Din rejse begynder med Marcus, en pandoransk våbenhandler, der fortæller dig spillets historie indtil nu. Vault (fra Borderlands 1) blev åbnet af de tidligere helte og syntes kun at være fyldt med tentakler og skuffelse. Men efter Vault blev åbnet begyndte Eridium at manifestere sig på Pandora. Et nyt og kraftfuldt mineral, der begyndte at tiltrække sig opmærksomhed fra krigere, fjolser, virksomheder og flere Vault Hunters. Hyperion-selskabet, ledet af Handsome Jack, begyndte at udvinde Eridium, og de fandt undervejs beviser på endnu en Vault. Jack besluttede derefter at tage kontrol over Pandora og civilisere disse grænselande med magt.

En filmisk intro introducerer de fire spilbare hovedpersoner (DLC-figurer ikke medregnet) på deres vej med tog for at lede efter Vault’en. Axton: Kommandoen, Maya: Axton: Axton: The Siren, Salvatore:

De bliver angrebet af robotter og banditter, sendt af Jack, og arbejder sammen for at forvandle dem til metalskrot og bunker af slim. Herefter forsøger de at finde Jack, men ender kun med at finde en Jack-dukke med en masse bomber bag sig. Bomberne eksploderer og afsporer toget, hvilket dræber alle de andre Vault Hunters undtagen den spillerkarakter, du har valgt. Her begynder dit eventyr …