El 12 de abril de 1955, tras el anuncio del éxito del ensayo de la vacuna contra la poliomielitis, los Laboratorios Cutter se convirtieron en una de las varias empresas a las que el gobierno de los Estados Unidos recomendó conceder una licencia para producir la vacuna contra la poliomielitis de Salk. En previsión de la demanda de vacunas, las empresas ya habían producido reservas de la vacuna y éstas se distribuyeron una vez que se firmaron las licencias.

En lo que se conoció como el incidente Cutter, algunos lotes de la vacuna Cutter -a pesar de haber pasado las pruebas de seguridad requeridas- contenían el virus vivo de la polio en lo que se suponía que era una vacuna con virus inactivado. Cutter retiró su vacuna del mercado el 27 de abril después de que se notificaran casos asociados a la vacuna.

El error produjo 120.000 dosis de vacuna contra la polio que contenían el virus vivo de la polio. De los niños que recibieron la vacuna, 40.000 desarrollaron poliomielitis abortiva (una forma de la enfermedad que no afecta al sistema nervioso central), 56 desarrollaron poliomielitis paralítica y, de ellos, cinco niños murieron de polio. Las exposiciones condujeron a una epidemia de poliomielitis en las familias y comunidades de los niños afectados, con el resultado de otras 113 personas paralizadas y 5 muertes. El director del instituto de microbiología perdió su trabajo, al igual que el equivalente del secretario adjunto de salud. La secretaria de Salud, Educación y Bienestar Social, Oveta Culp Hobby, dimitió. El Dr. William H. Sebrell, Jr, director de los NIH, dimitió.

El Cirujano General Scheele envió a los doctores William Tripp y Karl Habel de los NIH a inspeccionar las instalaciones de Cutter en Berkeley, interrogar a los trabajadores y examinar los registros. Tras una exhaustiva investigación, no encontraron nada malo en los métodos de producción de Cutter. Una audiencia en el Congreso en junio de 1955 concluyó que el problema era principalmente la falta de escrutinio del Laboratorio de Control Biológico de los NIH (y su excesiva confianza en los informes de la Fundación Nacional para la Parálisis Infantil).

En los años siguientes se presentaron varias demandas civiles contra los Laboratorios Cutter, la primera de las cuales fue Gottsdanker contra los Laboratorios Cutter. El jurado consideró que Cutter no había sido negligente, pero sí responsable del incumplimiento de la garantía implícita, y concedió a los demandantes una indemnización por daños y perjuicios. Esto sentó un precedente para las demandas posteriores. Las cinco empresas que produjeron la vacuna Salk en 1955 -Eli Lilly, Parke-Davis, Wyeth, Pitman-Moore y Cutter- tuvieron dificultades para inactivar completamente el virus de la polio. Se demandó a tres empresas además de Cutter, pero los casos se resolvieron fuera de los tribunales.

El incidente de Cutter fue uno de los peores desastres farmacéuticos de la historia de EE.UU., y expuso a varios miles de niños al virus vivo de la polio en la vacunación. El Laboratorio de Control Biológico de los NIH, que había certificado la vacuna antipoliomielítica Cutter, había recibido advertencias previas de los problemas: en 1954, la Dra. Bernice Eddy, miembro del personal, había informado a sus superiores de que algunos monos inoculados se habían quedado paralizados y proporcionó fotografías. William Sebrell, el director de los NIH, rechazó el informe.