El Código Morse comenzó su desarrollo aproximadamente en 1836, cuando Samuel F. B. Morse, Joseph Henry y Alfred Vail desarrollaron un sistema de telégrafo eléctrico. Se necesitaba un código para transmitir mensajes, utilizando sólo los impulsos eléctricos que el telégrafo podía enviar y las pausas entre ellos.
En 1837, William Cooke y Charles Wheatstone, en Inglaterra, desarrollaron un sistema telegráfico alternativo que utilizaba agujas puntiagudas que giraban sobre cartas alfabéticas para indicar las letras que se enviaban. Sin embargo, los inventores no encontraron clientes para su sistema.
El telégrafo Morse/Henry/Vail se diseñó originalmente para hacer muescas en una cinta de papel cuando se recibían corrientes eléctricas, y el código Morse se desarrolló para que los operadores pudieran traducir las muescas en texto. Morse había planeado transmitir sólo números y utilizar un libro de códigos para buscar cada palabra según el número que se había enviado. Sin embargo, Alfred Vail pronto amplió el código para incluir letras y caracteres especiales, de modo que pudiera utilizarse de forma más general. Los operadores aprendieron más tarde que podían traducir los chasquidos directamente en puntos y rayas, y escribirlos a mano, haciendo innecesaria la cinta de papel; y que la gente se vuelve más competente en la recepción del código Morse cuando se enseña como un lenguaje que se escucha, en lugar de uno que se lee de una página.
El Código Morse comenzó a utilizarse ampliamente para las comunicaciones por radio en la década de 1890. A partir de la década de 1930, se exigió a los pilotos civiles y militares que supieran utilizar el código Morse. El código Morse se utilizó como norma internacional para el socorro marítimo hasta 1999, cuando fue sustituido por el Sistema Mundial de Seguridad de Socorro Marítimo. Cuando la Marina francesa dejó de utilizar el código Morse el 31 de enero de 1997, el último mensaje transmitido fue «Calling all. Este es nuestro último grito antes de nuestro eterno silencio». En Estados Unidos, la última transmisión comercial del código Morse tuvo lugar el 12 de julio de 1999, y se cerró con el mensaje original de Samuel Morse de 1844, «What hath God wrought», y el prosigno «SK».
A lo largo de los años se han creado múltiples versiones del código, incluyendo la versión original de Morse, una versión continental (Gerke), y la actual versión internacional mostrada arriba, adoptada por la UIT. La versión de Gerke, creada en 1848, cambió casi la mitad del alfabeto y todos los números, dando lugar a la forma moderna del código. Después de algunos cambios menores, el Código Morse Internacional fue estandarizado en el Congreso Internacional de Telegrafía de 1865 en París, y más tarde fue convertido en el estándar por la Unión Internacional de Telecomunicaciones (UIT).
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