I denne undersøgelse karakteriserer vi den genetiske diversitet og relationer mellem shia- og sunnimuslimske befolkninger i det nordlige Indien og geografisk målrettede nabo- og globale befolkninger. Vi undersøgte en række parametre af populationsgenetisk og retsmedicinsk interesse baseret på allelfrekvenserne fra 15 autosomale STR-loci (D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PO, D19S433, VWA, TPOX, D18S51, D3S1358, THO1, D13S317, D16S539, D2S1338, D5S818 og FGA). Alle de undersøgte loci var i overensstemmelse med Hardy-Weinberg-ligevægt, undtagen loci D18S51 og FGA for begge muslimske befolkningsgrupper, selv efter anvendelse af Bonferroni-korrektion. De kombinerede værdier for udelukkelseskraft og kombineret diskriminationskraft for alle 15 STR-loci var henholdsvis 0,9999 og >0,99999 i begge muslimske befolkninger. Værdierne for gendiversitet varierede fra 0,6784 (TPOX) til 0,9027 (FGA) for shia-muslimer og fra 0,7152 (CSF1PO) til 0,9120 (D18S51) for sunnimuslimer. Den observerede heterozygotivitet (H(o)) varierede fra 0,5833 (D18S51) til 0,8595 (VWA) hos shia-muslimer og fra 0,6818 (CSF1PO) til 0,8333 (D21S11) hos sunnimuslimer og var lavere end den forventede heterozygotivitet (H(e)) for 11 ud af de 15 typiserede STR’er. Vi analyserede de genetiske affiniteter mellem shia- og sunnimuslimske befolkninger og deres geografisk nærmeste nabopopulationer i Nordindien, Mellemøsten, Østasien og Europa ved hjælp af afstandsbaserede metoder, herunder naboforbundne træer og multidimensional skalering. Desuden vurderede vi det genetiske bidrag fra de formodede forældrepopulationer, der indgik i analysen, til den shia- og sunnimuslimske genpulje ved hjælp af blandingsanalyse. Selv om vi observerede en vis grad af genetisk bidrag fra Iran til begge muslimske befolkninger, tyder resultaterne af de fylogenetiske analyser baseret på autosomale STR’er på genetisk slægtskab med nogle af de geografisk nærmest nærliggende hinduistiske religiøse nabopopulationer.