izquierda de sus ventanas, toque sobre el nombre de la matriz hasta que aparezca un menú desplegable:

Seleccione Renombrar Matriz de este menú para renombrar la matriz. También puede utilizar este menú desplegable para eliminar una matriz.

El editor de matrices de caracteres

Una vez que tenga una matriz de caracteres, puede editarla utilizando el editor de matrices de caracteres de Mesquite, disponible en la parte superior del menú Caracteres. Este es un editor de hoja de cálculo, similar en estilo al de MacClade. Mientras que el editor de Mesquite puede manejar datos continuos y tiene utilidades especiales, por ejemplo para comparar matrices, carece de las sofisticadas características de MacClade para la visualización y alineación de datos de secuencias moleculares. Dado que MacClade y Mesquite comparten el formato de archivo NEXUS, para la mayoría de los archivos de datos podrá editar matrices en cualquiera de los dos programas para utilizarlas en el otro. A continuación encontrará instrucciones sobre cómo editar una matriz de caracteres. La mayor parte de la edición puede hacerse en el Editor de Matrices de Caracteres, pero algunos cambios pueden hacerse en otras ventanas.

El Editor de matrices de caracteres está controlado por los menús Matriz y Seleccionar, y por las herramientas de la paleta de la izquierda. El menú Matriz contiene elementos para cambiar el ancho de las columnas (el submenú Pantalla), cambiar el color de las celdas y alterar los datos de los caracteres.

Puede solicitar un panel que muestre información sobre la matriz y sus caracteres tocando sobre la «i» azul () en la parte superior derecha o inferior izquierda de la matriz.

Puede tener más de un Editor de Matriz visible para trabajar en la misma matriz. Para obtener un segundo Editor, elija Editor de Matriz Extra en el menú Caracteres. Esto puede ser útil si quiere tener los editores configurados en diferentes vistas (por ejemplo, uno en la vista de ojo de pájaro, o coloreado como traducido a proteína).

¡Tenga en cuenta que actualmente muchos de los cambios que realice en una matriz de caracteres no se pueden deshacer!

El editor de matrices de caracteres mostrando datos morfológicos
El editor de matrices de caracteres mostrando secuencias de ADN

En la parte inferior izquierda del Editor de Matrices de Caracteres hay botones para abrir la ventana de Lista de Caracteres () y la de Lista de Taxones (). Recíprocamente, la ventana Lista de caracteres tiene un botón () para mostrar el Editor de matrices de caracteres.

Deshacer

El editor de la matriz de caracteres de Mesquite tiene cierta capacidad para deshacer el último cambio realizado, dependiendo de cuál haya sido ese cambio. Puedes solicitar Deshacer en el menú Edición. Actualmente, no se puede deshacer el borrado de un personaje, ni tampoco el borrado de taxones. Estamos trabajando para ampliar el alcance de lo que se puede deshacer. (Si la incapacidad de deshacer le preocupa, tal vez quiera activar la copia de seguridad automática de NEXUS en el submenú Defaults del menú File, y guardar con frecuencia).

Añadir, eliminar, renombrar, fusionar y ordenar taxones y caracteres

Hay varios métodos para añadir taxones o caracteres a una matriz existente. Para añadir taxones, se puede elegir (Matriz de caracteres) Matriz>Añadir taxones… o (Taxones) Lista>Añadir taxones… para añadir taxones al final de la matriz, o utilizar la herramienta Añadir taxones () en la matriz de caracteres para añadir taxones en el punto de la matriz que se toque. Para añadir caracteres, elija (Matriz de caracteres) Matriz>Añadir caracteres… para añadir caracteres al final de la matriz, o utilice la herramienta Añadir caracteres () en la matriz de caracteres para añadir caracteres en el punto de la matriz que se toque.

Para borrar los taxones existentes, seleccione los taxones en la ventana de la lista de taxones (tocando el número del taxón en el extremo izquierdo), y elija (Taxa) Lista>Borrar taxones seleccionados, o seleccione toda la fila de los taxones a borrar (tocando el número del taxón en el extremo izquierdo) en la matriz de caracteres y elija (Matriz de caracteres) Matriz>Borrar seleccionados.

Para borrar los caracteres existentes, seleccione los caracteres en la Ventana de Lista de Caracteres (tocando el número del carácter en el extremo izquierdo), y elija (Caracteres) Lista>Borrar Caracteres Seleccionados, o seleccione toda la fila de los caracteres a borrar (tocando el número del carácter en el extremo izquierdo) en la Matriz de Caracteres y elija (Matriz de Caracteres) Matriz>Borrar Seleccionados.

Para cambiar el nombre de los taxones o de los caracteres, elija la herramienta de la viga I () en la Ventana de la Lista de Taxones, la Ventana de la Lista de Caracteres o la Ventana de la Matriz de Caracteres, seleccione el nombre a editar y escriba el nuevo nombre.

Los taxones se pueden fusionar utilizando la opción Fusionar Taxones del submenú Utilidades de Taxones del menú Matriz. Esto también fusionará sus estados de carácter en cualquier matriz. Si los dos taxones tienen los mismos estados, este estado se utiliza para el taxón fusionado. Si a uno de los dos taxones le faltan datos o tiene un hueco (inaplicable), pero el otro tiene un estado, se utiliza el estado del otro (por ejemplo, ? + A = A). Si uno tiene un hueco y el otro carece de datos, el resultado es que faltan datos. Si los dos taxones tienen estados diferentes que son estados simples o polimórficos, se produce un polimorfismo (por ejemplo, A + G = A&G). Si los dos taxones tienen estados diferentes y al menos uno es ambiguo, se produce una incertidumbre, a menos que la ambigüedad esté totalmente contenida en el polimorfismo del otro (por ejemplo, A&C + C/T = A/C/T; A&C&T + C/T = A&C&T).

Para cambiar el orden de los caracteres, puede seleccionar y arrastrar caracteres enteros en la ventana de lista de caracteres o en el editor de la matriz de caracteres. También puede utilizar la herramienta de ordenación () para ordenar automáticamente los caracteres en orden alfabético o numérico de la columna o fila sobre la que toque en estas ventanas.

Introducción de datos de caracteres

Puede introducir los datos de los caracteres bien de una en una, o bien utilizando las herramientas que permiten introducir varias celdas a la vez. Las herramientas disponibles se muestran en la siguiente tabla.

	Herramienta	Acción
	Hazte con una celda individual y permite editar el contenido de la celda como lo harías con cualquier texto estándar.
	Seleccionar y escribir	Si esta herramienta está activa, al escribir una tecla se introducirá ese único valor en todas las celdas seleccionadas. Las celdas pueden seleccionarse con esta herramienta; manteniendo pulsadas las teclas Mayúsculas o Comando, pueden seleccionarse múltiples celdas.
	Cubo de pintura	Esta herramienta llenará rápidamente un bloque de celdas con un estado determinado. El estado («pintura») puede elegirse tocando el cuentagotas en una celda del estado apropiado, o eligiendo Establecer Estados de Relleno en el menú desplegable del Cubo de Pintura.
	Gotero	Esta herramienta, cuando se toca en una celda de la matriz, establece la «pintura» del Cubo de Pintura a los estados de esa celda.

Selección de taxones, caracteres y celdas de la matriz

Mesquite tiene varias herramientas para seleccionar taxones, caracteres o celdas de datos, como se describe en la siguiente tabla.

	Herramienta	Acción
	Flecha	Selecciona celdas individuales o múltiples. Para añadir o restar celdas a una selección existente, mantenga pulsada la tecla Comando (o Apple) mientras toca una celda. Para ampliar una selección y abarcar un bloque sólido de celdas, mantenga pulsada la tecla Mayúsculas mientras toca una celda.
	Vara	Por defecto, selecciona todas las celdas que poseen el mismo estado de valor que la celda tocada. Es decir, si se toca en una celda con estado «1», se seleccionarán todas las celdas de toda la matriz con estado «1». Sin embargo, utilizando el menú desplegable, puede pedirle que elija todas las celdas con un valor mayor que el tocado, o menor. Por defecto, esta herramienta selecciona las celdas de toda la matriz. Utilizando el menú desplegable, puede pedir que se restrinja la selección a un solo taxón, o a un solo carácter. Si mantiene pulsada la tecla Mayúsculas, la nueva celda se añadirá a la selección existente. Manteniendo pulsada la tecla Comando (o Apple) se añadirán las nuevas celdas a la selección existente si se toca una celda que no está seleccionada, y se eliminarán las celdas de la selección existente si la celda ya está seleccionada.
	Vara de taxones	Por defecto, selecciona todos los taxones que poseen el mismo estado dentro del carácter tocado que el de la celda tocada. Sin embargo, utilizando el menú desplegable, puede pedirle que elija todos los taxones con un valor mayor que el tocado, o menor. Si se mantiene pulsada la tecla Shift se añadirán los nuevos taxones a la selección existente. Manteniendo pulsada la tecla Comando (o Apple) se añadirá el nuevo taxón a la selección existente si se toca un taxón que no está seleccionado, y se eliminará el taxón de la selección existente si el taxón ya está seleccionado.
	Vara de caracteres	Por defecto, selecciona todos los caracteres que posean el mismo estado dentro del carácter tocado que el de la celda tocada. Sin embargo, utilizando el menú desplegable, puede pedirle que elija todos los caracteres con un valor mayor que el tocado, o menor. Si mantiene pulsada la tecla Mayúsculas, añadirá los nuevos caracteres a la selección existente. Manteniendo pulsada la tecla Comando (o Apple) se añadirán los nuevos caracteres a la selección existente si se toca un carácter que no está seleccionado, y se eliminarán los caracteres de la selección existente si el carácter ya está seleccionado.

Los caracteres y las celdas también pueden seleccionarse mediante los elementos del menú Seleccionar del Editor de la matriz de caracteres. Estos permiten seleccionar caracteres variables, seleccionar tramos de secuencia que coincidan con un tramo actualmente seleccionado, invertir la selección actual y realizar otros cambios en la selección.

Búsqueda en la matriz

El contenido de la matriz puede buscarse de dos maneras. En primer lugar, el área de búsqueda en la parte superior de la ventana puede establecerse en Buscar datos (se establece haciendo clic en el pequeño icono hasta que aparezca como ). A continuación, se puede introducir una cadena de búsqueda y pulsar el botón de retorno.

En segundo lugar, puede buscar en la matriz utilizando los comandos Buscar en el menú Editar, y la Selección por Búsqueda en el menú Seleccionar. En el menú Editar, Buscar cadena… selecciona la primera celda de instancia en la matriz que contiene la cadena de texto dada. Busca primero los nombres de los taxones, los nombres de los caracteres y los estados de los caracteres dentro de la matriz. Puede encontrar instancias posteriores utilizando el comando Buscar de nuevo. Buscar todo selecciona todas las celdas que contienen una cadena dada. Buscar nota a pie de página funciona como Buscar cadena, excepto que resalta las celdas que contienen notas a pie de página con el texto dado. (Para encontrar texto dentro de las anotaciones más elaboradas, tendrá que llamar a una ventana de anotaciones utilizando la herramienta Anotar (lápiz) en el editor de la matriz de caracteres, y luego elegir Buscar anotación en el menú Notas.)

Copiar/pegar

Puede copiar nombres de taxones y caracteres de una región de la matriz a otra y de una matriz a otra. También puede copiar una o más celdas de la matriz al Portapapeles, y pegarlas en otra región de la matriz, o en otra matriz. Mesquite le permite hacer con selecciones discontinuas, siempre que el número de celdas seleccionadas en el primer taxón que se selecciona al copiar sea el mismo que el número de celdas seleccionadas en el primer taxón que se selecciona al pegar, y lo mismo para los taxones posteriores. Es decir, si se seleccionan dos celdas en el taxón 3, una celda en el taxón 5, y cuatro celdas en el taxón 7, y se copia esto en el Portapapeles, entonces al pegar, se deben seleccionar dos celdas en el primer taxón en el que se va a pegar, una en el siguiente, y cuatro en el último.

Mesquite no le permitirá pegar un bloque de celdas en la matriz mientras haya seleccionado un bloque de forma diferente en la matriz. Sin embargo, si intenta hacerlo, Mesquite le ofrecerá cambiar la selección para que cubra el mismo número de celdas que en la selección. A continuación, puede volver a intentar pegar.

Edición de los nombres de los caracteres y estados

Los nombres de los caracteres pueden asignarse editando los encabezados de las columnas en el Editor de la Matriz de Caracteres, o editando los nombres de los caracteres directamente en la ventana de la Lista de Caracteres.

El Editor de Nombres de Estado, disponible al elegir (Matriz de Caracteres) Matriz>Editar Nombres de Estado, le permite nombrar los estados de los caracteres categóricos. No estará disponible si su matriz está especificada como datos de nucleótidos o proteínas. Puede cambiar la orientación (estados por caracteres, o caracteres por estados) del Editor de Nombres de Estado tocando la flecha doble en la parte superior izquierda de la ventana. Se pueden adjuntar notas a pie de página a determinados estados seleccionando el estado y escribiendo la nota a pie de página en el área de anotaciones de la parte inferior de la ventana.

Anotaciones

Puede anotar la matriz de caracteres adjuntando notas a pie de página simples, anotaciones más elaboradas o colores a los taxones, caracteres o celdas de la matriz. Las notas a pie de página sencillas se pueden adjuntar seleccionando la celda con la herramienta de flecha o de viga en I, y luego yendo al área de anotación blanca en la parte inferior de la ventana e introduciendo la nota a pie de página. Las anotaciones más elaboradas y los colores pueden adjuntarse utilizando el panel de anotaciones, disponible seleccionando Mostrar panel de anotaciones en el menú Matriz. Actualmente los sistemas de notas al pie y de anotaciones están separados en Mesquite – las notas al pie aparecen en el área de anotaciones en la parte inferior de muchas ventanas; las anotaciones elaboradas aparecen en un panel incrustado en el editor de la matriz de caracteres. Un archivo de datos de ejemplo con anotaciones se encuentra en Mesquite_Folder/examples/Basic_Examples/characters/11a-annotations.nex

El panel de anotaciones aparece en la parte derecha de la ventana, como sigue:

El panel de anotaciones anterior muestra las anotaciones (si las hay) asociadas a un determinado taxón, carácter o celda de la matriz (dependiendo de lo que se haya seleccionado con la herramienta de anotación (lápiz)). Las notas pueden añadirse o eliminarse mediante los botones (+) o la papelera situados en la parte superior izquierda. Se puede añadir una imagen a cada nota, y se pueden añadir etiquetas a las imágenes utilizando el cursor en forma de I. Para controlar la apariencia de estas etiquetas, haz clic con el botón derecho del ratón o control-clic en la etiqueta para obtener un menú desplegable que ajusta la fuente, el color y otras propiedades de la etiqueta. El puntero de la etiqueta puede reubicarse con la herramienta Ajustar puntero. Se puede acceder a otras características de las anotaciones mediante el submenú Anotaciones del menú Matriz. Puede buscar anotaciones que contengan texto utilizando el elemento de menú Buscar anotación del submenú Anotaciones.

Colorear las celdas de la matriz

Se pueden colorear las celdas o su texto. El color de fondo predeterminado de las celdas se elige en el submenú (Matriz de caracteres) Matriz>Color de fondo. Los colores para distinguir diferentes celdas pueden especificarse utilizando los elementos de los submenús (Matriz de caracteres) Matriz>Color de celdas y (Matriz de caracteres) Matriz>Color de texto. Estos submenús especifican el color que se utilizará para el fondo de la celda, o para el texto dentro de la celda, de acuerdo con los siguientes criterios:

• Valor del carácter – Una celda se colorea según un valor para todo el carácter, como los pasos de carácter de parsimonia.
• Valor de la celda – Una celda se colorea según un valor para esa celda en particular. Por ejemplo, con datos de secuencias de ADN, las celdas pueden colorearse en azul si el sitio es G o C, y en blanco si es A o T. Seleccionando (Matriz de caracteres) Matriz>Ventana móvil (para colores)…, se puede establecer el tamaño de la ventana móvil sobre la que se promedia el contenido de GC. Existen otros valores de celdas para las propiedades de los aminoácidos (por ejemplo hidrofobicidad)
• Excluido – Una celda se colorea de gris si su carácter está excluido.
• Nota a pie de página presente- Una celda se colorea de verde si tiene una nota a pie de página.
• Estado del carácter – Una celda se colorea según el estado del carácter (por ejemplo diferentes colores para A, C, G, T)
• Anotación adjunta – Una celda se colorea de verde si la anotación (no las notas al pie, sino las anotaciones complejas completas) está adjunta a ella.
• Colores asignados – Una celda se muestra con el color asignado por la herramienta pincel (). Para asignar un color a una celda, haga clic en la celda con el pincel. Toque y mantenga el botón en la paleta de herramientas para obtener un menú para seleccionar el color utilizado, eliminar colores o colorear todas las celdas seleccionadas.

Cuando las celdas están coloreadas, puede solicitar una leyenda para los colores seleccionando Mostrar leyenda de colores en el menú de la matriz, o tocando el pequeño botón() en la parte inferior izquierda del Editor de la matriz (debajo de los nombres de los taxones). Si hace doble clic en un color de la matriz, el editor se desplazará a una celda con ese color.

Alteraciones y transformaciones

En el menú Alterar/Transformar del menú Matriz están disponibles las siguientes opciones para modificar las celdas o caracteres de una matriz:

• Rellenar las celdas seleccionadas con un estado especificado: Elija (Matriz de caracteres) Matriz>Alterar/Transformar>Rellenar
• Rellenar las celdas seleccionadas con estados aleatorios con igual frecuencia para todos los estados: Elegir (Matriz de caracteres) Matriz>Alter/Transformar>Relleno aleatorio
• Recolocar aleatoriamente los estados dentro de un carácter entre los taxones seleccionados: Elija (Matriz de caracteres) Matriz>Alterar/Transformar>Recolocar estados entre taxones
• Para datos de secuencias de nucleótidos, convierta las entradas de cada celda en su complemento: Elija (Matriz de caracteres) Matriz>Alterar/Transformar>Complemento de nucleótidos
• Invertir una secuencia molecular seleccionada: Elija (Matriz de caracteres) Matriz>Alterar/Transformar>Invertir la secuencia
• Eliminar los caracteres que no son más que huecos: Elegir (Matriz de caracteres) Matriz>Alterar/Transformar>Eliminar caracteres que sólo tienen huecos
• Eliminar caracteres invariables: Elegir (Matriz de caracteres) Matriz>Alterar/Transformar>Quitar caracteres invariantes

Cambiar los atributos de los caracteres

Un carácter, además de tener estados asignados en cada uno de los taxones terminales, puede tener otros atributos. Por ejemplo, un carácter está marcado como incluido o excluido, y tiene supuestos atribuidos, como un peso y un modelo de evolución de parsimonia. Estos atributos se utilizan en varios cálculos. Se pueden asignar en las ventanas de la Lista de Caracteres, disponibles en el menú Caracteres.

En la ventana Lista de Caracteres, las columnas se refieren a la inclusión, al modelo de parsimonia y al modelo de probabilidad (para los cálculos de verosimilitud). Se pueden solicitar otras columnas para la pertenencia a un grupo, el peso y (para los datos de ADN) la posición del codón. Puede pedir que se muestre una columna utilizando el menú Columnas. Para cada una de estas columnas, el atributo asignado puede modificarse seleccionando primero los caracteres que se van a modificar (si sólo se van a modificar algunos caracteres) o seleccionando la columna del atributo (si se van a modificar todos los caracteres). A continuación, tocando el nombre de la columna (donde debe aparecer un triángulo negro invertido), aparece un menú desplegable que permite hacer la especificación adecuada.

Para cada uno de los atributos distintos de la pertenencia a un grupo, las tres opciones del menú inferior son almacenar en el archivo la especificación actual como un conjunto de especificaciones con nombre (como guardar una composición tipográfica o un conjunto de pesos en MacClade), sustituir un conjunto de especificaciones existente por el actual, o cargar un conjunto de especificaciones almacenado para que se convierta en el actual.

Las siguientes son las opciones específicas de cada columna:

• Inclusión – Incluir, Excluir e Invertir permiten cambiar la inclusión de caracteres. Invertir cambia los excluidos por los incluidos y viceversa. Los caracteres excluidos no participan en la longitud de los árboles ni en muchos otros cálculos. La exclusión no es respetada universalmente por los cálculos, ya que algunos cálculos utilizan incluso los caracteres excluidos.
• Modelo de parsimonia – El submenú Modelo permite seleccionar un modelo de parsimonia para asignar a los caracteres, para su uso en los cálculos de parsimonia.
• Modelo de probabilidad – El submenú Modelo permite seleccionar un modelo de probabilidad para asignar a los caracteres, para su uso en cálculos de probabilidad y simulaciones.
• Membresía de grupo – La imagen de arriba muestra la membresía de grupo en la última columna. Para asignar caracteres a grupos, primero debe crear grupos usando Nuevo Grupo. Por ejemplo, puede crear un grupo de Personajes Adultos y otro grupo de Personajes Larvales. Luego, puede asignar un personaje al grupo usando el submenú Establecer Grupo. También puede editar el color del grupo y renombrar el grupo. El color del grupo es útil para distinguir los caracteres de diferentes grupos, por ejemplo, en los gráficos o en el editor de la matriz de caracteres.
• Peso – Con la opción de menú Establecer peso puede establecer el peso asignado al carácter. Esto se utiliza actualmente en los cálculos de la longitud de los árboles.
• Posiciones de codones – Esta columna está disponible para los datos de ADN. El menú desplegable permite asignar posiciones.

Información gráfica sobre los caracteres

Las estadísticas y valores informativos de los caracteres pueden verse o graficarse en varias ventanas. En el menú Análisis se puede solicitar un Gráfico de Barras & Lineal para mostrar la distribución de un valor para una serie de caracteres. Por ejemplo, se puede graficar el número de pasos de parsimonia en los caracteres de un árbol actual. El diagrama de dispersión disponible en el menú Análisis traza los caracteres en un espacio bidimensional en el que el eje X es un valor concreto (por ejemplo, la probabilidad del carácter en un árbol) y el eje Y otro valor (por ejemplo, la probabilidad del carácter en otro árbol). Los valores de los caracteres también se pueden ver en la ventana de la Lista de Caracteres, donde se pueden añadir columnas (en el menú Lista) para mostrar las estadísticas seleccionadas para cada uno de los caracteres.

Lista de todas las matrices de caracteres

El elemento de menú Lista de Matrices de Caracteres en Caracteres trae una lista de matrices de caracteres. Aquí puede ver las estadísticas y cambiar los nombres de las matrices de caracteres.

Las matrices de caracteres pueden marcarse como «ocultas», lo que significa que no se incluirán en la mayoría de los menús y cuadros de diálogo en los que se pueden elegir matrices, y no aparecerán en el panel de proyecto a la izquierda de la ventana. Para establecer la visibilidad, vaya a la Lista de matrices de caracteres, Columna>Visibilidad de la matriz. Una vez que aparezca la columna, seleccione las filas de las matrices cuya visibilidad desee cambiar y elija Alternar visibilidad en el menú desplegable de la parte superior de la columna.