Karakterer og karaktermatricer

Karakterer og deres karaktertilstande er midler, hvormed man kan beskrive organismers egenskaber. Mesquite understøtter karakterer, hvis tilstande er kategoriske (diskrete og ikke nødvendigvis ordnede), kontinuerte (målinger med decimalværdi) eller meristiske (tællinger). Der findes særlige versioner af kategoriske karakterer for DNA-, RNA- og proteinsekvensdata. For yderligere oplysninger om disse typer karakterer henvises til siderne om molekylære og kontinuerlige karakterer. Andre kategoriske tegn end molekylære tegn kan have 55 tilstande. Meristiske karakterer er hele tal (og kan være negative).

Karakterer kan eksistere inden for matricer, der er gemt i en datafil. En matrix kan således gemme en række kategoriske karakterer til beskrivelse af fænotypiske træk. En separat matrix kan lagre kontinuerlige tegn, der beskriver målinger foretaget på organismerne, mens en tredje matrix kan lagre DNA-sekvensdata, hvor hvert justeret sted behandles som et tegn (Mesquite behandler i øjeblikket ikkejusterede data, som om de var justerede, selv om justeringen kan ignoreres). Hver matrix må kun have en enkelt type tegn, men en datafil kan indeholde mere end én matrix.

Tegn kan også eksistere uden for matricer. Karakterer kan f.eks. oprettes ved simuleringer og randomiseringer eller ved ordinationer og anvendes direkte i beregninger, uden at de på noget tidspunkt er fanget i en matrix og gemt i en fil. Den “kilde til tegn”, der anvendes til en beregning, kan således enten være matricer, der er gemt i filen, eller tegn, der er genereret on-the-fly af simuleringer, randomiseringer eller ordineringer. Af denne grund spørger Mesquite som standard, hvilken kilde til tegn der skal anvendes, når der er brug for tegn eller matricer. Da nogle nybegyndere kan finde denne forespørgsel forvirrende, kan du indstille Mesquite til at vælge Stored Characters eller Stored Matrices som standard, uden at spørge, ved at vælge punktet “Use Stored Characters/Matrices by Default” i undermenuen Defaults i menuen File.

Det meste af denne vejledningsside vedrører tegn/matricer, der er gemt i datafilen.

  • Typer af tegnmatricer
  • Opretning af en tegnmatrix
  • Lettelse og omdøbning af tegnmatricer
  • Tegnematrix-editoren
    • Undgå
    • Afbrydelse
    • Af tilføjelse, sletning, omdøbning og sortering af taxa og karakterer
    • Indtastning af karakterdata
    • Vælgelse af taxa, karakterer og celler i matrixen
    • Søgning i matrixen
    • Kopiering/indsætning
    • Redigering af navne på karakterer og stater
    • Annotationer
    • Farvning af celler i matrixen
    • Alterationer og transformationer
  • Ændring af attributter for tegn
  • Kortlægning af oplysninger om tegn
  • Liste over alle tegnmatricer

Typer af tegnmatricer

De standardtyper af tegnmatricer, der er tilgængelige i Mesquite, er:

  • Standard kategoriske matricer – Tilstande er diskrete, ikke nødvendigvis ordnede. Karakterer kan have op til 55 tilstande, hvis symboler som standard er 0 – 9, A – H, K – N, P – Z, a – h, k – n, p – z. Polymorphisme (f.eks. tilstand 0 og 2) angives med 0&2; usikkerhed (f.eks. tilstand 0 eller 2) angives med 0/2. En fuldstændig ukendt tilstand angives som standard med ? Hvis tegnet ikke kan anvendes på den pågældende taxon, er symbolet – som standard. Tilstandsnavne kan tildeles ved hjælp af Edit State Names.
  • DNA/RNA-matricer – Fire tilstande, A, C, G, T eller A, C, G, U. Der kan anvendes standardkoder for tvetydighed (f.eks. R = A eller G). Som standard er den ukendte tilstand ?, og hullet er -. Flere oplysninger om redigering af DNA-data findes her.
  • Proteinmatricer – Standardsymboler for aminosyrer. Som standard er ukendt tilstand ?, gap er -. Flere oplysninger om redigering af proteindata findes her.
  • Kontinuerlige matricer – Tilstande er kontinuerlige værdier (f.eks. 1,02, 3e-4). En matrix kan have flere elementer, f.eks. x, y eller min, max. Elementer kan tilføjes ved hjælp af menupunkterne under Matrix>Hjælpemidler eller ved hjælp af matrixinformationspanelet (vist ved hjælp af det blå “i” nederst til venstre på matrixen). En særlig type af kontinuerlig matrix, Geographic, har to tegn (breddegrad, længdegrad). Der findes flere oplysninger om kontinuerte data her.
  • Meristiske matricer – Stater er hele tal (og kan være negative). Hvis karakteren er uanvendelig for det pågældende taxon angives det med et x, ikke “-” som i andre datatyper, for at undgå forveksling med minustegnet. Manglende data angives med et spørgsmålstegn (?). Meristiske matricer kan have flere elementer, som kan tilføjes ved hjælp af matrixinformationspanelet (vist ved hjælp af det blå “i” nederst til venstre i matrixen).

Skabelse af en karaktermatrix

Der er flere måder at skabe en karaktermatrix, der skal gemmes i filen. Det mest enkle er, at du kan oprette en tom (tom) matrix ved at vælge Characters>New Empty Matrix (Tegn>Ny tom matrix). I den dialogboks, der vises, skal du navngive tegnmatrixen og angive antallet af tegn. Du skal også vælge den slags data, som matricen skal indeholde (standardkategoriske data, DNA- (eller RNA-) sekvensdata, kontinuerlige data eller proteinsekvensdata). Normalt vil du oprette en tom matrix, hvis du skal til at begynde at indtaste observationer om organismer.

Det er også muligt at oprette karaktermatricer, der allerede er fyldt med karaktertilstande. Hvis du f.eks. ønsker at lave en kopi af en eksisterende karaktermatrix, skal du vælge Characters>Make New Matrix From>Stored Matrices. Hvis du vil oprette en matrix fra indholdet i udklipsholderen, skal du vælge Characters>Make New Matrix From>Clipboard. Andre valgmuligheder under Characters>Make New Matrix From> giver dig mulighed for at lave og gemme matricer, der stammer fra simuleringer af karakterudvikling, randomiseringer af eksisterende matricer eller andre kilder.

Karaktermatricer kan også læses fra filer, herunder dem i NEXUS og andre formater, der kan importeres.

Sletning og omdøbning af matricer

Der er tre steder, hvor du kan omdøbe og slette karaktermatricer: i karaktermatrixeditoren, i vinduet Liste over karaktermatricer og i projektpanelet.

I karaktermatrixeditoren har undermenuen Current Matrix øverst i matrixmenuen menupunkter til at omdøbe eller slette den matrix, der vises i vinduet.

I vinduet Liste over karaktermatricer (tilgængelig i menuen Karakterer) kan du omdøbe en matrix ved at redigere dens navn direkte. Hvis du vil slette matricer, skal du vælge de rækker, der svarer til de matricer, der skal slettes, og vælge List>Delete Selected Character Matrices (Liste>Slet valgte karaktermatricer).

For at omdøbe en matrix fra projektpanelet i venstre side af dine vinduer skal du trykke på matrixens navn, indtil en rullemenu vises:

Vælg Omdøbe matrix fra denne menu for at omdøbe matrixen. Du kan også bruge denne rullemenuen til at slette en matrix.

Tegnematrix-editoren

Når du har en tegnematrix, kan du redigere den ved hjælp af Mesquites tegnematrix-editor, som findes øverst i menuen Tegn. Dette er en regnearkeditor, der ligner MacClade’s i stil med MacClade’s. Mens Mesquite-editoren kan håndtere kontinuerlige data og har særlige værktøjer, f.eks. til at sammenligne matricer, mangler den MacClade’s sofistikerede funktioner til visning og tilpasning af molekylære sekvensdata. Da MacClade og Mesquite deler NEXUS-filformatet, vil du for de fleste datafiler kunne redigere matricer i et af programmerne til brug i det andet. Nedenfor er der en vejledning i, hvordan man redigerer en karaktermatrix. Det meste af redigeringen kan foretages i Character Matrix Editor, men nogle ændringer kan foretages i andre vinduer.

The Character Matrix Editor styres af menuerne Matrix og Select og af værktøjerne i paletten til venstre. Matrix-menuen indeholder elementer til at ændre kolonnebredder (undermenuen Visning), ændre cellefarve og til at ændre tegnedata.

Du kan anmode om et panel til at vise oplysninger om matricen og dens tegn ved at trykke på det blå “i” () øverst til højre eller nederst til venstre i matricen.

Du kan have mere end én matrixeditor synlig til at arbejde på den samme matrix. For at få en anden Editor skal du vælge Extra Matrix Editor fra menuen Characters (tegn). Dette kan være nyttigt, hvis du vil have redaktørerne indstillet til forskellige visninger (f.eks. en på Birds eye view, eller farvet som oversat til protein).

Bemærk, at i øjeblikket kan mange ændringer, du foretager i en tegnmatrix, ikke fortrykkes!

Tegnmatrixeditoren viser morfologiske data
Tegnmatrixeditoren viser DNA-sekvenser

Der er knapper nederst til venstre i Character Matrix Editor for at åbne vinduet List of Characters () og vinduet List of Taxa (). Omvendt har vinduet List of Characters-vinduet en knap () til at vise Character Matrix Editor.

Fortryd

Mesquites karaktermatrixeditor har en vis mulighed for at fortryde den sidst foretagne ændring, afhængigt af hvad ændringen var. Du kan anmode om Undo i menuen Edit (Rediger). I øjeblikket kan sletning af karakterer ikke fortrydes, og det samme gælder for sletning af taxa. Vi arbejder på at udvide omfanget af, hvad der kan fortrykkes. (Hvis manglende mulighed for at fortryde bekymrer dig, kan du slå automatisk NEXUS-backup til i undermenuen Defaults i menuen File (Filer) og gemme ofte).

Tilføjelse, sletning, omdøbning, sammenlægning og sortering af taxaer og tegn

Der er flere metoder til at tilføje taxa eller tegn til en eksisterende matrix. For at tilføje taxa skal du enten vælge (Character Matrix) Matrix>Add Taxa… eller (Taxa) List>Add Taxa… for at tilføje taxa i slutningen af matricen, eller du kan bruge værktøjet Add Taxa () i karaktermatricen for at tilføje taxa på det punkt i matricen, der berøres. Hvis du vil tilføje tegn, skal du enten vælge (Character Matrix) Matrix>Add Characters… for at tilføje tegn i slutningen af matrixen eller bruge værktøjet Add Characters () i tegnmatrixen for at tilføje tegn på det punkt i matrixen, der berøres.

For at slette eksisterende taxaer skal du enten vælge taxaerne i vinduet Taxa List (ved at berøre taxonets nummer yderst til venstre) og vælge (Taxa) List>Delete Selected Taxa, eller du skal vælge hele rækken for de taxaer, der skal slettes (ved at berøre taxonets nummer yderst til venstre) i karaktermatrixen og vælge (Character Matrix) Matrix>Delete Selected.

For at slette eksisterende tegn skal du enten vælge tegnene i vinduet Liste over tegn (ved at trykke på tegnenummeret yderst til venstre) og vælge (Karakterer) Liste>Slette valgte tegn, eller vælge hele rækken for de tegn, der skal slettes (ved at trykke på tegnenummeret yderst til venstre) i Karaktermatrixen og vælge (Karaktermatrix) Matrix>Slette valgte.

For at omdøbe taxaer eller tegn skal du vælge I-bjælkeværktøjet () i vinduet Taxa List Window, List of Characters Window eller Character Matrix Window, vælge det navn, der skal redigeres, og skrive det nye navn.

Taxa kan slås sammen ved hjælp af Merge Taxa i undermenuen Taxon Utilities i menuen Matrix i menuen Matrix. Dette vil også sammenføje deres karaktertilstande i eventuelle matricer. Hvis de to taxaer har de samme tilstande, bruges denne tilstand til den sammensmeltede taxon. Hvis en af de to taxaer har manglende data eller et hul (uanvendeligt), men den anden har en tilstand, anvendes den andens tilstand (f.eks. ? + A = A). Hvis den ene har et hul og den anden mangler data, er resultatet manglende data. Hvis de to taxa har forskellige tilstande, som er enkelttilstande eller polymorfe, er resultatet en polymorfisme (f.eks. A + G = A&G). Hvis de to taxa har forskellige tilstande, og mindst den ene er tvetydig, er resultatet en usikkerhed, medmindre tvetydigheden er helt indeholdt i den anden taxas polymorfisme (f.eks. A&C + C/T = A/C/T; A&C&T + C/T = A&C&T).

For at ændre rækkefølgen af tegn kan du vælge og trække hele tegn i vinduet Liste over tegn eller i tegnematrixeditoren. Du kan også bruge sorteringsværktøjet () til automatisk at sortere tegn i alfabetisk eller numerisk rækkefølge i den kolonne eller række, som du rører ved i disse vinduer.

Indtastning af tegnedata

Du kan indtaste tegnedata enten én celle ad gangen eller ved hjælp af værktøjer, der tillader indtastning af flere celler på én gang. De tilgængelige værktøjer er vist i følgende tabel.

Værktøj Aktion
I-bjælke Vælger individuel celle og giver dig mulighed for at redigere indholdet af cellen, som du ville gøre det med enhver standardtekst.
Vælg og skriv Hvis dette værktøj er aktivt, vil indtastning af en tast bevirke, at den enkelte værdi indtastes i alle valgte celler. Celler kan vælges med dette værktøj; ved at holde Shift- eller Command-tasten nede kan flere celler vælges.
Maler spand Dette værktøj vil hurtigt fylde en blok af celler med en bestemt tilstand. Tilstanden (“maling”) kan vælges ved at berøre øjendråben på en celle med den pågældende tilstand eller ved at vælge Set Fill States (Indstil fyldningstilstande) fra Paint Bucket’s drop-down menu.
Eye Dropper Dette værktøj, når det berøres på en celle i matrixen, indstiller Paint Bucket’s “maling” til tilstande i den pågældende celle.

Valg af taxaer, karakterer og celler i matrixen

Mesquite har flere værktøjer til valg af taxaer, karakterer eller dataceller, som beskrevet i følgende tabel.

Tool Action
Pil Vælger enkelte eller flere celler. Hvis du vil tilføje eller fratrække celler til et eksisterende valg, skal du holde kommando- (eller æble-) tasten nede, mens du berører en celle. Hvis du vil udvide et valg til at omfatte en hel blok af celler, skal du holde Shift-tasten nede, mens du berører en celle.
Stav Vælger som standard alle celler, der har den samme værditilstand som den celle, der berøres. Det vil sige, at hvis du berører den på en celle med tilstand “1”, vil alle celler i hele matrixen med tilstand “1” blive valgt. Ved hjælp af rullemenuen kan du dog bede den om at vælge alle celler med en værdi, der er større end den, der berøres, eller mindre end. Som standard vælger dette værktøj celler i hele matrixen. Ved hjælp af rullemenuen kan du bede om at begrænse valget til et enkelt taxon eller et enkelt tegn. Hvis du holder Shift-tasten nede, tilføjes den nye celle til det eksisterende valg. Hvis du holder kommando- (eller æble-) tasten nede, tilføjes de nye celler til det eksisterende valg, hvis du berører en celle, der ikke er valgt, og cellerne fjernes fra det eksisterende valg, hvis cellen allerede er valgt.
Taxon Wand Som standard vælges alle taxa, der besidder den samme tilstand i det tegn, der berøres, som i den celle, der berøres. Ved hjælp af rullemenuen kan du dog bede den om at vælge alle taxa med en værdi, der er større end den værdi, der er berørt, eller mindre end. Hvis du holder Shift-tasten nede, tilføjes de nye taxa til den eksisterende udvælgelse. Hvis du holder kommando- (eller æble-) tasten nede, tilføjes det nye taxon til det eksisterende valg, hvis du berører et taxon, der ikke er valgt, og taxonet fjernes fra det eksisterende valg, hvis taxonet allerede er valgt.
Karakterstav Vælger som standard alle tegn, der har den samme tilstand i det tegn, der berøres, som den i den celle, der berøres. Ved hjælp af rullemenuen kan du dog bede den om at vælge alle tegn med en værdi, der er større end den værdi, der er berørt, eller mindre end. Hvis du holder Shift-tasten nede, tilføjes de nye tegn til det eksisterende valg. Hvis du holder kommando- (eller æble-) tasten nede, tilføjes de nye tegn til den eksisterende markering, hvis du berører et tegn, der ikke er markeret, og tegnene fjernes fra den eksisterende markering, hvis tegnet allerede er markeret.

Taxa, tegn og celler kan også vælges ved hjælp af elementer i menuen Vælg i karaktermatrixeditorens menu Vælg. Disse giver dig mulighed for at vælge variable tegn, at vælge sekvensstrækninger, der matcher en aktuelt valgt strækning, at vende det aktuelle valg og udføre andre ændringer af valget.

Søgning i matrixen

Indholdet af matrixen kan søges på to måder. For det første kan søgeområdet øverst i vinduet indstilles til Search Data (indstilles ved at klikke på det lille ikon, indtil det vises som ). Derefter kan du indtaste en søgestreng og trykke på retur.

For det andet kan du søge i matrixen ved hjælp af Find-kommandoerne i Edit-menuen og Select by Search i Select-menuen. I menuen Rediger vælger Find streng… den første instanscelle i matrixen, der indeholder den angivne tekststreng. Den søger først efter taxonnavne, tegnnavne og tegntilstande i matrixen. Du kan finde efterfølgende forekomster ved hjælp af kommandoen Find Again (Find igen). Find All vælger alle de celler, der indeholder en given streng. Find Footnote fungerer ligesom Find String, bortset fra at den fremhæver de celler, der indeholder fodnoter med den givne tekst. (For at finde tekst i de mere udførlige Annotationer skal du kalde et annotationsvindue frem ved hjælp af værktøjet Annotér (blyant) i karaktermatrixeditoren og derefter vælge Find Annotation i menuen Noter.)

Kopier/indsæt

Du kan kopiere taxon- og karakternavne fra et område i matricen til et andet og fra en matrix til en anden. Du kan også kopiere en eller flere celler i matrixen til udklipsholderen og indsætte dem i et andet område i matrixen eller i en anden matrix. Mesquite giver dig mulighed for at gøre med diskontinuerlige markeringer, så længe antallet af celler, der er valgt i det første taxon, der er valgt under kopiering, er det samme som antallet af celler, der er valgt i det første taxon, der er valgt under indsættelse, og det samme for efterfølgende taxa. Det vil sige, at hvis du vælger to celler i taxon 3, en celle i taxon 5 og fire celler i taxon 7 og kopierer dette til udklipsholderen, skal du, når du indsætter, vælge to celler i det første taxon, som du vil indsætte, en i det næste og fire i det sidste.

Mesquite lader dig ikke indsætte en blok af celler i matrixen, mens du har valgt en anderledes formet blok i matrixen. Men hvis du forsøger at gøre det, vil Mesquite tilbyde at ændre markeringen, så den dækker det samme antal celler som i markeringen. Du kan derefter forsøge at indsætte igen.

Redigering af navne på tegn og tilstande

Tegnnavne kan tildeles enten ved at redigere kolonneoverskrifterne i tegnematrixeditoren eller ved at redigere tegnnavnene direkte i vinduet Liste over tegn.

Med Redigering af tilstandsnavne, der er tilgængelig ved at vælge (Karaktermatrix) Matrix>Rediger tilstandsnavne, kan du navngive tilstande for kategoriske tegn. Den vil ikke være tilgængelig, hvis din matrix er angivet som nukleotid- eller proteindata. Du kan ændre orienteringen (stater efter tegn eller tegn efter stater) af State Names Editor ved at berøre den dobbelte pil øverst til venstre i vinduet. Der kan knyttes fodnoter til bestemte tilstande ved at vælge tilstanden og skrive fodnoten i annotationsområdet nederst i vinduet.

Annotationer

Du kan annotere karaktermatricen ved at vedhæfte simple fodnoter, mere udførlige annotationer eller farver til matrixens taxa, karakterer eller celler. Simple fodnoter kan vedhæftes ved at markere cellen med pilen eller I-bjælkeværktøjet og derefter gå til det hvide annotationsområde nederst i vinduet og indtaste fodnoten. Mere udførlige annotationer og farver kan vedhæftes ved hjælp af Annotations-panelet, der er tilgængeligt ved at vælge Vis Annotations-panelet i Matrix-menuen. I øjeblikket er fodnoter og annotationssystemer adskilt i Mesquite – fodnoterne vises i annotationsområdet nederst i mange vinduer; de udførlige annotationer vises i et panel, der er indlejret i Character Matrix Editor. En eksempeldatafil med annotationer findes på Mesquite_Folder/examples/Basic_Examples/characters/11a-annotations.nex

Annotationspanelet vises i højre side af vinduet, som følger:

Annotationspanelet ovenfor viser de eventuelle annotationer, der er knyttet til et givet taxon, tegn eller celle i matricen (afhængigt af, hvad der blev valgt med annotationsværktøjet (blyant)). Anmærkninger kan tilføjes eller slettes ved hjælp af knapperne (+) eller papirkurven øverst til venstre. Der kan tilføjes et billede til hver note, og der kan tilføjes etiketter til billederne ved hjælp af I-bjælke-markøren. For at styre udseendet af disse etiketter skal du højreklikke eller kontrolklikke på etiketten for at få en rullemenu, hvor du kan justere skrifttype, farve og andre egenskaber for etiketten. Etikettens markør kan flyttes ved hjælp af værktøjet Adjust Pointer (Juster markør). Andre funktioner i annotationerne kan tilgås ved hjælp af undermenuen Annotations i Matrix-menuen. Du kan søge efter annotationer, der indeholder tekst, ved hjælp af menupunktet Find Annotation i menuen Annotationer i undermenuen Annotationer.

Farvelægning af celler i matrixen

Celler eller deres tekst kan farves. Standardbaggrundscellefarven vælges i undermenuen (Karaktermatrix) Matrix>Background Color (Karaktermatrix) Matrix>Baggrundsfarve. Farver til at skelne mellem forskellige celler kan angives ved hjælp af elementerne i undermenuerne (Character Matrix) Matrix>Color Cells og (Character Matrix) Matrix>Color Text. I disse undermenuer angives den farve, der skal bruges til cellens baggrund eller til teksten i cellen, i henhold til følgende kriterier:

  • Karakterværdi – En celle farves i henhold til en værdi for hele karakteren, f.eks. parsimony-tegntrin.
  • Celleværdi – En celle farves i henhold til en værdi for den pågældende celle. Med DNA-sekvensdata kan cellerne f.eks. farves blå, hvis stedet er G eller C, hvidt hvis A eller T. Ved at vælge (Character Matrix) Matrix>Moving Window (for colors)… kan du indstille størrelsen af det bevægelige vindue, over hvilket GC-indholdet gennemsnitlig beregnes. Der er andre celleværdier til rådighed for aminosyreegenskaber (f.eks, hydrofobicitet)
  • Udelukket – En celle er farvet grå, hvis dens karakter er udelukket.
  • Fodnote til stede- En celle er farvet grøn, hvis den har en fodnote.
  • Karaktertilstand – En celle er farvet i henhold til karaktertilstanden (f.eks. forskellige farver for A, C, G, T)
  • Annotation vedhæftet – En celle farves grønt, hvis den er forsynet med annotationer (ikke fodnoter, men de fuldstændige komplekse annotationer).
  • Assignerede farver – En celle vises med den farve, som er tildelt af penselværktøjet (). Hvis du vil tildele en farve til en celle, skal du klikke på cellen med penselværktøjet. Berør og hold knappen i værktøjspaletten for at få en menu til at vælge den anvendte farve, fjerne farver eller farve alle valgte celler.

Når celler er farvelagt, kan du anmode om en legende for farverne ved at vælge Vis farvelegende i matrixmenuen eller ved at røre ved den lille knap() nederst til venstre i matrixeditoren (under taxonnavnene). Hvis du dobbeltklikker på en farve i matrixen, flyttes editoren til en celle med den pågældende farve.

Ændringer og transformationer

Følgende er tilgængelige i menuen Ændre/transformere i matrixmenuen for at ændre cellerne eller tegnene i en matrix:

  • Fyldning af udvalgte celler med en bestemt tilstand: Vælg (Karaktermatrix) Matrix>Alter/Transform>Fyld
  • Fyldning af udvalgte celler med tilfældige tilstande med samme frekvens for alle tilstande: Vælg (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Random Fill
  • Fordel tilfældigt tilstandene inden for en karakter blandt de valgte taxa: Vælg (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Shuffle tilstande blandt taxa
  • For nukleotidsekvensdata, konverteres posterne i hver celle til deres komplement: Vælg (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Nukleotidkomplement
  • Vend en udvalgt molekylær sekvens: Vælg (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Reverse Sequence
  • Fjernelse af tegn, der ikke består af andet end huller: Vælg (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Reverse Sequence
  • Vælg (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Remove Gaps-Only Characters
  • Fjernelse af invariante tegn: Vælg (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Remove Gaps-Only Characters
  • Vælg (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Remove Invariant Characters

Ændring af attributter for tegn

Et tegn kan ud over at have tildelte tilstande i hver af de terminale taxa også have andre attributter. F.eks. er en karakter markeret som inkluderet eller udelukket, og den har antagelser tilknyttet, f.eks. en vægt og en sparsommemodel for evolution. Disse attributter anvendes i forskellige beregninger. De kan tildeles i vinduerne List of Characters (liste over tegn), som findes i menuen Characters (tegn).

I vinduet List of Characters henviser kolonnerne til inklusion, parsimony-model og sandsynlighedsmodel (til sandsynlighedsberegninger). Der kan anmodes om andre kolonner for gruppemedlemskab, vægt og (for DNA-data) kodonposition. Du kan bede om at få vist en kolonne ved hjælp af menuen Kolonner. For hver af disse kolonner kan den tildelte attribut ændres ved først enten at vælge de tegn, der skal ændres (hvis kun nogle tegn skal ændres), eller ved at vælge attributtens kolonne (hvis alle tegn skal ændres). Ved at berøre kolonnens navn (hvor der skal vises en omvendt sort trekant) vises en rullemenu, som giver mulighed for at foretage den relevante specifikation.

For hver af de andre attributter end gruppemedlemskab er de tre nederste menupunkter at gemme den aktuelle specifikation i filen som et navngivet specifikationssæt (ligesom at gemme en typografi eller vægtsætning i MacClade), at erstatte et eksisterende specifikationssæt med det aktuelle, eller at indlæse et gemt specifikationssæt, så det bliver det aktuelle.

Der er følgende muligheder, der er specifikke for hver kolonne:

  • Inklusion – Inkluderer, Udelukker og Omvendt giver dig mulighed for at ændre tegninddragelse. Omvendt ændrer udelukket til inkluderet og omvendt. Karakterer, der er udelukket, deltager ikke i treelength og mange andre beregninger. Udelukkelse respekteres ikke universelt af beregningerne, for nogle beregninger bruger selv tegn, der er udelukket.
  • Parsimonimodel – Undermenuen Model giver dig mulighed for at vælge en parsimonimodel, der skal tildeles tegnene, til brug i parsimoniberegninger.
  • Sandsynlighedsmodel – Undermenuen Model giver dig mulighed for at vælge en sandsynlighedsmodel, der skal tildeles tegnene, til brug i sandsynlighedsberegninger og simuleringer.
  • Gruppemedlemskab – På billedet ovenfor vises Gruppemedlemskab i den sidste kolonne. Hvis du vil tildele tegn til grupper, skal du først oprette grupper ved hjælp af Ny gruppe. Du kan f.eks. oprette en gruppe Voksenkarakterer og en anden gruppe Larvekarakterer. Derefter kan du tildele karakterer til gruppen ved hjælp af undermenuen Set Group (Indstil gruppe). Du kan også redigere farven på gruppen og omdøbe gruppen. Gruppens farve er nyttig til at skelne karakterer fra forskellige grupper, f.eks. i diagrammer eller i karaktermatrix-editoren.
  • Vægt – Med menupunktet Set weight (Indstil vægt) kan du indstille den vægt, der er tildelt karakteren. Dette bruges i øjeblikket på i beregninger af treelength.
  • Codonpositioner – Denne kolonne er tilgængelig for DNA-data. Med drop down-menuen kan du tildele positioner.

Kortlægning af oplysninger om tegn

Informative statistikker og værdier for tegn kan ses eller diagrammeres i forskellige vinduer. I menuen Analyse kan der anmodes om et søjlediagram & Linjediagram for at vise fordelingen af en værdi for en serie af tegn. F.eks. kan antallet af parsimonietrin i tegnene på et aktuelt træ vises i et diagram. Scattergrammet, der er tilgængeligt i menuen Analyse, viser tegn i et todimensionalt rum, hvor X-aksen er en bestemt værdi (f.eks. tegnets sandsynlighed under et træ), Y-aksen en anden værdi (f.eks. tegnets sandsynlighed under et andet træ). Værdier for karakterer kan også ses i vinduet Liste over karakterer, hvor der kan tilføjes kolonner (i menuen Liste) for at vise udvalgte statistikker for hver af karaktererne.

Liste over alle karaktermatricer

Menupunktet Liste over karaktermatricer under Karakterer bringer en liste over karaktermatricer frem. Her kan du se statistikker og ændre navne på karaktermatricer.

Tegnermatricer kan markeres som “skjulte”, hvilket betyder, at de ikke vil være med i de fleste menuer og dialogbokse, hvor du kan vælge matricer, og de vil ikke blive vist i projektpanelet til venstre i vinduet. For at indstille synligheden skal du gå til List of Character Matrices, Column>Visibility of Matrix (Liste over karaktermatricer, Kolonne>Synlighed af matrix). Når kolonnen vises, skal du vælge rækkerne for de matricer, hvis synlighed du vil ændre, og vælge Toggle Visibility (Skift synlighed) fra drop-down-menuen øverst i kolonnen.