Reproduktionen kan være meget varieret på grund af de mange forskellige organismer i denne stamme.Reproduktionen sker først mellem to modsatte køn. En hun lægger et æg, og hannen befrugter det med sædceller. Men nogle bløddyr er hermafroditter, så de har både det mandlige og kvindelige forplantningssystem. Havsnegle og østers kan gentagne gange skifte køn for at beskytte deres barn.
Fertilisering kan ske udvendigt eller indvendigt. Udvendig reproduktion forekommer mest mellem vandlevende bløddyr. Hannen og hunmollusken udstøder deres æg eller sædceller i vandet, hvorefter befrugtning og udvikling begynder. I løbet af 2-3 uger klækkes ægget til en larve, en såkaldt trocophore. Trocophorerne er kugleformede pæreformede og omgivet af cilia. De bruger cilierne til at feje svævende fødepartikler ind. Efter trokophore-stadiet udvikler de sig til veliger-larven, og der dannes et velum. Velummet bruges til svømning, fødeindtagelse og gasudveksling. I dette stadium begynder de også at udvikle en fod. Det er også på dette stadium, at de udvikler deres voksentræk og er kendt som miniaturevoksne.
Nogle andre bløddyr formerer sig internt, f.eks. landsnegle. Befrugtningen finder sted i hunnen, når hannens sædceller har befrugtet ægget med succes. For nogle arter gælder det, at når ægget er befrugtet, lægger hunnen ægget ud i vandet. Der dannes en larve eller en miniaturevoksen, når den klækkes. Disse larver vil gennemgå de samme stadier som de larver, der udvikles ved ydre formering, trocophore og veliger. Hos andre bløddyr forbliver de befrugtede æg inde i hunnen, hvor de er fuldt udviklede og derefter fødes.