Suharto overtager kontrollen og skaber en vis grad af stabilitet

Suharto overtog regeringsmagten og fik gradvist Sukarno ud af embedet og fuldendte sin konsolidering af magten i 1967. Under Suharto overtog militæret en overordnet rolle i nationale anliggender, og forbindelserne med Vesten blev forbedret. Indonesiens økonomi forbedredes dramatisk, og nationale valg blev tilladt, selv om oppositionen var så stramt kontrolleret, at dissens praktisk talt blev kvalt.

Indonesien annekterer Østtimor

I 1975 invaderede Indonesien den tidligere portugisiske halvdel af øen Timor; det erobrede området i 1976. Der udviklede sig straks en separatistisk bevægelse. I modsætning til resten af Indonesien, som havde været en hollandsk koloni, blev Østtimor regeret af portugiserne i 400 år, og mens 90 % af indoneserne er muslimer, er østtimorianerne primært katolikker. Mere end 200.000 timoresere er angiveligt døde af hungersnød, sygdom og kampe siden annekteringen. I 1996 modtog to østtimoresiske modstandsaktivister, biskop Carlos Filipe Ximenes Belo og Jos Ramos-Horta, Nobels fredspris.

I sommeren 1997 led Indonesien et stort økonomisk tilbageslag i lighed med de fleste andre asiatiske økonomier. Bankerne gik konkurs, og værdien af Indonesiens valuta, rupien, styrtdykkede. Der udbrød regeringsfjendtlige demonstrationer og optøjer, som hovedsagelig var rettet mod landets velstående etniske kinesere. Efterhånden som den økonomiske krise blev dybere, besatte studenterdemonstranter det nationale parlament og krævede Suhartos afsættelse. Den 21. maj 1998 trådte Suharto tilbage og afsluttede 32 års styre og overdrog magten til vicepræsident B. J. Habibie.

Den 7. juni 1999 blev der afholdt det første frie parlamentsvalg i Indonesien siden 1955. Det regerende Golkar-parti trådte i baggrunden til fordel for det indonesiske demokratiske parti PDI-P (Indonesian Democratic Party-Struggle), der ledes af Megawati Sukarnoputri, datter af Sukarno, Indonesiens første præsident.

Østtimor opnår uafhængighed

De etniske, religiøse og politiske spændinger, der blev holdt i skak under Suhartos 32 år med autoritært styre, brød ud i månederne efter hans fald. Optøjer og vold rystede provinserne Aceh, Ambon (på Molukkerne), Borneo og Irian Jaya. Men ingen steder var volden mere brutal og uretfærdig end i Østtimor. Habibie afsluttede uventet 25 års indonesisk uforsonlighed ved i februar 1999 at erklære, at han var villig til at afholde en folkeafstemning om Østtimors uafhængighed. Den 30. august 1999 blev der afholdt en FN-organiseret folkeafstemning, som blev udsat to gange på grund af vold, og 78,5 % af befolkningen stemte for at løsrive sig fra Indonesien. I dagene efter valget massakrerede pro-indonesiske militser og indonesiske soldater civile og tvang en tredjedel af befolkningen ud af regionen. Efter et enormt internationalt pres indvilligede regeringen, som enten var uvillig eller ude af stand til at standse det voldelige hærgen, endelig i at lade FN-styrker komme ind i Østtimor den 12. september 1999. Østtimor opnåede uafhængighed den 20. maj 2002.

Uroligheder plager Wahids tid som præsident

Den 20. oktober 1999 valgte det indonesiske parlament i en overraskende omvæltning Abdurrahman Wahid til Indonesiens nye præsident, idet han besejrede Megawati Sukarnoputri, den populære leder af det indonesiske demokratiske parti – Kampen. Wahid var både en sufi-kleriker og en dygtig politiker med et ry for ærlighed og mådehold.

Religiøse optøjer, bombeangreb og voksende uro fortsatte med at plage Indonesien i 2000. Den 4. juni 2000 erklærede separatister Irian Jaya (også kaldet Vestpapua) for en uafhængig stat. Wahid modsatte sig blankt uafhængighed for provinsen, som indeholder betydelige kobber- og guldminer. I modsætning til Østtimor er der ikke megen international støtte til et uafhængigt Irian Jaya.

I efteråret 2000 undlod Suharto to gange at møde op i retten for at blive anklaget for korruption for at have underslæbt 570 millioner dollars i statsmidler, men hans advokater insisterede på, at han var for syg til at blive stillet for retten. I juli 2007 anlagde anklagemyndigheden en civil retssag mod Suharto med krav om 440 millioner dollars, som han havde underslået, og 1,1 milliarder dollars i erstatning.

I efteråret 2000 og vinteren 2001 blev præsident Wahid i stigende grad kritiseret for korruption og inkompetence. Han blev beskyldt for ikke at have stoppet etniske sammenstød og drab i Aceh, Irian Jaya, på Molukkerne og især på Borneo, hvor Dayak-folket vendte sig mod Madurese-indvandrere og slagtede hundredvis af mennesker. Wahid blev tvunget fra magten i juli 2001, og vicepræsident Megawati Sukarnoputri overtog roret.

Terrorister angriber natklub på Bali

Et terrorbombeangreb den 12. oktober 2002 på en natklub på Bali dræbte mere end 200 mennesker, for det meste turister. I 2003 blev Amrozi bin Nurhasyim og Imam Samudra, medlemmer af Jemaah Islamiyah, en islamisk terrorgruppe med tilknytning til al-Qaeda, dømt til døden for deres rolle i bombeattentatet. Men den radikale muslimske præst Abu Bakar Bashir, som menes at være leder af Jemaah Islamiyah, fik kun en let dom på tre år på grund af mindre alvorlige anklager, hvilket fik nogle i det internationale samfund til at sætte spørgsmålstegn ved Indonesiens engagement i bekæmpelsen af terrorisme. Myndighederne arresterede Bashir i april 2004 – samme dag, som han skulle løslades fra fængslet – og hævdede, at de havde nye beviser, der beviste, at han faktisk er leder af Jemaah Islamiyah, og at han godkendte bombeattentatet på Bali. I marts 2005 blev han fundet uskyldig i terroranklagerne i forbindelse med bombeattentaterne mod Marriott Hotel i Jakarta i 2003 og natklubben på Bali. Han blev imidlertid dømt for en mindre alvorlig anklage, nemlig kriminel sammensværgelse. Den anklage blev omstødt i december 2006.

I maj 2003 erklærede præsident Megawati militærstyre i Aceh og iværksatte en offensiv med det formål at ødelægge Bevægelsen for det frie Aceh. Invasionen markerede afslutningen på en våbenhvile, der blev underskrevet i dec. 2002 mellem den indonesiske regering og Aceh-separatisterne. Regeringen og separatisterne underskrev en fredsaftale i august 2005 og afsluttede dermed den 30-årige krig, der havde kostet 15.000 mennesker livet. Aceh-folket indvilligede i at opgive deres krav om uafhængighed til gengæld for retten til at oprette politiske partier. Separatisterne opløste deres hær i december og afsluttede dermed deres oprør.

Megawatis PDI-P-parti klarede sig dårligt ved valget i april 2004, hvor det kom ind på andenpladsen efter den tidligere præsident Suhartos Golkar-parti. I juli kom den pensionerede general Susilo Bambang Yudhoyono ind på førstepladsen ved landets første direkte præsidentvalg, men han fik ikke nok stemmer til at vinde direkte. Han besejrede dog Megawati klart ved valgrunden i september.

Naturkatastrofer hærger Indonesien

Den 26. december 2004 forårsagede et jordskælv med en styrke på 9,0, hvis epicenter lå ud for vestkysten af den indonesiske ø Sumatra, en enormt kraftig tsunami i Det Indiske Ocean, der hærgede 12 asiatiske lande. Mindst 225 000 mennesker omkom i katastrofen, og millioner blev hjemløse. Indonesien blev hårdest ramt med mere end 150.000 ofre. Mange af dødsfaldene skete i den krigshærgede Aceh-provins.

Den 26. maj 2006 blev mere end 6.200 mennesker dræbt ved et jordskælv på Java med en styrke på 6,3. Omkring 130.000 blev hjemløse. Blot to måneder senere, den 17. juli, blev Java ramt af et jordskælv og en tsunami, der dræbte over 500 mennesker. Det var det fjerde store jordskælv, der ramte landet på 19 måneder.

Suharto døde den 27. januar 2008 efter at have tilbragt det meste af måneden på hospitalet på grund af hjerte-, lunge- og nyresygdomme. Ved hans død var en civil retssag, der blev anlagt i 2007 og krævede 440 millioner dollars, som han havde underslået, og 1,1 milliarder dollars i erstatning, stadig verserende. Han blev aldrig sigtet kriminelt for underslæb eller for de ca. 500.000 menneskers død, der døde i forbindelse med udrensningen af formodede kommunister i slutningen af 1960’erne. FN har kaldt Suharto for den mest korrupte nutidige leder.

Amrozi bin Nurhasyim, Imam Samudra og Mukhlas, også kendt som Ali Ghufron, blev henrettet ved henrettelsespelot i november 2008 for deres rolle i bombeattentatet i 2002 på en natklub på Bali, hvor 202 mennesker, hovedsagelig turister, blev dræbt.

Indonesien afholder parlaments- og præsidentvalg

Ved parlamentsvalget den 9. april 2009 øgede præsident Susilo Bambang Yudhoyonos Demokratiske Parti sin andel af det samlede antal stemmer i forhold til valget i 2004. Samtidig faldt støtten til Indonesiens islamiske partier til ca. 20 % fra 38 % til ca. 20 %. Resultaterne blev hilst velkommen i Vesten som et tegn på, at Indonesien var ved at omfavne et moderat demokrati snarere end islamisk ekstremisme. Yudhoyono blev genvalgt med en jordskredssejr ved præsidentvalget i juli.

Politiet iværksatte i februar og marts 2010 en række razziaer mod formodede træningslejre for Jemaah Islamiyah, den islamiske terrorgruppe med tilknytning til al-Qaeda, i Aceh-provinsen. Femten terrormistænkte blev anholdt. Uger senere skød og dræbte politiet Dulmatin, den formodede hjerne bag bombeattentaterne på Bali i 2002.

De foreløbige resultater viste, at oppositionspartiet Indonesiens Demokratiske Kampparti kom ind på førstepladsen ved parlamentsvalget i april 2014 og fik 19 % af stemmerne. Det var dog en skuffelse, da partiet havde håbet på at vinde mellem 25 og 30 %. Det dårlige resultat vil tvinge partiet til at danne en koalition for at kunne udnævne sin kandidat, Jakartas borgmester Joko Widodo, som præsident. Et parti eller en koalition skal have 25 % af de folkelige stemmer eller 20 % af pladserne i parlamentet for at kunne udnævne den valgte kandidat.

Den 22. juli 2014 meddelte Indonesiens valgkommission den officielle optælling af præsidentvalget i begyndelsen af juli: Joko Widodo, eller Jokowi, guvernør i Jakarta, vandt valget med mere end 8 millioner stemmer. Den tabende kandidat, den tidligere general Prabowo Subianto, råbte op om svindel og anfægtede afstemningen.

Tre flystyrt på otte måneder dræber hundredvis af mennesker

Et kommercielt fly, AirAsia Flight QZ8501, forsvandt i slutningen af december 2014 i det indonesiske luftrum med 162 personer om bord. Der var ingen overlevende. Flyet var på vej fra Surabaya, Indonesien, til Singapore, da det forsvandt over Javahavet. Inden flyet mistede kontakten, kontaktede en af piloterne flyvekontrollen og bad om at flyve i større højde på grund af dårligt vejr. Styrtet fulgte efter forsvindingen af Malaysia Airlinesb