Nomenklatur for musestammer

En stor del af GEMM-stammerne (Genetically Engineered & Mutant Mice) er kongeniske stammer. Kongeniske stammer fremstilles ved at overføre en mutation fra en genetisk baggrund til en specifik indavlsstamme gennem gentagne krydsninger. Den kongeniske stamme og den indavlede partner forventes at være identiske på alle loci med undtagelse af det overførte locus og et tilknyttet kromosomsegment. Størrelsen af segmentet og muligheden for overførte alleler på andre kromosomer afhænger af antallet af tilbagekrydsningsgenerationer.

En stamme anses for at være fuldt kongen efter ti generationer af tilbagekrydsning (N10). Stammer, der bærer mutationer, som er blevet tilbagekrydset på baggrundsstammen i mindst fem, men færre end ti generationer, betragtes imidlertid som begyndende kongeniske stammer og kan være nyttige inden for en række forskningsområder.

De fleste stamme-navne for kongeniske mus, der bærer spontane og målrettede mutationer, samt for nogle få stammer, der er kongeniske for histokompatibilitetsloci, har af historiske årsager ikke fulgt standardkongeniske nomenklaturer. Som svar på bekymringer fra det videnskabelige samfund om oprindelsen af genetiske mutationer og forskelle i fænotype på grund af genetiske baggrundseffekter forpligtede den internationale komité for standardiseret genetisk nomenklatur for mus og The Jackson Laboratory sig til at rette op på disse uoverensstemmelser.

Med virkning fra den 1. juni 2000 blev et stort antal JAX®-musestammenavne ændret, så de angiver mutationens stamme som oprindelse. Stammerne er opført med deres nye navne, med angivelse af de tidligere navne i JAX® Mice Database. Nedenfor gives eksempler på disse navneændringer. Den kongeniske nomenklatur er indført, når en stamme har nået femte generation af tilbagekrydsning (N5), selv om en stamme ikke betragtes som fuldt kongenisk før N10. Det blev besluttet ikke at ændre nomenklaturen for nogle stammer, der bærer flere alleler af forskellig oprindelse, enten på grund af den måde, hvorpå stammen blev genereret, eller fordi nomenklaturen ville skabe yderligere forvirring. Yderligere oplysninger om oprindelsen af transgener og genetiske mutationer kan findes i JAX® Mice Database ved at foretage en søgning ved hjælp af det gensymbol eller det lagernummer, der er af interesse.

Nomenklatur for kongeniske stammer

Kongeniske stammer betegnes ved et sammensat symbol bestående af værtsstammen (normalt forkortet), et punktum, donorstammen (også normalt forkortet), en bindestreg og det kursiverede symbol for differentiallokus eller -lokus og allel(er) (f.eks, B10.129P-H12b). Når donorstammen enten ikke er indavlet eller er kompleks, anvendes symbolet “Cg”, der angiver kongenisk. Den kongeniske nomenklatur anvendes både på begyndende og fuldstændige kongeniske stammer. Generationsnummeret indgår i stammeoplysningerne.

Den genetiske baggrund for mange kongeniske mus er en blanding af C57BL/6J og en 129-substamme (betegnet enten B6;129, B6;129P eller B6;129S; se den efterfølgende forklaring under “Revideret nomenklatur for stamme 129-mus”). Baggrunden for nogle kongeniske stammer er imidlertid ukendt, stammer fra mere end to stammeforældre eller har genetiske bidrag fra en ukendt eller outbred kilde. Baggrunden for sådanne kongeniske stammer betegnes ofte som “STOCK”. Tidligere blev de fleste spontane og inducerede mutationer, der blev overført ved tilbagekrydsning fra en blandet baggrund (f.eks. enten B6;129 eller STOCK) til en indavlet baggrund, ikke beskrevet i den konventionelle nomenklatur for kongeniske stammer. Mange navne på genetisk manipulerede og mutante musestammer er imidlertid blevet revideret for at angive mutationens oprindelse mere tydeligt (f.eks. B6.129P2-Apoetm1Unc/J).

Jackson Laboratory leverer et stort antal kongeniske stammer med histokompatibilitet. I nogle tilfælde stammer flere linjer fra den samme donorstamme og er kendetegnet ved et tal og/eller et bogstav i parentes (f.eks. B10.129P-H11b(10M)/SnJ og B10.129P-H46b H47b(21M)/Sn).

I 2000 ændrede et stort antal JAX®-musestammenavne for at angive mutationens oprindelsesstamme. Eksempler på nomenklaturændringer

Eksempel 1.

Note: Dette stamme-navn bør ikke forveksles med navnet på en mutation, der opretholdes på en blandet B6;129P genetisk baggrund, hvor stammeforkortelserne i navnet er adskilt af et semikolon i stedet for et punktum (se eksempel 5). Vi har medtaget yderligere oplysninger (stammetype, kontroloplysninger, baggrunds- og donorstammer og generationsnummer) i oplysningerne om kongeniske stammer både i vores trykte litteratur og på vores websted for tydeligere at afgrænse den genetiske baggrund.

Eksempel 2.

Note: Cg (for congenic) anvendes, når der er flere donorstammer, eller når donorstammen har en blandet genetisk baggrund.

Eksempel 3.

Note: I dette eksempel anvendes Cg for at undgå at antyde, at begge mutationer er opstået på DBA/J, samtidig med at det viser, at den tågede (m) pelsfarvemarkør og mutationen for diabetes (Leprdb) opretholdes i afstødning.

Eksempel 4.

Note: Yderligere bidragende genetisk materiale kan være anført i parentes efter donorstammen. I dette eksempel er en målrettet mutation blevet overført fra en blandet B6;129P-baggrund til en tredje indavlsstamme. Den genomiske region, der flankerer det målrettede gen, er 129P2-lignende på grund af ES-cellelinjens oprindelse, men en ukendt mængde af stammens genom kan være af C57BL/6-oprindelse. Mængden af donorstamme-DNA, både forbundet og ikke-bundet til det differentielle locus, falder med stigende generationer af tilbagekrydsning.

Stamme med en mutation, der bæres på en blandet genetisk baggrund

Eksempel 5.

Note: Dette er ikke en kongen, men snarere en blanding af C57BL/6 og 129P2 (fra ES-cellinjen), og derfor er alleler fra disse to stammer segregeret. Kommaet mellem stammeforkortelserne blev erstattet med et semikolon for at gøre en tydeligere forskel fra punktummet i den kongeniske nomenklatur.

Stamme med nomenklatur, der ikke er ændret, men som bærer alleler fra forskellige oprindelser

Eksempel 6.

Note: Denne stamme blev fremstillet ved at parre tre individuelle kongeniske stammer, der bærer forskellige alleler, som allerede findes på en genetisk C57BL/6J-baggrund (B6.C-Igha, B6.PL-Thy1a og B6.CAST-Gpi1).