Vandbårne protozoparasitter som Cryptosporidium, Giardia, Entamoeba og Toxoplasma er ansvarlige for 1,7 milliarder tilfælde af diarré globalt set og udgør den næsthyppigste årsag til dødelighed blandt børn under fem år. De har et miljømæssigt resistent cyst/oocyst-stadie. På trods af deres betydning er standardanalysemetoderne til påvisning af dem stadig baseret på immunoassaying efterfulgt af mikroskopisk analyse. I de seneste år er der blevet rapporteret om nye metoder med potentiale til at forbedre miljødiagnosen. Denne gennemgang fokuserer på cyster og oocyster af de almindelige vandbårne protozoparasitter og udforsker biosensorer og nanoteknologibaserede muligheder for påvisning af dem i miljøet. Den nye udvikling, herunder brugen af aptamerer til at erstatte antistoffer, brugen af nanomaterialer til at erstatte organiske farvestoffer og udviklingen af nye signalmetoder som f.eks. overfladeforstærket Raman-spektroskopi og cantileverbaseret massemåling, beskrives i detaljer. Der diskuteres nogle fremtidige forskningsmuligheder for at afhjælpe de nuværende begrænsninger i analysemetoderne.