En este estudio caracterizamos la diversidad genética y las relaciones entre las poblaciones musulmanas chiítas y sunitas del norte de la India y las poblaciones vecinas y globales geográficamente seleccionadas. Examinamos una serie de parámetros de interés genético poblacional y forense basados en las frecuencias alélicas de 15 loci STR autosómicos (D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PO, D19S433, VWA, TPOX, D18S51, D3S1358, THO1, D13S317, D16S539, D2S1338, D5S818 y FGA). Todos los loci estudiados fueron consistentes con el equilibrio de Hardy-Weinberg, excepto los loci D18S51 y FGA para ambas poblaciones musulmanas, incluso después de aplicar la corrección de Bonferroni. Los valores combinados de poder de exclusión y poder combinado de discriminación para los 15 loci STR fueron 0,9999 y >0,99999, respectivamente, en ambas poblaciones musulmanas. Los valores de diversidad génica oscilaron entre 0,6784 (TPOX) y 0,9027 (FGA) para los musulmanes chiítas y entre 0,7152 (CSF1PO) y 0,9120 (D18S51) para los musulmanes suníes. La heterocigosidad observada (H(o)) osciló entre 0,5833 (D18S51) y 0,8595 (VWA) en los musulmanes chiíes y entre 0,6818 (CSF1PO) y 0,8333 (D21S11) en los musulmanes suníes, y fue inferior a la heterocigosidad esperada (H(e)) en 11 de los 15 STR tipificados. Analizamos las afinidades genéticas de las poblaciones musulmanas chiítas y suníes con sus poblaciones vecinas más cercanas geográficamente del norte de la India, Oriente Medio, Asia oriental y Europa utilizando métodos basados en la distancia, incluyendo árboles de unión de vecinos y escalamiento multidimensional. Además, estimamos la contribución genética de las supuestas poblaciones parentales incluidas en el análisis al acervo genético de los musulmanes chiíes y suníes mediante un análisis de mezcla. Aunque observamos un cierto grado de contribución genética de Irán a ambas poblaciones musulmanas, los resultados de los análisis filogenéticos basados en STRs autosómicos sugieren un parentesco genético con algunas de las poblaciones religiosas hindúes vecinas más cercanas geográficamente.