A principios de mayo de 1865 los Estados Confederados de América estaban muy desorganizados, en gran parte debido a los frenéticos acontecimientos del mes anterior. El general Robert E. Lee había rendido los ejércitos confederados en el Palacio de Justicia de Appomattox, en Virginia, y la mayoría de los estadounidenses creían que la Guerra Civil (1861-65) había terminado. El asesinato del presidente estadounidense Abraham Lincoln en Washington, D.C., a manos de John Wilkes Booth y otros simpatizantes de la causa sureña, sembró la sospecha en muchos miembros del gobierno confederado. Aunque seguía intacto, el gobierno era en gran medida ineficaz.

El presidente confederado Jefferson Davis aún conservaba esperanzas en el futuro de la Confederación. En privado, albergaba el deseo de reforzar los ejércitos y trasladar la lucha a la parte occidental de la Confederación. En público, se vio obligado a huir de la capital confederada en Richmond, Virginia, con un grupo de asesores de confianza, que en efecto se convirtió en un gobierno en el exilio. Al abandonar Richmond, Davis y su séquito establecieron un centro de gobierno temporal en Danville, Virginia. Sin embargo, pronto se trasladaron más al sur, porque Virginia estaba muy saturada de tropas de la Unión.

Entre los asesores de Davis estaban John H. Reagan, Judah P. Benjamin, John Breckinridge y Burton Harrison. También había una pequeña pero selecta escolta militar, y todos llegaron a Washington, en el condado de Wilkes, el 3 de mayo. Al día siguiente, Davis celebró una última reunión con su gabinete, y los miembros se dispersaron después de que el presidente autorizara su tardía compensación con el resto del tesoro confederado, incluido el oro. Davis se dirigió al sur, a Sandersville, donde el 6 de mayo confió el resto del tesoro confederado al capitán Micajah Clark, tesorero en funciones de la Confederación, y el 7 de mayo se reunió con su esposa, Varina, y sus hijos. Juntos siguieron adelante a través de Abbeville, en el condado de Wilcox, el 8 de mayo, muy conscientes de que las fuerzas de la Unión estaban cerca. La persecución de Davis se debió en gran medida a la falsa suposición del Departamento de Guerra de Estados Unidos de que era cómplice del asesinato de Lincoln. Se prometió una recompensa de 100.000 dólares para quien pudiera traer al presidente y a sus ayudantes.

Al llegar a la comunidad agrícola de Irwinville, en el condado de Irwin, en la noche del 9 de mayo, los aspirantes que quedaban, aún asumiendo que estaban un paso por delante de sus perseguidores, acamparon cerca del lecho de un arroyo. A primera hora de la mañana siguiente, el campamento fue despertado por un estallido de disparos y en pocos minutos fue rodeado por miembros de las caballerías del Primer Wisconsin y del Cuarto Michigan. Los confederados no dispararon ni un solo tiro. En medio de la confusión, Davis corrió rápidamente hacia el arroyo. Se había echado sobre los hombros el raglán, o abrigo, de su esposa. Esto dio lugar al persistente rumor de que intentó huir con ropa de mujer. Una canción popular de la época era «Jeff en enaguas», y los principales tabloides presentaban representaciones artísticas del líder caído vestido con todo tipo de ropa, desde una peluca hasta una falda de aro. Un celoso miembro del destacamento de Michigan aprehendió rápidamente a Davis, y fue transportado a Fortress Monroe, Virginia, donde permaneció prisionero durante más de dos años. Su mal trato y su posterior exposición en la prensa ayudaron a fortalecer la causa del nacionalismo sureño.

Un marcador histórico indica el lugar donde fue arrestado, y el área circundante es ahora el Jefferson Davis Memorial Historic Site, un parque de trece acres que cuenta con un museo, una ruta de senderismo e instalaciones de picnic. El condado de Jeff Davis, en el centro de Georgia, lleva el nombre del presidente confederado.