I begyndelsen af maj 1865 var de konfødererede stater i Amerika stærkt uorganiseret, hovedsagelig på grund af de hektiske begivenheder i den foregående måned. General Robert E. Lee havde overgivet de konfødererede hære ved Appomattox Courthouse i Virginia, og de fleste amerikanere troede, at borgerkrigen (1861-65) var slut. Mordet på USA’s præsident Abraham Lincoln i Washington D.C. af John Wilkes Booth og andre sympatisører med Sydstaternes sag kastede mistanke over mange i den konfødererede regering. Selv om regeringen stadig var intakt, var den stort set ineffektiv.

Den konfødererede præsident Jefferson Davis bevarede stadig håb om konføderationens fremtid. Privat nærede han et ønske om at forstærke hærene og flytte kampene til den vestlige del af Konføderationen. Offentligt var han tvunget til at flygte fra den konfødererede hovedstad i Richmond, Virginia, sammen med en række betroede rådgivere, som i realiteten blev en eksilregering. Efter at have forladt Richmond etablerede Davis og hans følge et midlertidigt regeringscenter i Danville i Virginia. De flyttede dog snart længere sydpå, fordi Virginia var stærkt mættet af unionstropper.

Men blandt Davis’ rådgivere var John H. Reagan, Judah P. Benjamin, John Breckinridge og Burton Harrison. En lille, men elitær militær eskorte var også med på slæb, og de ankom alle til Washington i Wilkes County den 3. maj. Den næste dag holdt Davis et sidste møde med sit kabinet, og medlemmerne spredte sig, efter at præsidenten havde godkendt deres forsinkede kompensation fra den resterende konfødererede statskasse, herunder guld. Davis fortsatte sydpå til Sandersville, hvor han den 6. maj overdrog den resterende konfødererede statskasse til kaptajn Micajah Clark, konføderationens fungerende kasserer, og den 7. maj blev han genforenet med sin kone, Varina, og deres børn. Sammen drog de videre gennem Abbeville, i Wilcox County, den 8. maj, vel vidende at Unionens styrker var tæt på. Jagten på Davis var i høj grad et resultat af det amerikanske krigsministeriums falske antagelse om, at han var medskyldig i mordet på Lincoln. Der blev lovet en dusør på 100.000 dollars til den, der kunne bringe præsidenten og hans hjælpere på sporet.

Da de resterende håbefulde mænd om aftenen den 9. maj nåede frem til landbrugssamfundet Irwinville i Irwin County, slog de, stadig i den tro, at de var et skridt foran deres forfølgere, lejr i nærheden af et vandløbsbed. Tidligt næste morgen blev lejren vækket af et brag af skud, og inden for få minutter var de omringet af medlemmer af First Wisconsin og Fourth Michigan kavalerier. Ikke et eneste skud blev affyret af de konfødererede. Under en vis forvirring tog Davis et hurtigt spring mod åen. Han havde smidt sin kones raglan, eller overfrakke, på sine skuldre. Dette førte til det vedholdende rygte, at han forsøgte at flygte i kvindetøj. En populær sang fra den tid var “Jeff in Petticoats”, og de store sladderblade bragte kunstneres gengivelser af den faldne leder klædt i alt fra paryk til hoppe-nederdel. Et nidkært medlem af Michigan-styrken pågreb hurtigt Davis, og han blev transporteret til Fortress Monroe i Virginia, hvor han forblev fange i mere end to år. Hans dårlige behandling og den efterfølgende eksponering i pressen bidrog til at styrke sydstatsnationalismens sag.

En historisk markør angiver stedet, hvor han blev arresteret, og det omkringliggende område er nu Jefferson Davis Memorial Historic Site, en 13 hektar stor park, der har et museum, en vandresti og picnicfaciliteter. Jeff Davis County, i det centrale Georgia, er opkaldt til ære for den konfødererede præsident.