La cosmovisión milenaria agustiniana sobrevivió a la Reforma, pero no a la revolución intelectual del siglo XVII. El desarrollo de la ciencia supuso la reorientación del pensamiento occidental que incluyó la rehabilitación de la naturaleza. Una parte del rechazo del mundo por parte de Agustín procedía de la experiencia de las catástrofes humanas y naturales de su época. Su visión pesimista de la naturaleza humana también impulsó su oposición a la idea de progreso en la historia de la humanidad: somos criaturas tan profundamente imperfectas, creía, que no podemos esperar conseguir el reino milenario con nuestros propios esfuerzos. Sin embargo, en 1600 los europeos habían ganado confianza en sus propias capacidades. Francis Bacon y otros filósofos anunciaron el amanecer de un nuevo día y atacaron la reticencia agustiniana a ver algo más que la obra del Diablo en los intentos de controlar o comprender los procesos naturales.

Esta poderosa nueva dirección del pensamiento occidental tuvo su origen en el Renacimiento, que fue, en cierto sentido, el primer movimiento milenario secular de la historia occidental. Los historiadores suelen afirmar que el Renacimiento abandonó el pensamiento apocalíptico y milenario y las supersticiones del cristianismo medieval. En cierto sentido, esta interpretación es correcta, pero centrarse exclusivamente en las rupturas entre la Baja Edad Media y el Renacimiento oculta importantes continuidades. Además, el Renacimiento representa una mutación milenaria tan grande como la del año 1000. Los historiadores del Renacimiento no se interesaron por la cronología no porque hubieran abandonado el milenarismo apocalíptico, sino porque ya no necesitaban fechar el Fin. Ya estaba sucediendo. Se habían roto los sellos de la ignorancia y la restricción, se había trascendido el amor supersticioso a lo antiguo y el miedo a lo nuevo, y la nueva era había llegado.

Esta efervescencia fue, en parte, producto de la exposición a la Cábala judía y a los escritos herméticos (textos gnósticos relativos al don de la creación por parte de Dios al hombre del verdadero conocimiento). Esta tradición del mago cuyo conocimiento le permitía cambiar la naturaleza impregnaba la ideología de los participantes en esta nueva era. Tuvo especial fuerza entre quienes, como Francis Bacon, sostenían que, con la adquisición del conocimiento especial de Dios, se podía recrear el Edén. En cierto sentido, el Renacimiento trató de encontrar este conocimiento, una búsqueda que ayudó a crear la «ciencia moderna».

Pero a medida que la ciencia se definía a sí misma de forma cada vez más estrecha, conservaba su fascinación y justificación en el sueño milenario. Al mismo tiempo, el pensamiento social se desplazó hacia un milenarismo más pragmático. El pensamiento utópico desplazó el eje de la perfección de uno temporal y divino a uno geográfico y secular. Había nacido una nueva tradición milenarista de utopismo social, con derivaciones «científicas» como la ingeniería social.

Esta tendencia tuvo un poderoso impacto en el surgimiento de un nuevo milenarismo científico. Los intelectuales europeos se interesaron más por la medición y la cuantificación. La alegoría cayó en descrédito cuando se demostró que la interpretación medieval de la naturaleza de los cuerpos celestes era errónea gracias al uso del telescopio. Una nueva preocupación por el cálculo y la literalidad se extendió a la erudición bíblica y dio lugar a la creación del tercer tipo de milenarismo cristiano: el milenarismo progresivo.

El milenarismo progresivo temprano

Joseph Mead, un erudito bíblico anglicano del siglo XVII, fue pionero del milenarismo progresivo. Haciendo caso omiso de la interpretación alegórica tradicional, Mead echó un nuevo vistazo al Apocalipsis de Juan y llegó a la conclusión de que, de hecho, contenía la promesa de un reino de Dios literal. La redención, creía, se completaría dentro de la historia humana, y Jesús regresaría después del milenio. Al parecer, el Apocalipsis contenía un registro histórico del progreso de este reino, y otros eruditos comenzaron a especular sobre su ubicación en el calendario profético. Hasta aquí, el milenarismo progresivo parecía ser idéntico al milenarismo apocalíptico de la iglesia primitiva y de los historiadores de la iglesia de los siglos XII y XIII, pero ahí terminaba la similitud. El reino no ocurriría como una inversión dramática de la historia, ni el Segundo Advenimiento de Cristo ocurriría para rescatar a la humanidad de la destrucción. La historia no necesitaba ser invertida para estos primeros cristianos de la Ilustración, que hacían hincapié en la razón y veían el mundo en una marcha de progreso que había comenzado con el Renacimiento. Veían el registro del pasado como la historia de la victoria sobre el mal y la conquista de Satanás. También rechazaban los supuestos apocalípticos tradicionales, es decir, que la victoria sería arrebatada de las fauces de la derrota sólo por una liberación milagrosa. Para ellos el progreso de la historia era ahora continuamente ascendente y el reino de Dios cada vez más cercano, pero llegaría sin lucha.

Las enseñanzas de los milenaristas progresistas llegaron a ser dominantes en muchas iglesias protestantes en el siglo XVIII. En su Paráfrasis y comentario del Nuevo Testamento (1703), el polemista y comentarista anglicano Daniel Whitby proporcionó un apoyo tan convincente al argumento progresista que a menudo se le ha atribuido su creación. Los puritanos estadounidenses también se interesaron por el milenio, especialmente Jonathan Edwards, que adoptó el milenialismo progresivo y lo discutió ampliamente en su incompleta Historia de la obra de la redención. Edwards creía que el descubrimiento y la colonización del Nuevo Mundo tenían implicaciones milenarias, y anticipaba el establecimiento del reino de Cristo en algún momento cercano al final del siglo XX. Su obra también desencadenó el Primer Gran Despertar, un movimiento de avivamiento que manifestaba muchos de los rasgos milenaristas de las asambleas de paz medievales. El milenarismo del Gran Despertar también formó parte de la tendencia general de la historia estadounidense que se originó con los puritanos y que influiría en la Revolución Americana. De hecho, mientras que la retórica estándar que caracteriza a la Revolución es la de la política griega y romana, los sermones que se predicaban desde los púlpitos de la América colonial en la década de 1770 se basaban en el milenarismo apocalíptico.