La tabla de codones utilizada por los organismos para traducir el ARNm en proteínas se muestra en la parte inferior de la página. Como se ha mencionado anteriormente en esta lección, era necesario descifrar el código genético una vez porque todos los organismos utilizaban los mismos codones para codificar los aminoácidos. Cuando los científicos empezaron a secuenciar las regiones codificantes de los genes de diferentes organismos, descubrieron algo llamado preferencia de codones. Cuando se observa la tabla de codones, se puede ver que el código genético es redundante. Esto significa que más de un codón puede codificar el mismo aminoácido. Esto se debe a que hay 61 codones que codifican la colocación de 20 aminoácidos diferentes. Un codón sólo funcionará en la codificación si un ARNt con un anticodón complementario también se encuentra en la misma célula y tiene el aminoácido apropiado para entregar. Por lo tanto, podría haber 61 ARNt diferentes, uno para complementar cada codón. Cada ARNt diferente debe estar codificado por un gen diferente. Si ese gen no se expresa en la célula, el ARNt no se encontrará y un codón que necesita ser complementado por ese ARNt no se complementará. En este caso, el codón actuará como un codón de parada. El ribosoma detendrá su traducción y la proteína producida será una versión más corta de la proteína prevista. Obviamente, los organismos no se beneficiarían de esta situación, por lo que existe una estrecha complementación entre los genes de ARNt presentes y expresados en las células de un organismo y los codones utilizados para codificar un ARNm específico. De este modo, el código genético tendrá un dialecto. El lenguaje es universal, pero ciertas palabras se utilizan preferentemente.

Los científicos no están seguros de por qué las preferencias de codones forman parte del proceso de expresión genética en los organismos. Es posible que proporcione otro nivel para que el organismo controle las cantidades y los tipos de proteínas que se fabrican en sus células. Sin embargo, las recientes experiencias en ingeniería genética de plantas y animales han hecho que la preferencia de codones sea una consideración importante. Por ejemplo, los científicos han introducido genes de una bacteria del suelo en las células de las plantas de maíz para dotarlas de la capacidad de producir una proteína tóxica para el barrenador europeo del maíz, una plaga común para los productores de maíz. Descubrieron que el gen se transcribía pero el ARNm no se traducía para producir la proteína deseada. Una de las razones era el uso de codones. Algunos de los codones que la bacteria utiliza para codificar aminoácidos son raramente utilizados por el maíz. La planta de maíz carecía del ARNt para complementar el codón o producía el ARNt en niveles tan bajos que no había suficientes copias en la célula para acomodar la traducción del ARNm del Bt. Por tanto, los ingenieros genéticos tuvieron que crear regiones codificadoras sintéticas que sustituyeran los codones preferidos por el maíz por los preferidos por las bacterias. El resultado final fue que pudieron obtener mayores niveles de la proteína Bt una vez realizados estos cambios en el gen. Por tanto, la preferencia de codones hace que el proceso de ingeniería genética sea más difícil.