Den suprachiasmatiske kerne i hypothalamusregionen i hjernen indeholder kroppens hovedur. Den synkroniserer den indre døgnrytme med de miljømæssige signaler, som den eksterne dag- og natcyklus giver. Mere specifikt bruger den lys og fravær af lys til denne synkronisering. Hoveduret synkroniserer døgnrytmer på både organ- og celleniveau. Hvordan lyset påvirker menneskekroppen afhænger af tidspunktet for og varigheden af eksponeringen, lysstyrken og lysets spektrale indhold. Den cirkadiske rytme påvirker mange processer i kroppen, herunder stofskifte, immunforsvar, søvn og andre aspekter af adfærd og humør. Hoveduret modtager udelukkende input fra ipRGC’er i øjet. Disse celler påvirkes overvejende af blåt lys ved høje intensiteter, selv om de også modtager information fra andre bølgelængder via forbindelser med stave og kegler.

Bekæmpelse af lys, især blå bølgelængder, i en uhensigtsmæssig cirkadisk fase fører til cirkadiske forstyrrelser og dermed forbundne sundheds- og adfærdsmæssige konsekvenser. Vores livsstil, der i stigende grad er døgnet rundt, ændrer vores eksponeringsmønstre for lys og udfordrer direkte vores cirkadiske søvntrang om natten. Eksponering for blå bølgelængder om aftenen, bl.a. fra belysning i hjemmet og lysemitterende skærme, forsinker det cirkadiske ur. Denne forstyrrelse gør det sværere at falde i søvn om natten, at vågne om morgenen og hæmmer opmærksomheden den næste morgen.

Skiftearbejde medfører, at folk sover og arbejder på suboptimale tidspunkter af dagen. Dette fører til dårligere søvn og dårligere helbred, lavere produktivitet og øget risiko for fejl og ulykker. Skiftearbejde er en slags ikke-frivillig cirkadisk fejljustering, hvorimod social jetlag er en frivillig fejljustering. Socialt jetlag, som er en forskel i søvnmønsteret mellem hverdage og weekender, fører til cirkadisk fejljustering i forhold til solcyklussen, fordi kroppen modtager uoverensstemmende eksponering for dagslys og lys om natten.

Det er godt, at det cirkadiske system tilpasser sig til lyseksponering. Det betyder, at kroppen kan tilpasse sig den skiftende dag- og natcyklus i løbet af et år, men også at vi kan tilpasse os til det jetlag, vi oplever ved at rejse på tværs af tidszoner. Disse tilpasninger til et nyt miljø er dog langsomme. Længden af et døgn ændrer sig typisk kun med få minutter om dagen, og tilpasningen til nye tidszoner tager flere dage. Det ser ud til, at det er en dårlig ting at være konstant ude af fase med hensyn til den cirkadiske fase. Det ser ud til at være af ringe betydning for helbredet, om man er fejljusteret ved en konstant forskydning af sin vågen- og søvncyklus, eller om man er fejljusteret ved konstant at flytte sin vågen- og søvncyklus.

Det faktum, at den cirkadiske rytme tilpasser sig et nyt miljø, er noget, som vi kan bruge til at få en bedre cirkadisk tilpasning. Rytmen kan forstærkes med blåberiget hvidt lys på et passende tidspunkt for at forbedre årvågenhed, ydeevne, humør og søvnkvalitet. Naturlig eksponering for blåt lys fra solen i løbet af dagen er en god måde at opnå dette på. Intensiteten af blåt lys er størst omkring middagstid. Eksponering for blåt lys om morgenen vil fremskynde det cirkadiske ur. Dette vil hjælpe folk, der ønsker at flytte deres søvn til et tidligere tidspunkt. Udendørsaktiviteter, herunder camping under naturlige lysforhold, kan øge eksponeringen for lys med høj intensitet i løbet af dagen og re-kalibrere den cirkadiske rytme. Eksponering for stærkt dagslys kan også reducere det cirkadiske systems følsomhed over for lyseksponering om natten sammenlignet med personer, der oplever svagt dagslys med minimal udendørs lyskontakt.

Som nævnt ovenfor overføres der mindre blåt lys til nethinden, efterhånden som folk bliver ældre. Dette lavere transmissionsniveau i løbet af dagen menes at påvirke søvnen negativt for ældre mennesker negativt. Ældre mennesker har generelt brug for stærkere signaler for at nulstille hoveduret. Yngre mennesker er derimod mere følsomme over for blåt lys og indstiller de cirkadiske rytmer lettere.

Det er lige så vigtigt som at få stærkt lys om dagen, at der er mørkt om natten. Gentagne blink af mættet blåt lys (480 nm) i løbet af den cirkadiske nat, selv leveret gennem lukkede øjenlåg, har vist sig at forskyde det menneskelige cirkadiske ur. Blåt og grønt lys om natten påvirker søvnkvaliteten og nedsætter produktionen af melatonin. Melatonin er en meget potent antioxidant, som hjælper med at reparere mitokondrierne, mens du sover.